Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

jiewei · 发表于 Post on 2017-1-12 09:23:16

hopedream 发表于 2016-11-29 21:57
我理想中的情况，和我实际作出来的情况(没加溶剂分子，是想提前看看，因为我用笔记本算的)，如图所示。最后 ...

你这个我不太懂，静等其他人回答。

jiewei · 发表于 Post on 2017-1-12 09:24:44

来巡老和山发表于 2016-12-26 15:44
老师我想咨询个问题：我将vasp计算出的contcar，通过vesta转为cif文件然后将其导入ms中，发现晶胞上顶面的 ...

原子消失不消失，它都在晶格中，你让它在晶格中看风景，它才能让你看到它的风景。
在MS中点击原子显示方式用 origin 才是它真正的风景~

jiewei · 发表于 Post on 2017-1-12 09:26:02

PhoenixYeti 发表于 2017-1-10 19:03
老师，请问MS的并行计算效率如何？还有，在windows和linux下速度有没有较大区别？

MS70和80后的并行效率非常好。linux可以暴力超频，另外，MS win版本的并行效率似乎不如linux，所以，没有特别强烈的要求，都在linux下计算。

海门恶霸 · 发表于 Post on 2017-1-12 09:47:41

jiewei 发表于 2017-1-12 09:22
找到CIF文件导入MS即可。
如果没有CIF，利用文献中给出的坐标和晶格参数，先根据晶格参数构建晶格，然后 ...

好的非常感谢已经搞定

PhoenixYeti · 发表于 Post on 2017-1-12 15:51:55

jiewei 发表于 2017-1-12 09:26
MS70和80后的并行效率非常好。linux可以暴力超频，另外，MS win版本的并行效率似乎不如linux，所以，没有 ...

谢谢老师解惑~

猴子的茶树菇 · 发表于 Post on 2017-1-14 22:01:56

老师，你好，我正用MS的Dmol2模块算α-Fe2O3的001面吸附COS，为什么我在优化好的α-Fe2O3的001面晶体上加入c=o的部分的时候，晶体会有部分的原子消失，这是什么原因呢？

cdh1075 · 发表于 Post on 2017-2-6 12:27:33

老师，我在用ms2017的amorphous cell模块，但这个模块好像不支持多核，所以速度超慢，有什么解决方法吗，或者代替方法？

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-2-6 13:28:35

cdh1075 发表于 2017-2-6 12:27
老师，我在用ms2017的amorphous cell模块，但这个模块好像不支持多核，所以速度超慢，有什么解决方法吗，或 ...

这不是MS2017问题，这个问题都有“传承性”了

我不知道你是不是用的construction的部分，如果是这个部分，慢其实最主要慢在MC生成结构之后分别跑动力学的过程，这里的动力学只能单核跑，体系比较大的话速度自然很慢。你可以在Construct中取消勾选“Refine configurations following construction”，之后直接将MC产生的结构分别都挑出来用其他的分子动力学程序（MS下的Forcite或者MS之外的GMX之类都行）。

498746012 · 发表于 Post on 2017-2-6 16:38:44

各位前辈好！能不能请教一下：我现在有SnO2的CIF文件，用什么软件可以画出像结构化学书里那样的晶胞，感觉Mercury不太好？如果我想把部分氧原子替换成氟原子该用什么软件，是gview吗？

cdh1075 · 发表于 Post on 2017-2-7 15:27:56

卡开发发发表于 2017-2-6 13:28
这不是MS2017问题，这个问题都有“传承性”了

我不知道你是不是用的construction的部分，如果是 ...

老师，我用的是calculation部分，怎么解

另外不是说construction算法已经过时，现在都是用calculation吗？（创腾给我的邮件这么说的）

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-2-7 15:51:41

cdh1075 发表于 2017-2-7 15:27
老师，我用的是calculation部分，怎么解另外不是说construction算法已经过时，现在都是用calculat ...

setup->options->refinement->去除勾选opt geom，你看看这样速度如何。

cdh1075 · 发表于 Post on 2017-2-7 16:06:45

卡开发发发表于 2017-2-7 15:51
setup->options->refinement->去除勾选opt geom，你看看这样速度如何。

速度依然是有生之年，关键是有办法让他多核吗，我的机器有128个核，但他只用一个.....

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-2-7 19:53:50

本帖最后由卡开发发于 2017-2-7 20:00 编辑

cdh1075 发表于 2017-2-7 16:06
速度依然是有生之年，关键是有办法让他多核吗，我的机器有128个核，但他只用一个.....

没，要不然考虑一下其他程序。不过有什么程序可以替代之我就不清楚了。

cdh1075 · 发表于 Post on 2017-2-9 16:32:09

卡开发发发表于 2017-2-7 19:53
没，要不然考虑一下其他程序。不过有什么程序可以替代之我就不清楚了。

谢谢老师，还是个问题，ms在linux下性能会不会更好一点，16核32线程 2.9ghz 的机器速度大约多少，老师能不能几个例子对比下速度~

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-2-9 16:59:01

cdh1075 发表于 2017-2-9 16:32
谢谢老师，还是个问题，ms在linux下性能会不会更好一点，16核32线程 2.9ghz 的机器速度大约多少，老师能 ...

分子力场的模块我不是很清楚，DMol3和CASTEP以前测过，但数据我没存（当时就是为了劝我们学校某个课题组换linux系统才做的测试），目前只记得Linux确实比Windows好不少。

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