简单Multiwfn使用问题和波函数分析问题答疑专贴

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-7-22 18:48:37

本帖最后由 wuzhiyi 于 2021-7-22 19:03 编辑

我觉得肯定有人问过类似的问题，但好像没找到。
想问一下，Linux版本的Multiwfn有没有noGUI版本啊？
因为有一堆chk文件要分析，传输等死人，想在集群上用Multiwfn直接做分析，
但没有sudo权限，所以没法在集群上运行apt或者yum来运行rpm。让集群的人安装Motif，要等到不知道猴年马月了。
虽然可以自己编译，但想问问可不可以直接用noGUI的形式运作，这样就不需要Motif了。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 03:34:11

wuzhiyi 发表于 2021-7-22 18:48
我觉得肯定有人问过类似的问题，但好像没找到。
想问一下，Linux版本的Multiwfn有没有noGUI版本啊？
因为 ...

Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-7-23 03:41:35

sobereva 发表于 2021-7-23 03:34
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452

谢谢sob老师的回答。
我也记得以前是有noGUI版本的。
但现在好像找不到？
我试了http://sobereva.com/multiwfn/页面下的Linux 64bit: Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip里面并没有noGUI版的二进制文件
同时我也试了https://mega.nz/下的Multiwfn_3.8_dev_bin_Linux.zip，也不包含noGUI版本。

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-23 03:44:17

wuzhiyi 发表于 2021-7-23 03:41
谢谢sob老师的回答。
我也记得以前是有noGUI版本的。
但现在好像找不到？

正式版发布的时候才有noGUI出来。dev版三天两头更新，有时候一天就更新好几次，如果每次都编译、上传一个noGUI版太麻烦

dev版的noGUI版可以自行用源代码包编译，不需要图形库，见src包里的COMPLIATION_METHOD.txt中的说明。

wuzhiyi · 发表于 Post on 2021-7-23 03:52:35

sobereva 发表于 2021-7-23 03:44
正式版发布的时候才有noGUI出来。dev版三天两头更新，有时候一天就更新好几次，如果每次都编译、上传一个 ...

谢谢！

喵星大佬 · 发表于 Post on 2021-8-3 00:56:58

Multiwfn3.8dev的手册100页Gasteiger电荷部分引文错误

是Tetrahedron Lett. 1978, 19, 3181，34是期号不是卷号

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-6 08:10:43

喵星大佬发表于 2021-8-3 00:56
Multiwfn3.8dev的手册100页Gasteiger电荷部分引文错误

是Tetrahedron Lett. 1978, 19, 3181，34是期号不 ...

谢谢，已改

原文很魔幻，页面里只体现了期号却没卷号

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-8-10 14:16:37

老师，我在练习卢老师博文《Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》案例时，遇到了打开VDM出现闪退的情况，打开不了，这是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-10 14:46:17

wy标点人生发表于 2021-8-10 14:16
老师，我在练习卢老师博文《Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》案例时， ...

确保用的是VMD 1.9.3

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-8-10 14:47:44

wy标点人生发表于 2021-8-10 14:16
老师，我在练习卢老师博文《Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图》案例时， ...

奇怪的是，在台式电脑上打不开VMD，作不出图。但是在自己的笔记本上面可以打开，并且可以做出图来。不知道什么原因。

TTccc · 发表于 Post on 2021-8-10 15:22:05

老师们好，麻烦老师们看一下我这么操作对不对，谢谢！
我是想用Gaussian 09W优化结构后，再用Multiwfn计算某个质子化的分子（带一个质子）的ESP和ALIE

高斯我用的命令是 Route Section: #p b3lyp/6-31g(d) opt freq out=wfn scrf(pcm,solvent=water) em=gd3bj 。然后Charge，Multipl： +1 1 。 Molecule Specification 中输入wfn的输出文件路径，进行优化后得到wfn文件，根据手册的例子使用Multiwfn导入wfn文件进行ESP和ALIE的计算。

想问的问题是：我这么计算有什么流程上的错误吗？高斯优化中隐式溶剂模型和色散效应的使用会对Multiwfn计算 ESP和平均局部电离能造成什么负面影响吗？
谢谢老师！

wy标点人生 · 发表于 Post on 2021-8-10 15:22:29

wy标点人生发表于 2021-8-10 14:47
奇怪的是，在台式电脑上打不开VMD，作不出图。但是在自己的笔记本上面可以打开，并且可以做出图来。不知 ...

老师，想保存VMD里面的图形为png图片形式，这个怎么操作呢？

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-10 16:17:23

wy标点人生发表于 2021-8-10 14:47
奇怪的是，在台式电脑上打不开VMD，作不出图。但是在自己的笔记本上面可以打开，并且可以做出图来。不知 ...

没细节没法说。如果下的是CUDA版，改用非CUDA版

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-10 16:17:50

wy标点人生发表于 2021-8-10 15:22
老师，想保存VMD里面的图形为png图片形式，这个怎么操作呢？

渲染一下，然后用irfanview、photoshop之类程序保存成png

sobereva · 发表于 Post on 2021-8-10 16:19:30

TTccc 发表于 2021-8-10 15:22
老师们好，麻烦老师们看一下我这么操作对不对，谢谢！
我是想用Gaussian 09W优化结构后，再用Multiwfn计算 ...

没问题
DFT-D3色散校正不直接影响波函数，也因此不直接影响静电势和ALIE
隐式溶剂模型对电子结构有较大影响，要考察溶剂下的情况必须带

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