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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2022-12-6 14:29:51 | 只看该作者 Only view this author
基态优化的文件放在这里了,请问有没有可能是,泛函方法不一致导致的呢?

%chk=C:\Users\admin\Desktop\gausssian-practise\bi-absorb.chk

#p m062x def2svp opt freq

[No Title]

  0  1
C 0   -1.353271    1.163269   -0.026610
C 0   -0.674154   -0.001361   -0.020415
C 0    0.674156    0.001360    0.020380
C 0    1.347702    1.168720    0.055119
C 0    0.664442    2.326032    0.048685
C 0   -0.675543    2.323328    0.008136
C 0    1.353272   -1.163269    0.026576
C 0    2.697565   -1.154396    0.067354
C 0    3.366610    0.006793    0.101905
C 0    2.692025    1.165272    0.095753
C 0   -1.347702   -1.168719   -0.055139
C 0   -0.664440   -2.326032   -0.048752
C 0    0.675546   -2.323327   -0.008217
C 0   -2.697565    1.154396   -0.067336
C 0   -3.366613   -0.006794   -0.101824
C 0   -2.692025   -1.165272   -0.095703
H 0    1.190516    3.295738    0.076518
H 0   -1.206243    3.290901    0.003988
H 0    3.273216   -2.095718    0.073179
H 0    4.469130    0.009018    0.135303
H 0    3.263173    2.108907    0.124656
H 0   -1.190513   -3.295737   -0.076601
H 0    1.206246   -3.290900   -0.004099
H 0   -3.273216    2.095718   -0.073147
H 0   -4.469135   -0.009019   -0.135148
H 0   -3.263177   -2.108908   -0.124562

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发表于 Post on 2022-12-6 14:46:21 | 只看该作者 Only view this author
这个就只是windows版本的Gaussian计算不动然后退出了。
换个Linux的机器跑一下这个任务,应该能正常结束。
确实需要在windows下练习的话,换个很小的体系练习,几分钟就结束那种。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-6 15:10:56 | 只看该作者 Only view this author
一昔a 发表于 2022-12-6 14:18
本人是Gaussian的初学者,在用一下文件练习激发态计算时出现错误,详细的输入输出文件放在附件里面了简述流 ...

老生常谈

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2022-12-6 15:11:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-6 13:49
TS附近的IRC点变化平滑、合乎你的期望就足以说明

谢谢老师,按照您说的调小步长后符合预期~

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发表于 Post on 2022-12-6 15:41:37 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,我想要寻找*CH2-CH2-CH2-O*双自由基分子内H迁移形成CH2=CH-CH2-OH反应的过渡态,其中一个方向的IRC在TS附近是连接到期望的双自由基结构(out文件该结构的<S**2>= 0.9062),但是IRC继续走又到达了乙烯+甲醛结构。老师,①按照您提到的“TS附近的IRC点变化平滑、合乎你的期望就足以说明”是不是可以说明过渡态结构合理?②如果我想要得到IRC端点结构是双自由基的IRC曲线,该怎么做呢?谢谢老师

202212061537043225..png (62.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 66)

202212061537043225..png

202212061537339636..png (62.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 65)

202212061537339636..png

202212061542299448..png (60.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 70)

202212061542299448..png

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发表于 Post on 2022-12-6 15:53:55 | 只看该作者 Only view this author
一昔a 发表于 2022-12-6 07:18
本人是Gaussian的初学者,在用一下文件练习激发态计算时出现错误,详细的输入输出文件放在附件里面了简述流 ...

stderr有输出吗?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2022-12-6 17:26:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-6 15:10
老生常谈

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?

谢谢老师,还是得搞个linux环境练习。

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发表于 Post on 2022-12-6 17:31:02 | 只看该作者 Only view this author

不好意思,请问stderr是什么,您是指的输出文件有输出嘛,文件有输出,但是没有结果,应该是卡一半不算了。

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发表于 Post on 2022-12-6 20:54:47 | 只看该作者 Only view this author
一昔a 发表于 2022-12-6 10:31
不好意思,请问stderr是什么,您是指的输出文件有输出嘛,文件有输出,但是没有结果,应该是卡一半不算了 ...

https://en.wikipedia.org/wiki/Standard_streams#Standard_error_(stderr)
这是最最基本的计算机常识
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 02:16:43 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-6 15:41
请教老师,我想要寻找*CH2-CH2-CH2-O*双自由基分子内H迁移形成CH2=CH-CH2-OH反应的过渡态,其中一个方向的I ...

1 是
2 你先做几何优化,看看到底能否优化出氢迁移的产物,如果都优化不出来,说不定本来那就不是个中间体或产物,而只是一个反应路径的中间阶段的特征
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发表于 Post on 2022-12-7 02:31:44 | 只看该作者 Only view this author

高斯量化计算

请问各位:优化和频率计算该模型时,命令行如下:
#p opt freq b3lyp/6-31g(d,p) nosymm em=gd3bj
体系的自旋多重度为3,做了一个全模型固定的优化和频率计算,输出结果存在错误如下:
Add virtual bond connecting atoms O12        and Cu11       Dist= 4.03D+00.
Add virtual bond connecting atoms O64        and Cu63       Dist= 4.03D+00.

All variables have been frozen.
该如何解决?

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发表于 Post on 2022-12-7 02:40:17 | 只看该作者 Only view this author
结构优化的意思是调整原子结构使得体系能量达到最低。如果全模型都固定了,没有可以动的原子,当然没办法做结构优化。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-7 03:11:45 | 只看该作者 Only view this author
learn-GAUSSIAN 发表于 2022-12-7 02:31
请问各位:优化和频率计算该模型时,命令行如下:
#p opt freq b3lyp/6-31g(d,p) nosymm em=gd3bj
体系的 ...

好好看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html再发帖。下次再用“高斯量化计算”这种标题直接删帖处理
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发表于 Post on 2022-12-7 09:26:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-7 02:16
1 是
2 你先做几何优化,看看到底能否优化出氢迁移的产物,如果都优化不出来,说不定本来那就不是个中间 ...

老师,这个产物是可以优化出来的

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发表于 Post on 2022-12-7 11:24:24 | 只看该作者 Only view this author

Gaussian16计算两片段单点能l502报错

计算氯酚分子转化为一个苯氧自由基和一个氢自由基的键解离能时,先对两个自由基片段基于B3LYP/6-31G*进行了优化,优化是收敛的。利用优化得到的两个片段基于M062X/def2TZVPP计算单点能,结果错误终止在l502。不知道是不是因为自旋多重度=3的原因导致不收敛。请问各位怎样能实现收敛得到单点能呢?我的输入和输出文件见附件。 PCPOR-H-26.gjf (1003 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3) PCPOR-H-26.out (22.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

本版积分规则 Credits rule

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