Materials Studio 7.0至2017版本常见使用方法，数据分析长期答疑贴

jiewei · 发表于 Post on 2017-4-19 15:00:44

14xlliu 发表于 2017-3-20 09:23
你好，我想问一下，用MS中的Dmol3模块进行动力学模拟，结果怎么分析？可不可以得到可视化的过程？我是用Dmo ...

没有可视化的过程，只有一个随着温度和时间变化的能量变化过程。动力学的实现过程是直接在里面选择动力学（俗尘AIMD）。由于是一个体系自旋设置为1，就算解离后自选还是1啊（Na离子和Cl离子）。键断开后所对应的温度就是所求的温度。

jiewei · 发表于 Post on 2017-4-19 15:02:01

海门恶霸发表于 2017-3-19 15:23
请问楼主我想一共有三层原子，固定底下两层，只有最上面一层与吸附物质进行优化
这个如何操作？@jiewei

很简单啊，初学手册上都有啊，选中你需要固定的原子，在modify里面选择固定住就行了啊

jiewei · 发表于 Post on 2017-4-19 15:03:19

yezhonghua 发表于 2017-3-16 12:20
老师你好，我想获得有机分子的最优初始构象，高斯计算比较麻烦，需要手动输入不同的初始构象。好像
MS中的 ...

comformer没有用过。。。
后面那个问题确实是

jiewei · 发表于 Post on 2017-4-19 15:04:11

cdh1075 发表于 2017-3-15 16:53
老师好，我在用Forcite，完全一样的东西，有时成功，有时失败，平均失败九次成功一次，可能是什么原因？

确定所有东西都一模一样？不会吧，我还没有遇到过你这样的问题。

jiewei · 发表于 Post on 2017-4-19 15:06:11

猴子的茶树菇发表于 2017-1-14 22:01
老师，你好，我正用MS的Dmol2模块算α-Fe2O3的001面吸附COS，为什么我在优化好的α-Fe2O3的001面晶体上加入 ...

你把你优化好的晶体先选择用original视角看，晶体的部分原子就不会消失了。不明白我这话，就先去看看教程吧？

jiewei · 发表于 Post on 2017-4-19 15:07:20

498746012 发表于 2017-2-6 16:38
各位前辈好！能不能请教一下：我现在有SnO2的CIF文件，用什么软件可以画出像结构化学书里那样的晶胞，感觉M ...

用砖石软件画。
将cif导入MS选中要修改的原子，在modify中把原子改成你想要的原子即可。

zorow · 发表于 Post on 2017-4-19 17:11:48

各位老师好，我目前在算分子在CeO2表面的吸附能，根据公式吸附能应是吸附构型能量减去小分子的能量和CeO2表面的能量。
请问CeO2表面的能量应该怎么算呢，我对CeO2表面加了真空层和2*2的supercell，并固定了下面三层原子的坐标，算的时候是否需要取消对下面三层的固定？2*2supercell后与原表面的能量是否有差别？

498746012 · 发表于 Post on 2017-4-19 21:34:37

jiewei 发表于 2017-4-19 15:07
用砖石软件画。
将cif导入MS选中要修改的原子，在modify中把原子改成你想要的原子即可。

感谢老师您的耐心讲解

LL5312 · 发表于 Post on 2017-5-10 15:53:08

暗转MS失败界面不结束也不出现可以建模但是无法计算

HusterYiLiu · 发表于 Post on 2017-5-31 17:19:27

老师，您好！请教好我在超算上用MS的Dmol3模块做TS Comformation计算，返回的结果没有xcd格式的文件，怎么通过.outmol分析已找到的过渡态是不是正确的？谢谢您！@jiewei

Daniel_Arndt · 发表于 Post on 2017-6-4 12:09:57

老师，您好！我最近开始使用Materials Studio。我想做的是用Forcite模块计算金纳米线的应力-应变曲线。我目前面临的问题是不知道该如何建立一个<1 1 1>的金纳米线。谢谢！

卡开发发 · 发表于 Post on 2017-6-4 14:40:33

HusterYiLiu 发表于 2017-5-31 17:19
老师，您好！请教好我在超算上用MS的Dmol3模块做TS Comformation计算，返回的结果没有xcd格式的文件，怎么 ...

试试dmol3 analysis中的energy evolution能否正常分析。

nextnest · 发表于 Post on 2017-6-14 08:10:17

本帖最后由 nextnest 于 2017-6-14 08:11 编辑

老师，您好！最近在学校的集群上编译了MS2016，可以远程提交任务，但是任务的计算在管理节点上，请问应该如何设置任务提交，使任务在计算节点上运行？集群系统是CentOS5.4，管理系统是ROCKS.

nextnest · 发表于 Post on 2017-6-16 09:16:00

nextnest 发表于 2017-6-14 08:10
老师，您好！最近在学校的集群上编译了MS2016，可以远程提交任务，但是任务的计算在管理节点上，请问应该如 ...

问题已经解决 ~/Gateway/config/configure queue TORQUE

zorow · 发表于 Post on 2017-6-25 16:12:46

如图，我用DMol3模块研究HCl在CeO2表面分解，这是计算完成后(没报错)找到的过渡态，频率计算后发现全部为正。这个过渡态显然是错了，不过请问原因在哪里呢... @jiewei 请老师指点！

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