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楼主 Author: sobereva
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[Molclus] 使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索

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发表于 Post on 2020-9-28 11:28:10 | 只看该作者 Only view this author
老师,关于大体系分子团簇的构象搜索,是像本文这样跑用XTB跑分子动力学合适,还是genmer+molclus合适?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-9-28 12:36:05 | 只看该作者 Only view this author
天道啊啊 发表于 2020-9-28 11:28
老师,关于大体系分子团簇的构象搜索,是像本文这样跑用XTB跑分子动力学合适,还是genmer+molclus合适?

如果是柔性大分子构成的团簇,适合先用xtb跑动力学,然后再用molclus进一步算更准确的能量和筛选。genmer产生初始结构的话没法考虑大分子的柔性。
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发表于 Post on 2020-9-28 17:06:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-9-28 12:36
如果是柔性大分子构成的团簇,适合先用xtb跑动力学,然后再用molclus进一步算更准确的能量和筛选。genmer ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2020-11-3 16:02:20 | 只看该作者 Only view this author
老师,如果我想得到一个化合物的合理的初始构象(CHON有机化合物,结构中有桥环也有螺环),用于输入到高斯软件并在一定基组水平上进行优化,进而进行频率分析,轨道分析以及生成热的计算,是不是可以用这个帖子的示例进行合理的初始构象的搜寻?

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发表于 Post on 2020-11-3 22:14:02 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-3 16:02
老师,如果我想得到一个化合物的合理的初始构象(CHON有机化合物,结构中有桥环也有螺环),用于输入到高斯 ...


只要不是电子结构特别奇怪的化合物,就可以用xtb做
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2020-11-4 12:26:36 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-3 22:14

只要不是电子结构特别奇怪的化合物,就可以用xtb做

好的  感谢解答

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发表于 Post on 2020-11-11 10:27:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-2-9 06:13
可以。没必要用PCA分析,可以做个簇分析,把代表性结构拿出来用于之后优化

社长,我想请教一下,我用xtb跑动力学然后优化的构相,在用gaussian优化和算单点能之前,能够通过vmd自己观察traj.xyz轨迹来判断筛选出想要的构相,然后在提交给Gaussian优化计算吗

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发表于 Post on 2020-11-11 11:53:15 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-3 16:02
老师,如果我想得到一个化合物的合理的初始构象(CHON有机化合物,结构中有桥环也有螺环),用于输入到高斯 ...

老师,我想请教一下,xtb跑MD可以用xtb 4e15z.xyz --input md.inp --omd --gfn 2  --gbsa h2o命令跑吗

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发表于 Post on 2020-11-11 12:15:57 | 只看该作者 Only view this author
CYQ@ 发表于 2020-11-11 10:27
社长,我想请教一下,我用xtb跑动力学然后优化的构相,在用gaussian优化和算单点能之前,能够通过vmd自己 ...

这样不严格,会引入人为偏差。最好还是用自动化的方法选择,哪怕比手动选择麻烦。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-11 12:26:09 | 只看该作者 Only view this author
CYQ@ 发表于 2020-11-11 11:53
老师,我想请教一下,xtb跑MD可以用xtb 4e15z.xyz --input md.inp --omd --gfn 2  --gbsa h2o命令跑吗

你好  请请教社长吧,我也是初学者

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发表于 Post on 2020-11-11 12:48:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-11 12:15
这样不严格,会引入人为偏差。最好还是用自动化的方法选择,哪怕比手动选择麻烦。

你好  借这个问题再咨询一下,我能不能算完单点能后,在cluster里面吧能量最低的坐标数据单独拿出来,再通过高斯用DFT计算呢?

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发表于 Post on 2020-11-11 14:41:38 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-11 12:26
你好  请请教社长吧,我也是初学者

好的

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发表于 Post on 2020-11-11 15:27:30 | 只看该作者 Only view this author
jingetiema6112 发表于 2020-11-11 12:48
你好  借这个问题再咨询一下,我能不能算完单点能后,在cluster里面吧能量最低的坐标数据单独拿出来,再 ...

这个是可以的。严格的处理应该是把离最低的构象的能量差距比较小(比如小于2kcal/mol)的构象都拿出来算,再做Boltzmann平均,但是在一些对精度要求不高,且对分子结构不敏感的场合,只取最低的算也可以。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-11 15:39:48 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-11 15:27
这个是可以的。严格的处理应该是把离最低的构象的能量差距比较小(比如小于2kcal/mol)的构象都拿出来算 ...

好的,谢谢指导

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发表于 Post on 2020-11-11 15:57:13 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-11 12:15
这样不严格,会引入人为偏差。最好还是用自动化的方法选择,哪怕比手动选择麻烦。

好的,谢谢指导

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