Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-6-25 21:30:54

HusterYiLiu 发表于 2017-5-31 17:19
老师，您好！请教好我在超算上用MS的Dmol3模块做TS Comformation计算，返回的结果没有xcd格式的文件，怎么 ...

出现极小值就可以了，从极小值接着进行过渡态优化计算。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-6-25 21:31:38

zorow 发表于 2017-6-25 16:12
如图，我用DMol3模块研究HCl在CeO2表面分解，这是计算完成后(没报错)找到的过渡态，频率计算后发现全部为正 ...

初始结构和终态结构不合理导致的。

zorow · 发表于 Post on 2017-6-25 22:08:50

zyj19831206 发表于 2017-6-25 21:31
初始结构和终态结构不合理导致的。

感谢回复！我的初态和终态都是来自一篇文献上的，不过我对终态并没有进行过几何优化，请问这就是终态能量比过渡态都高的原因吗？我之前对终态做过几何优化发现并不能收敛，现在降低了精度正在重新进行优化

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-6-26 12:58:11

zorow 发表于 2017-6-25 22:08
感谢回复！我的初态和终态都是来自一篇文献上的，不过我对终态并没有进行过几何优化，请问这就是终态能量 ...

必须都要进行优化才行，否则根本不可能得到过渡态。

zorow · 发表于 Post on 2017-6-26 13:46:43

zyj19831206 发表于 2017-6-26 12:58
必须都要进行优化才行，否则根本不可能得到过渡态。

好的谢谢您的指点！

zorow · 发表于 Post on 2017-7-6 20:14:32

zyj19831206 发表于 2017-6-26 12:58
必须都要进行优化才行，否则根本不可能得到过渡态。

不好意思老师还得麻烦您一下：您指导后我一直在继续进行着反应物和产物的优化，但计算到现在不论是何种精度下产物一直无法收敛。这种情况正常吗，是不是我假定的所有产物构型都不合理？

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-7-7 09:17:30

zorow 发表于 2017-7-6 20:14
不好意思老师还得麻烦您一下：您指导后我一直在继续进行着反应物和产物的优化，但计算到现在不论是何种 ...

你可能是某些参数没有选择对导致不收敛，或者是多重度没有选择对，导致不收敛？

zorow · 发表于 Post on 2017-7-7 10:29:33

zyj19831206 发表于 2017-7-7 09:17
你可能是某些参数没有选择对导致不收敛，或者是多重度没有选择对，导致不收敛？

但是在计算吸附过程进行的几何优化是成功的，我优化反应物和产物的方法是在优化成功的吸附构型的基础上加上另一个反应物继续进行几何优化，参数没变。
是不是我这样做不正确呢...

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-7-7 15:29:09

zorow 发表于 2017-7-7 10:29
但是在计算吸附过程进行的几何优化是成功的，我优化反应物和产物的方法是在优化成功的吸附构型的基础上加 ...

无图无真相，你把你的参数选择面板传上来看看，是否是模型设计不合理？

zorow · 发表于 Post on 2017-7-7 16:06:57

zyj19831206 发表于 2017-7-7 15:29
无图无真相，你把你的参数选择面板传上来看看，是否是模型设计不合理？

好的麻烦您帮我看一下谢谢了！

zyj19831206 · 发表于 Post on 2017-7-8 00:43:51

zorow 发表于 2017-7-7 16:06
好的麻烦您帮我看一下谢谢了！

density mixing 和DIIS选的不对，前面减小，后面增加，还需要使用smearing。

zorow · 发表于 Post on 2017-7-8 21:59:12

zyj19831206 发表于 2017-7-8 00:43
density mixing 和DIIS选的不对，前面减小，后面增加，还需要使用smearing。

今日有事外出了，回复得略迟深感抱歉！
smearing是用了的，那个值0.005您觉得合适吗？另外density mixing我再按您说的改改试试！

zorow · 发表于 Post on 2017-7-17 09:34:42

Dmol3在几何优化时报错，outmol文件结尾如图所示。请问各位老师是哪里出错了，出错的原因是什么呢？@jiewei @zyj19831206

风之子 · 发表于 Post on 2017-8-20 18:17:53

前辈，你好，请教一个问题，在计算异质结得到能带的时候，如何判定哪条线是哪个物质的呢，表示很困惑，望前辈分析解答我的困惑，谢谢

luoshan393 · 发表于 Post on 2017-9-4 16:11:19

纯新手，MS建立层状合金是用build-build layers 吗？然后分别设定不同的layer 还是直接一种layer,再modify整层原子

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