计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120062

管理员

公社社长

136#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-9 05:38:00 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-12-8 12:45
老师您好,请问一下gmx可以添加反应力场吗,还是说用反应力场更应该用lammps,谢谢老师!

此帖只回答量子化学相关问题,动力学问题应当发到分子模拟版块
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120062

管理员

公社社长

137#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-9 05:39:24 | 只看该作者 Only view this author
LANGRENLI 发表于 2022-12-8 14:01
老师您好,我想问下那个曲线能量一边降不下去是正常的吗?可以反应吗?

什么叫降不下去
IRC正不正常一看轨迹动画不就知道了

把此文认真完整看了
在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题
http://sobereva.com/400http://bbs.keinsci.com/thread-7736-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120062

管理员

公社社长

138#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-9 05:42:03 | 只看该作者 Only view this author
护卫天使 发表于 2022-12-8 16:03
老师好,分子有5个O,只有两个O(10)和O(11)带有明显负电荷,想只在这两个原子上添加def2-TZVP基组的弥散函 ...

把以下两篇看了便知。定义基组时候按原子序号定义。不过总共就区区5个氧,氧都加弥散也不浪费
在Gaussian中自定义范围分离泛函的方法
http://sobereva.com/550http://bbs.keinsci.com/thread-17256-1-1.html
给def2以ma-方式加弥散函数的Gaussian格式的基组定义文件(含所有def2支持的元素)
http://sobereva.com/509http://bbs.keinsci.com/thread-14370-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120062

管理员

公社社长

139#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-9 05:55:31 | 只看该作者 Only view this author
回132L

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

5

帖子

0

威望

21

eV
积分
26

Level 2 能力者

140#
发表于 Post on 2022-12-9 10:08:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-9 05:39
什么叫降不下去
IRC正不正常一看轨迹动画不就知道了

好的谢谢老师的解答

11

帖子

0

威望

79

eV
积分
90

Level 2 能力者

141#
发表于 Post on 2022-12-9 17:49:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-8 05:15
老生常谈问题

Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?

使用了A3的解决策略,多分配了内存,并且直接在工作站的电脑上提交而不是在自己电脑上提交,问题解决了,感谢sob老师

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

142#
发表于 Post on 2022-12-12 10:32:29 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-12-12 11:05 编辑

请教各位老师,对于如图所示的双自由基,想要寻找H8迁移到C2的过渡态,通过扫描C2-H8键长的方式寻找过渡态,因为涉及双自由基所以扫描任务的输入文件为“#p um062x 6-311g(d,p) nosymm guess=mix stable=opt、#p opt=modredundant um062x 6-311g(d,p) nosymm guess=read geom=allcheck

B 2 8 S 36 -0.050000”,扫描结果报错“FormBX had a problem.”,但还是对扫描曲线的转折点结构(拐点之后连接的是乙烯+甲醛)稍加修改后作为过渡态初猜结构进行优化,但是并不能得到期待的过渡态,① 请教老师,这种过渡态如何构建呢? ② 对于这种H迁移反应,由于发生了原子位置的变化,是不是无法利用QST2方法寻找过渡态呢?

202212121019543326..png (35.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

202212121019543326..png

202212121025303269..png (60.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

202212121025303269..png

581

帖子

0

威望

1680

eV
积分
2261

Level 5 (御坂)

143#
发表于 Post on 2022-12-12 11:15:49 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,用高斯算一个氯原子的焓为什么和文献的生成焓差别很大呀?计算值是-460.130160a.u,而实验值是218kj/mol

问题.JPG (9.29 KB, 下载次数 Times of downloads: 49)

问题.JPG

问题1.JPG (12.98 KB, 下载次数 Times of downloads: 54)

问题1.JPG

1016

帖子

0

威望

2096

eV
积分
3112

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

144#
发表于 Post on 2022-12-12 13:35:49 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-12-12 11:15
sob老师您好,用高斯算一个氯原子的焓为什么和文献的生成焓差别很大呀?计算值是-460.130160a.u,而实验值是 ...

零点不同。注意到Gaussian的 sum of electronic & thermal enthalpies包括单点能。而标准生成焓是指定该元素的最稳定的单质的标准生成焓为0。所以你要算Cl2 = 2 Cl的焓变。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

1016

帖子

0

威望

2096

eV
积分
3112

Level 5 (御坂)

天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

145#
发表于 Post on 2022-12-12 14:06:36 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-12 10:32
请教各位老师,对于如图所示的双自由基,想要寻找H8迁移到C2的过渡态,通过扫描C2-H8键长的方式寻找过渡态 ...

"FormBX had a problem."多半是三原子成一直线,一般改用直角坐标就行,但是柔性扫描只能用内坐标。
感觉这个过渡态一边的势能面很平缓,另一边很陡峭,所以过渡态不好找。不知把扫描的步长改小行不行。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

146#
发表于 Post on 2022-12-12 20:18:36 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-12-12 14:06
"FormBX had a problem."多半是三原子成一直线,一般改用直角坐标就行,但是柔性扫描只能用内坐标。
感 ...

这个双自由基好像不太稳定,我之前步长是5,再缩小看看,谢谢老师

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

147#
发表于 Post on 2022-12-12 20:22:28 | 只看该作者 Only view this author
请教各位老师,如果过渡态IRC曲线反应物一侧端点结构优化后的结构,与直接构建、优化的反应物结构有差异(图片中所示的二面角不同,-66 vs-73 ),是不是要计算出单点能,看G,G值小的结构更稳定?

202212122021169154..png (35.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 55)

202212122021169154..png

1万

帖子

0

威望

8964

eV
积分
20708

Level 6 (一方通行)

148#
发表于 Post on 2022-12-12 21:09:43 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-12 13:22
请教各位老师,如果过渡态IRC曲线反应物一侧端点结构优化后的结构,与直接构建、优化的反应物结构有差异( ...

对,但是光知道哪个更稳定还不够,还要知道两个构象之间的转变是否可以认为是快平衡
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

149#
发表于 Post on 2022-12-13 10:11:11 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-12-13 10:33 编辑
wzkchem5 发表于 2022-12-12 21:09
对,但是光知道哪个更稳定还不够,还要知道两个构象之间的转变是否可以认为是快平衡

老师,1)请问您说的快平衡怎么判断呢?看二者的G值差异吗?2)如果是直接构建的反应物/产物结构更稳定,而不是TS的IRC曲线连接的反应物/产物结构更稳定,那么这个过渡态还有意义吗?

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

150#
发表于 Post on 2022-12-13 10:21:41 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-12-13 15:21 编辑

请教一下各位老师,对过渡态IRC曲线的端点结构进行优化、扫描时出现了更稳定的结构,那么这个过渡态能被描述为反应物和这个更稳定结构的过渡态吗?举一个例子:如图所示的过渡态TS2-1的IRC曲线连接着反式氢迁移产物结构1-P1-1,但是对其进行结构优化,扫描C-C-O-C二面角后,发现1-P1-1的顺式结构是更稳定的。那么这个反应应该如何描述呢,是T1——TS2-1——更稳定的顺式1-P1-1还是T1——TS2-1——IRC曲线端点结构的反式1-P1-1?谢谢老师(补充了扫描曲线)

202212131021376933..png (9.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 46)

202212131021376933..png

202212131516435731..png (55.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 60)

反式

反式

202212131516316609..png (55.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 53)

顺式

顺式

202212131520185397..png (61.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 50)

拐点

拐点

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 21:51 , Processed in 0.805655 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list