Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

EITian · 发表于 Post on 2015-9-20 11:12:10

各位前辈，我这里还有一个问题，我在晶体结构数据库里找了一个AL2O3模型，可优化时却出现下面这种状况，就是能量值反复跳跃，还恳请前辈帮忙看下哪里出问题了~

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-9-20 23:45:24

jiewei 发表于 2015-9-15 09:23
1. 我不知道LDA在描述这类体系时效果如果，不过我相信GGA/PBE能狗具有较好的描述，要不VASP前几年的文章 ...

3、固体还是不要用DNP+比较好，计算量实在太大了，而且也起不到根本性的改善作用，另外对于v4.4的基组还是心有余悸；
5、把先该测试的参数测试了，如果这些都没问题，建议还是在体系的初始结构、磁矩等因素上做些微调，如果还是难收敛再考虑一些charge mix和DIIS，smearing尽可能避免这么使用；
6、7，持相反建议，一般建议测试k，cutoff至少取fine，cutoff的精度还是有测试上的定义的

The reference energy is assumed to be that calculated using the Fine quality setting and with a real space cutoff of 6.5 Å.
Coarse - 1.0 eV atom-1
Medium - 0.3 eV atom-1
Fine - 0.1 eV atom-1

相反，k的fine通常应该是按照固定的actual space来划分精度，但不同体系还是测试下比较好。一般还是避免使用偶数k吧，尤其是六方格子，如果有经验的话无所谓，手工将网格平移过Gamma点就行了，不过k很密集的时候也很麻烦。

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-9-20 23:53:20

EITian 发表于 2015-9-20 11:12
各位前辈，我这里还有一个问题，我在晶体结构数据库里找了一个AL2O3模型，可优化时却出现下面这种状况，就 ...

outmol文件：

Lattice_optimization on

估计是这个玩意搞的鬼。但建议DMol3下面还是不要使用优化晶格比较好，以不同的精度优化某些晶格，结果偏差非常严重。这点castep的方法要好得多。

EITian · 发表于 Post on 2015-9-21 15:27:52

卡开发发发表于 2015-9-20 23:45
3、固体还是不要用DNP+比较好，计算量实在太大了，而且也起不到根本性的改善作用，另外对于v4.4的基组还 ...

非常感谢前辈，不过我还是不太明白您给出的cutoff精度测试的定义具体是什么意思，您可以解答得再详细一些么？

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-9-21 16:07:55

EITian 发表于 2015-9-21 15:27
非常感谢前辈，不过我还是不太明白您给出的cutoff精度测试的定义具体是什么意思，您可以解答得再详细一些 ...

我的意思是，dmol3一般的cutoff已经是在一定条件（fine精度6.5A截断）测试过，如果希望误差大致在0.1eV per atom以内则可以不用测试，反而k点测试更加重要。

EITian · 发表于 Post on 2015-9-21 19:23:18

卡开发发发表于 2015-9-21 16:07
我的意思是，dmol3一般的cutoff已经是在一定条件（fine精度6.5A截断）测试过，如果希望误差大致在0.1eV p ...

原来是这样

多谢前辈指点~

EITian · 发表于 Post on 2015-9-23 11:24:11

前辈，我这里有一个任务，开始一会儿就报错结束，麻烦您帮我检查一下

这是一个CeO2（1 1 0）表面，我想建立一个25A真空层之后对其优化

卡开发发 · 发表于 Post on 2015-9-23 11:32:21

本帖最后由卡开发发于 2015-9-23 11:37 编辑

EITian 发表于 2015-9-23 11:24
前辈，我这里有一个任务，开始一会儿就报错结束，麻烦您帮我检查一下
这是一个CeO2（1 1 0）表面，我 ...

减小模型吧，内存爆了
real array elements, matrices vectors etc: 5752.6 MB
integer arrays                         :    68.9 MB
min recommended for all-incl workspace : 5778.9 MB
Total memory allocated for arrays       : 7030.4 MB
。。。。
increase Max_memory if possible to    7030.4 MB
养成看输出文件的好习惯
整个体系有504个原子，就算降低计算精度可能也无济于事，DMol3对于周期体系标度大致是O(N^1.5)，指前因子也不低。实在不行也只好截取团簇或者使用半经验TB的方法，如果研究不涉及到电子结构问题力场也行。

EITian · 发表于 Post on 2015-9-23 22:16:21

卡开发发发表于 2015-9-23 11:32
减小模型吧，内存爆了
real array elements, matrices vectors etc: 5752.6 MB
integer arrays ...

好的，我以后会注意，多谢前辈！

EITian · 发表于 Post on 2015-10-4 18:45:31

各位老师节日快乐！我这里有个小问题，就是想参考前人的文章构建一个V2O5二聚体的模型，但是一直没有构造出如图所示的结构，而且使我疑惑的是这种结构难道不是V2O7么？劳烦各位前辈有空时解答~

lastzealot · 发表于 Post on 2015-10-31 12:23:34

老师，我用高斯优化完了一个结构，然后想用MS画一下结构图，想用虚线表示配位键，但是不知道如何来画虚线。
请问老师MS可以画虚线吗？

zhangj · 发表于 Post on 2015-11-1 11:55:52

老师您好，我在用forcite模块进行动力学模拟的时候，我模拟一段时间以后发现能量已经基本没有变化，但是温度仍然随着时间在波动，看文章说动力学模拟的平衡状态应该是能量和温度随之间都基本不变，所以我增加了模拟的时间发现温度仍然是在波动（上下20k左右），这种情况我应该怎么办呢？谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2015-11-1 17:43:34

zhangj 发表于 2015-11-1 11:55
老师您好，我在用forcite模块进行动力学模拟的时候，我模拟一段时间以后发现能量已经基本没有变化，但是温 ...

温度的瞬时波动是正常的，波动幅度和体系及热浴参数有关。如果平均化之后基本是一条直线且处在期望的温度值上就可以。

zhangj · 发表于 Post on 2015-11-1 18:11:23

sobereva 发表于 2015-11-1 17:43
温度的瞬时波动是正常的，波动幅度和体系及热浴参数有关。如果平均化之后基本是一条直线且处在期望的温 ...

好的，谢谢老师！

zhangj · 发表于 Post on 2015-11-1 18:15:59

老师，还有一个问题就是我模拟金属氧化物表面吸附有机分子的体系，我发现动力学模拟一段时间以后分子都跑到了真空层的顶部，我查看了一下动力学模拟过程的轨迹发现分子也是从放置的位置逐渐的远离金属氧化物的表面，这与实际情况是不符合的呀，按道理来说在模拟的过程中有机分子应该逐渐靠近表面才对，这种情况我应该怎么办呢？谢谢老师（我有改变真空层的厚度以及初始的放置分子的位置与结构发现结果并没有改善）

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