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楼主 Author: sobereva
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[Multiwfn使用咨询] 简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-20 18:00:06 | 只看该作者 Only view this author
jitou11 发表于 2021-5-20 10:21
Sob老师您好!
最近读到您的博文“使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图” (http://sober ...

使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html

里面说了怎么产生轨道波函数的cub文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-20 20:26:02 | 只看该作者 Only view this author
jitou11 发表于 2021-5-20 19:04
老师您可能没看清楚,我想要输出CDA中复合物轨道(complex orbital)的cub的时候发现我找不到这个选项。我 ...

complex orbital当然是复合物本身的MO,还能是什么
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发表于 Post on 2021-5-24 21:29:43 | 只看该作者 Only view this author
Sob老师,看了您《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》的博文后,我想请教一个问题:

对于闭壳分子体系,计算N、N+1、N-1电子态时,输入文件中电荷和自旋多重度应设置为0 1、-1 2和1 2;那若是想计算开壳体系,例如N为2重态时(0,2),其N+1和N-1的电荷和自旋多重度应怎么设置才合适呢?是否有必要比较(-1,3)和(-1,1)的单点能,然后采用更低的结果?

麻烦您了,谢谢老师!
It's my life and it's now or never

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-5-25 00:31:31 | 只看该作者 Only view this author
wrtgcn 发表于 2021-5-24 21:29
Sob老师,看了您《使用Multiwfn超级方便地计算出概念密度泛函理论中定义的各种量》的博文后,我想请教一个 ...

原理上是这样
绝大多数情况,N是二重态的时候N-1和N+1都是单重态能量最低

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发表于 Post on 2021-6-10 21:20:46 | 只看该作者 Only view this author
请问一个关于诸如RDG这类弱相互作用分析的问题。
卢老师在博文《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》http://sobereva.com/68 中提到
坐标应处于平衡状态
要注意使用这种分析方法时体系坐标应当处于,至少是接近平衡状态,否则将会得到明显错误的结论。
。不真实的结构在关键位置产生了不真实的密度,不真实的密度就导致分析结果不真实。所以直接搭建的初始结构应当进行优化再做分析,即便是很大体系也至少要在合适的力场下做分子力学级别的优化。所有基于图形化分析方法,也包括AIM分析,都要注意这点。
之后博文《通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程》 http://sobereva.com/200 中有一个乙炔三聚过程的RDG分析。请问这里反应路径上应该有很多点的结构明显偏离平衡位置,为什么还可以用RDG分析呢,如何把握这个标准?

比如我有一个体系,某个二面角a时预计会有明显的位阻,而能量极小值构象在b附近,那么如果我想说明位阻是体系优势构象不在a附近的主要(重要)原因,能否对a这个非平衡位置来做这类基于波函数的实空间函数分析来说明呢?谢谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-11 23:03:17 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-6-10 21:20
请问一个关于诸如RDG这类弱相互作用分析的问题。
卢老师在博文《使用Multiwfn图形化研究弱相互作用》http: ...

乙炔三聚过程是个“自主”的、有物理意义的过程。我的博文那段话说的是人为虚假的结构不能用。二者不是同一层含义
如果你的构象是优化出来的,那就是有意义的结构,即便里面某些地方有位阻,这也是实际情况所致,可以做RDG分析
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发表于 Post on 2021-6-12 11:54:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-11 23:03
乙炔三聚过程是个“自主”的、有物理意义的过程。我的博文那段话说的是人为虚假的结构不能用。二者不是同 ...

谢谢卢老师,那比如我对某一个二面角做柔性扫描,对得到的势能曲线上的各个点做RDG等分析,可以么?谢谢您!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-15 18:12:40 | 只看该作者 Only view this author
snljty 发表于 2021-6-12 11:54
谢谢卢老师,那比如我对某一个二面角做柔性扫描,对得到的势能曲线上的各个点做RDG等分析,可以么?谢谢 ...

不好一概而论
其中有显著化学意义的点还是可以做的
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发表于 Post on 2021-6-15 18:19:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-15 18:12
不好一概而论
其中有显著化学意义的点还是可以做的

了解了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2021-6-24 14:56:25 | 只看该作者 Only view this author
请教sob老师 在使用Multiwfn计算IRI的时候使用格点精度算出来的等值面是蓝色 但是我改用格点精度为0.08算得到图是黑色 试了几次都是这样 不知道这个怎么调 向您请教

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-6-24 16:19:38 | 只看该作者 Only view this author
12342234 发表于 2021-6-24 14:56
请教sob老师 在使用Multiwfn计算IRI的时候使用格点精度算出来的等值面是蓝色 但是我改用格点精度为0.08算得 ...

“使用格点精度算出来”语义不明

没必要用0.08 Bohr那么小,此时格点文件可能会巨大,有可能导致32bit VMD因为内存可用量的限制没法载入,进而没法正常着色。非要用这么小格点间距的话,用64bit VMD再试。注意看载入格点文件时VMD文本窗口中的提示。
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发表于 Post on 2021-6-24 19:12:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-6-24 16:19
“使用格点精度算出来”语义不明

没必要用0.08 Bohr那么小,此时格点文件可能会巨大,有可能导致32bit ...

好的 谢谢sob老师  我再去试一试   使用“低”格点精度  咋少打了一个字  不好意思

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发表于 Post on 2021-7-5 11:40:47 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我想计算乙酰丙酮钌的分子动力学直径,参照了sobereva.com/503,用Muitiwfn导出的pdb文件好像有问题,用Muitiwfn分析导时会闪退,后来注意到这个pdb文件分子式有问题,不知道是哪里出错了,谢谢。
附件内是输入的fch文件和我导出的pdb文件,Gaussian版本为G09WD01,Muitiwfn版本为3.8_win64,系统为win64 20H2



ru.rar

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-7-6 07:53:51 | 只看该作者 Only view this author
jingnan2019 发表于 2021-7-5 11:40
老师您好,我想计算乙酰丙酮钌的分子动力学直径,参照了sobereva.com/503,用Muitiwfn导出的pdb文件好像有 ...

没有叫Muitiwfn的程序
Multiwfn 3.8到目前根本没有正式发布过
你导出的vtx.pdb是要载入VMD的,干嘛用Multiwfn打开

一个字一个字再次仔细阅读
使用Multiwfn计算分子的动力学直径
http://sobereva.com/503http://bbs.keinsci.com/thread-14264-1-1.html
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发表于 Post on 2021-7-6 13:55:01 | 只看该作者 Only view this author
卢老师在利用Multiwfn程序计算静电势全局极小点一文里,老师提到的J. Comput. Chem., 39, 488 (2018)文章,这个文章中的公式(2)及其上下文如截图所示
学生对这个公式有点疑惑,这个公式(2)是否指的就是在r=r_c处静电势Hessian矩阵的矩阵元,静电势Hessian矩阵是否可以写成如下形式?

本版积分规则 Credits rule

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