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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 23:34:01 | 只看该作者 Only view this author
RES 发表于 2022-11-28 15:54
老师您好,请问我在做分子的能量优化和振动分析,算出分子的振动吸收谱,我选择的基组是6-311G*, 我想问我 ...

不明显需要弥散函数的情况,加弥散不仅大大增加耗时,对结果的改进还微乎其微,显然不如2-zeta增加到3-zeta有益,增大到3-zeta从基组角度来说,对势能面和电子结构描述的改进都是不可忽视的。用6-311G*明显比6-31+G*更好还更便宜。这都是属于基组常识性知识,不需要引用什么。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-28 23:36:17 | 只看该作者 Only view this author
Crazyfairy 发表于 2022-11-28 15:20
老师好,请问Gaussian用串行命令输入计算后的计算结果能分多个out文件导出吗?只看到了chk文件是可以的

说清楚“串行命令输入”指什么
如果你是指--link1--分割的多个子任务的单个gjf文件,没法直接分成多个输出,除非自己写脚本对输出文件进行拆分
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发表于 Post on 2022-11-29 08:43:44 | 只看该作者 Only view this author

关于内存分配问题

老师打扰您一下,如图,报错是因为内存分配不够,分子是扣出来团簇,4000多个原子,基态顺利优化出来了,但是优化激发态出现内存报错,电脑内存配置信息如图,请问老师我%mem可以写多少才可以算完,是不是对于这么大的分子用ONIOM计算TDDFT根本没戏啊,那还有什么方法可以模拟算激发态结构么?麻烦老师了谢谢

202211290839041393..png (22.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 192)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 09:01:11 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2022-11-29 08:43
老师打扰您一下,如图,报错是因为内存分配不够,分子是扣出来团簇,4000多个原子,基态顺利优化出来了,但 ...

能给多少给多少,此文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

连高层有多少原子都只字不提,ONIOM(QM:MM)的耗时又不是由总原子数决定的

另外,下文明确说了,用QEq电荷太糙
基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱
http://sobereva.com/579http://bbs.keinsci.com/thread-20960-1-1.html

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发表于 Post on 2022-11-29 09:36:52 | 只看该作者 Only view this author

优化后有两项不收敛,该怎么调收敛呢

请问下,我这个物质的opt写法在图片正下方,然后这个运行后是nomal结束的,但是有两项没收敛,我该怎么做,才能收敛呢?

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发表于 Post on 2022-11-29 09:45:08 | 只看该作者 Only view this author
阅读此文:http://sobereva.com/278

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发表于 Post on 2022-11-29 09:48:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 23:34
不明显需要弥散函数的情况,加弥散不仅大大增加耗时,对结果的改进还微乎其微,显然不如2-zeta增加到3-ze ...

多谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-29 09:50:32 | 只看该作者 Only view this author
wurui 发表于 2022-11-29 09:36
请问下,我这个物质的opt写法在图片正下方,然后这个运行后是nomal结束的,但是有两项没收敛,我该怎么做, ...

Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html

老生常谈的问题先用公社论坛首页google框搜索再问

如果用的G09 D.01,用零阻尼D3

甭写毫无意义的scf=conver=12

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发表于 Post on 2022-11-29 10:35:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-29 09:01
能给多少给多少,此文明确说了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439(http: ...

谢谢您,再次请教您;1.中心原子60个如图,,老师如果基于背景电荷算,那我基态和激发态优化团簇的结构是不是不能用ONIOM模型来优化,必须对整个团簇优化,那这样的话,所有团簇所有分子都是高级别计算,耗时和内存就会变得巨大,我感觉我们服务器应该跑不动呢
2.老师,我可以这样么:(1)方法一:仅扣出中心分子和其周围一圈分子来进行oniom基态激发态优化然后算光谱。这样分子少。
(2)方法二:仅扣出中心分子和其周围一圈分子对整体进行用高水平级别基态结构优化,然后扣出中心分子,其他分子做背景电荷,算中心分子吸收,然后基于背景电荷进行中心分子激发态结构优化,算发射。
(3)方法三:扣出中心分子和其周围至少2圈分子来进行oniom基态优化,然后基于背景电荷计算吸收光谱,然后基于背景电荷在进行激发态结构优化,这样就解决了激发态优化文件过大,您看这样可以么?
3.请问老师,我命令free查看的内存单位是什么呢MB么?

