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楼主 Author: jiewei
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[综合讨论] Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法,数据分析长期答疑贴

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发表于 Post on 2017-3-2 07:10:53 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问有没有什么比较好的CASTEP入门学习资料?刚刚开始学习,有点无从下手的感觉

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发表于 Post on 2017-3-2 07:41:20 | 只看该作者 Only view this author
PhoenixYeti 发表于 2017-3-2 07:10
老师,请问有没有什么比较好的CASTEP入门学习资料?刚刚开始学习,有点无从下手的感觉

先把程序自带的教程看了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
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发表于 Post on 2017-3-2 07:45:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-3-2 07:41
先把程序自带的教程看了

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2017-3-15 16:53:57 | 只看该作者 Only view this author
老师好 ,我在用Forcite,完全一样的东西,有时成功,有时失败,平均失败九次成功一次,可能是什么原因?  

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发表于 Post on 2017-3-16 11:07:39 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2017-3-16 12:20:39 | 只看该作者 Only view this author
老师你好,我想获得有机分子的最优初始构象,高斯计算比较麻烦,需要手动输入不同的初始构象。好像
MS中的comformer模块可以搜索有机分子的构象,请问一下老师,这个可以实现么?另外MS破解版是否是将msi.lic文件直接放入到C:\Program files\Accelrys\LicensePack\Licenses中就可以了。谢谢

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发表于 Post on 2017-3-19 15:23:18 | 只看该作者 Only view this author
请问楼主 我想一共有三层原子,固定底下两层,只有最上面一层与吸附物质进行优化
这个如何操作?@jiewei

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发表于 Post on 2017-3-20 09:23:27 | 只看该作者 Only view this author
你好,我想问一下,用MS中的Dmol3模块进行动力学模拟,结果怎么分析?可不可以得到可视化的过程?我是用Dmol3模块进行NACL解离所需温度的求解,自旋多重度不知是01还是03,另外是做多几种温度模拟直到它的键断开所对应的温度就是所求的温度吗?

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发表于 Post on 2017-3-20 10:50:12 | 只看该作者 Only view this author
Dmol3动力学模块能不能算单个原子的(如果不行,可不可以推荐一个能算的软件)?提交出错显示是 not enough degree of freedom。

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发表于 Post on 2017-3-26 19:44:29 | 只看该作者 Only view this author
用CASTEP做一个简单的石墨烯拉伸计算,结果stress收敛的特别慢,而且能量会很震荡(虽然收敛了),我的真空层给的40A。能量cutoff给的450eV(测试过),k-point set给的4*6*1。我的问题是这样的收敛现象正常么,有没有什么办法能够提高收敛速度的,谢谢大家!

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发表于 Post on 2017-4-17 23:32:22 | 只看该作者 Only view this author
老师,您好,有几个问题想请教您
1 请问一下CASTEP中Mulliken布居分析中键布居为负可以定性分析为该化学键键级为负吗?
2 在用键布居分析原子间成共价键还是离子键是在键布居为正的情况才能讨论吗?键布居为负是不是与共价键没什么关系?
谢谢耐心回答

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发表于 Post on 2017-4-17 23:44:02 | 只看该作者 Only view this author
sleeping 发表于 2017-4-17 23:32
老师,您好,有几个问题想请教您
1 请问一下CASTEP中Mulliken布居分析中键布居为负可以定性分析为该化学键 ...


一般意义上的键级没有负值。
只有Mulliken重叠布居,往往被解释为Mulliken键级,才可能有负值,有时体现反键作用。
Mulliken重叠布居没法很好用于讨论是共价键还是离子键。作ELF图通过图形观察更容易确切考察原子间是否是共价相互作用,参见(文中的Multiwfn暂不支持CASTEP,CASTEP自己也可以算ELF)
电子定域性的图形分析
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发表于 Post on 2017-4-18 10:06:25 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-4-17 23:44
一般意义上的键级没有负值。
只有Mulliken重叠布居,往往被解释为Mulliken键级,才可能有负值,有时体 ...

谢谢解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 14:55:10 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 jiewei 于 2017-4-19 14:56 编辑
dark_cosmos 发表于 2017-3-26 19:44
用CASTEP做一个简单的石墨烯拉伸计算,结果stress收敛的特别慢,而且能量会很震荡(虽然收敛了),我的真空 ...

很明显,你在拉伸过程设置后,你的结构在优化的过程中一直在某个结构附近震荡。这样的优化过程显然是不合理的。看你的收敛标准比较高,我估计你的拉伸设置后的结构在这么高的收敛标准下可能不存在,或者说你强制设定的环境(加了拉伸的力)达不到这么高的收敛标准。 现在尝试低标准下看是否可以收敛吧。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-4-19 14:57:31 | 只看该作者 Only view this author
14xlliu 发表于 2017-3-20 10:50
Dmol3动力学模块能不能算单个原子的(如果不行,可不可以推荐一个能算的软件)?提交出错显示是 not enough d ...

你这个问题问到我了,我还真没有试过。 你自旋多重度设置好了吗? 设置后还是这样显示吗?

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