简单量子化学问题答疑专帖

护卫天使

老师好，我想探究羧基与Zn的在水溶液中的结合情况，考虑一个水作为显式溶剂可以吗？

糖糖糖豆9988

请教老师，我想要寻找*CH2-CH2-O-CH2*双自由基脱去一个H原子形成CH2=CH-O-CH2*反应的过渡态，一个方向的IRC显示可以连接到双自由基；但是另一个方向的IRC先经过了脱H产物，但是又发生了突跃，到达了乙烯+甲醛结构。这说明什么呢？是过渡态没找对吗？

lurensan

各位老师，这篇文章里使用的是什么泛函（N12SX）?，能使用M062X替代吗？

wangyueda

请问下卢老师，如何利用Gaussian计算键能，比如化学键的键能，氢键的键能等等

wzkchem5

护卫天使 发表于 2022-12-5 09:25
老师好，我想探究羧基与Zn的在水溶液中的结合情况，考虑一个水作为显式溶剂可以吗？

不行，第一配位层必须配满，除非有实验证据证明第一配位层没有配满

wzkchem5

lr8616 发表于 2022-12-5 07:30
请问计算同一个样品的紫外光谱和荧光光谱的方法需要一致吗？用PBE0计算紫外光谱和实验结果符合的非常好，用 ...

如果审稿人问你造成这个体系紫外适合用PBE0算、荧光适合用PBE38算的物理原因，你能答得上来（也就是说你能说服审稿人你这里算准不是凑出来的，而是从理论上可以解释原因的），那或许可以，但即使这种情况下也意味着一些本来你可以讨论的量不能讨论了，比如不能用计算的吸收和发射波长相减得到Stokes位移。
如果你答不出来，那就不行，需要统一泛函，优先考虑用范围分离泛函或双杂化泛函

sobereva

wangyueda 发表于 2022-12-5 23:16
请问下卢老师，如何利用Gaussian计算键能，比如化学键的键能，氢键的键能等等

公社论坛首页google框搜，都是讨论过无数遍的问题

sobereva

lurensan 发表于 2022-12-5 21:20
各位老师，这篇文章里使用的是什么泛函（N12SX）?，能使用M062X替代吗？

N12SX是非常非主流的泛函，算这类体系没有任何好处，不要效仿
用M06-2X完全可以

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-5 21:09
请教老师，我想要寻找*CH2-CH2-O-CH2*双自由基脱去一个H原子形成CH2=CH-O-CH2*反应的过渡态，一个方向的IRC ...

IRC正方向和逆方向跑分成两个任务算，都用guess=read读取TS的波函数
如果你已经是这么做的，减小IRC步长再试

小翟w

老师好，想请教一下，算静电势时，用的是WFN文件，但软件每次都出来两个，有什么解决的办法吗，或者还有什么别的方法画单体的静电势，老师们，请教一下

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2022-12-6 07:59
IRC正方向和逆方向跑分成两个任务算，都用guess=read读取TS的波函数
如果你已经是这么做的，减小IRC步长 ...

是的老师，我已经是这样分开读取波函数做的；我设置stepsize=5再看一下；老师再请教您一下，就目前的IRC曲线，突跃前的结构是我期待的脱H产物结构，那么目前的IRC能说明我的过渡态合理吗？

lr8616

wzkchem5 发表于 2022-12-5 23:23
如果审稿人问你造成这个体系紫外适合用PBE0算、荧光适合用PBE38算的物理原因，你能答得上来（也就是说你 ...

我明白了，谢谢您！！

sobereva

小翟w 发表于 2022-12-6 08:46
老师好，想请教一下，算静电势时，用的是WFN文件，但软件每次都出来两个，有什么解决的办法吗，或者还有什 ...

Multiwfn远比你用的程序强大且方便得多

怎么做静电势分析仔细看下文里相关博文
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

对于绘制分子表面静电势图，下文的做法是最快最好的
使用Multiwfn+VMD快速地绘制静电势着色的分子范德华表面图和分子间穿透图（含视频演示）
http://sobereva.com/443（http://bbs.keinsci.com/thread-11080-1-1.html）

以后诸如此类波函数分析问题一律到1L红字标注的Multiwfn和波函数分析答疑专贴里问

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2022-12-6 09:33
是的老师，我已经是这样分开读取波函数做的；我设置stepsize=5再看一下；老师再请教您一下，就目前的IRC ...