再次麻烦您,请您指点学生一下,谢谢

202211291035132806..png (465.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 172)

202211291035132806..png

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发表于 Post on 2022-11-29 13:18:49 | 只看该作者 Only view this author
谢谢老师,这边已经成功计算出来,问题的确出在%mem 我得重新设置一下

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发表于 Post on 2022-11-29 21:37:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-28 23:36
说清楚“串行命令输入”指什么
如果你是指--link1--分割的多个子任务的单个gjf文件,没法直接分成多个输 ...

好的,谢谢老师,就是想问下--link1--分割线后面的能不能单独导出的

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发表于 Post on 2022-11-30 08:54:46 | 只看该作者 Only view this author
2.gjf (602 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0) 2.log (267.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 0) 请教一下老师,这是我的输入和输出文件,想算出来fchk文件在高斯里看分子轨道,转换出来了,但拖进高斯里一直是这个界面。

202211300854413935..png (36.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 194)

202211300854413935..png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 09:09:39 | 只看该作者 Only view this author
小翟w 发表于 2022-11-30 08:54
请教一下老师,这是我的输入和输出文件,想算出来fchk文件在高斯里看分子轨道,转换出来了,但拖进高斯里一 ...

分清楚Gaussian和GaussView

倘若后者看不了,甭用就完了。用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完全免费
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图(含视频演示)
http://sobereva.com/447http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法(含演示视频)
http://sobereva.com/449http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-30 09:12:54 | 只看该作者 Only view this author
a-Student 发表于 2022-11-29 10:35
谢谢您,再次请教您;1.中心原子60个如图,,老师如果基于背景电荷算,那我基态和激发态优化团簇的结构是 ...

用背景电荷时候没法优化,背景电荷的位置又不可能像ONIOM(QM:MM)的MM层原子那样自发调节位置

算激发能/吸收光谱,用背景电荷,还是用ONIOM(QM:MM)结合电子嵌入,只要用的背景电荷和原子电荷是相同的,二者结果完全一样

3 just Google
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发表于 Post on 2022-11-30 10:44:24 | 只看该作者 Only view this author

求助关于Gaussian16使用时内存问题

我在使用G16试图计算磁屏蔽时,反复遇到了提示内存不够的问题。自行尝试修改后仍无果,请大家帮忙看一看,谢谢大家!

这是我所使用的linux工作站的配置,目前只有我自己在使用:
                    total        used        free      shared      buff/cache   available
Mem:           251G        7.6G        243G         11M        923M        243G
Swap:          4.0G          0B        4.0G


这是我的输入文件:
%mem=40GB
%nprocshared=28
%chk=A.chk
#p b3lyp/6-311g(d,p) NMR geom=connectivity


test

0 1
C                  0.45428800    2.92101500    0.05078800
N                  0.54554300    1.61408600    0.05078800

......
Bq    -9.835414   -9.915919   -7.575915
Bq    -9.835414   -9.915919   -7.212781

......

这是我的输出文件的报错信息:
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad
Berny optimization.
Initialization pass.
Out-of-memory error in routine Optmz1 (IEnd=  322083883675 MxCore=    8053063680)
Use %mem=307164MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
Error termination via Lnk1e in /home/c/g16/l103.exe at Wed Nov 30 00:16:14 2022.
Job cpu time:      10 days  4 hours  4 minutes 20.3 seconds.
Elapsed time:       0 days  4 hours 21 minutes 31.2 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=     39 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1



请问我该如何进行设定?


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