TS附近的IRC点变化平滑、合乎你的期望就足以说明

一昔a

本人是Gaussian的初学者，在用一下文件练习激发态计算时出现错误，详细的输入输出文件放在附件里面了简述流程如下：

读取优化好的基态分子再用关键词td opt 优化S1的结构，输入文件如下
%chk=C:\Users\admin\Desktop\gausssian-practise\bi-excited.chk

#p wb97xd def2svp td opt guess=read geom=allcheck

excited fluorescence

0 1


在程序跑了一会后出现报错，截取最后一个模块如下
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.21638301D+02

Leave Link  801 at Tue Dec 06 13:29:22 2022, MaxMem=   104857600 cpu:               0.0 elap:               0.5
(Enter D:\gaussian\G16W\l914.exe)
RHF ground state
Two-electron integrals replicated using symmetry.
MDV=   104857600 DFT=T DoStab=F Mixed=T DoRPA=T DoScal=F NonHer=T
Making orbital integer symmetry assigments:
Orbital symmetries:
       Occupied  (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A)
       Virtual   (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A) (A)
                 (A) (A) (A) (A) (A)
    12 initial guesses have been made.
Convergence on wavefunction:    0.000001000000000
Davidson Disk Diagonalization:  ConvIn= 1.00D-06 SkipCon=T Conv= 1.00D-06.
Max sub-space:  2000 roots to seek:    12 dimension of matrix:        16354
Iteration     1 Dimension    12 NMult     0 NNew     12
CISAX will form    12 AO SS matrices at one time.
NMat=    12 NSing=    12 JSym2X= 0.
FoFJK:  IHMeth= 1 ICntrl=       0 DoSepK=T KAlg= 0 I1Cent=           0 FoldK=F
IRaf=         1 NMat=      24 IRICut=       1 DoRegI=T DoRafI=F ISym2E= 0 IDoP0=3 IntGTp=3.
FoFCou: FMM=F IPFlag=           0 FMFlag=      100000 FMFlg1=           0
         NFxFlg=           0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T
         wScrn=  0.000000 ICntrl=       500 IOpCl=  0 I1Cent=           0 NGrid=           0
         NMat0=   12 NMatS0=     12 NMatT0=    0 NMatD0=   12 NMtDS0=    0 NMtDT0=    0
Symmetry not used in FoFCou.
New state      1 was old state      2
New state      2 was old state      1
New state      3 was old state      4
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.211162340388880
Root      2 :     4.590264901824789
Root      3 :     5.116652158423248
Root      4 :     5.463136788167129
Root      5 :     5.850648016757919
Root      6 :     6.088703014946061
Root      7 :     6.156479335251210
Root      8 :     6.629943137347159
Root      9 :     7.059460351961445
Root     10 :     7.233142238354691
Root     11 :     7.490497215580984
Root     12 :     7.622451957632206
Iteration     2 Dimension    18 NMult    12 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.
Root      1 not converged, maximum delta is    0.089816658888599
Root      2 not converged, maximum delta is    0.039613062399140
Root      3 not converged, maximum delta is    0.341291122618244
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.027684453788422   Change is   -0.183477886600458
Root      2 :     4.094978420305171   Change is   -0.495286481519618
Root      3 :     4.916500250241985   Change is   -0.200151908181263
Iteration     3 Dimension    24 NMult    18 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.
Root      1 not converged, maximum delta is    0.007094963090404
Root      2 not converged, maximum delta is    0.015960205197482
Root      3 not converged, maximum delta is    0.077341082802937
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.023470421431619   Change is   -0.004214032356803
Root      2 :     4.070214617705372   Change is   -0.024763802599798
Root      3 :     4.875451375038837   Change is   -0.041048875203148
Iteration     4 Dimension    30 NMult    24 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.
Root      1 not converged, maximum delta is    0.002391670308846
Root      2 not converged, maximum delta is    0.004116915981913
Root      3 not converged, maximum delta is    0.010375963546525
Excitation Energies [eV] at current iteration:
Root      1 :     4.023116039303447   Change is   -0.000354382128172
Root      2 :     4.067490800849839   Change is   -0.002723816855533
Root      3 :     4.872383673351631   Change is   -0.003067701687207
Iteration     5 Dimension    36 NMult    30 NNew      6
CISAX will form     6 AO SS matrices at one time.
NMat=     6 NSing=     6 JSym2X= 0.


本人能力有限，看不出错误在哪里，请教各位这个是什么原因造成的。