简单量子化学问题答疑专帖

qwqw502 · 发表于 Post on 2022-11-30 10:48:52

  本人是个小白，刚入门高斯不久。在高斯09将活性炭与Fe2O3分子优化计算与频率分析，但是优化过程都出现Convergence failure -- run terminated的错误，通过sob老师的文章（http://sobereva.com/61）也去寻找了解决方法，但是最后还是得出scf不收敛的结果。这边就于是认为是sob老师所说的选用基组的问题，但是选用了挺多基组，类似用赝势基组Fe（sdd），C,H,O(6-31g*）等一些fe基组的改变，都没办法收敛。请各位老师解惑，感谢。
输入文件如下；

%chk=E:\gao\zigzag+Fe2O3(2).chk
#p freq opt b3lyp/genecp

Title Card Required

0 4
C                4.90582700 -0.24738300 -0.00006200
C                3.68730300 0.46567200 -0.00003200
C                2.45883300 -0.25387200 -0.00003300
C                2.44207800 -1.70019600 -0.00006500
C                3.70614700 -2.28389100 -0.00009100
C                4.92905900 -1.64420500 -0.00009000
C                0.00574500 -0.25087500 -0.00001100
C                -1.22411400 0.45107400 0.00001900
C                -2.46120600 -0.25676500 0.00002100
C                -2.45962700 -1.70706900 -0.00000700
C                -1.19211500 -2.31438400 -0.00004000
C                0.04174300 -1.71135500 -0.00004200
C                1.24874200 -2.52454400 -0.00007200
C                1.22422300 0.46494900 -0.00000600
C                -3.71342300 -2.31542600 0.00000500
C                -4.92296400 -1.67259200 0.00003800
C                -4.90746100 -0.26616100 0.00006300
C                1.21795600 1.89342300 0.00002800
C                -1.22813300 1.88874900 0.00004400
C                -0.01251500 2.57360300 0.00005100
C                3.65507600 1.90249600 0.00000500
C                -3.70221800 0.45033500 0.00005100
C                2.47551000 2.58590100 0.00003600
C                -3.67069900 1.89122000 0.00007300
C                -2.49446400 2.57339400 0.00006800
H                5.86982200 -2.18752600 -0.00011200
H                5.84161800 0.30905600 -0.00006400
H                4.59946100 2.44159600 0.00000900
H                2.46874400 3.67288100 0.00006800
H                -0.01573200 3.66134900 0.00006900
H                -2.49062900 3.66043900 0.00007600
H                -4.61699900 2.42610400 0.00009200
H                -5.84858700 0.27955800 0.00009100
H                -5.86352100 -2.21604200 0.00004900
O                -3.80570283 -3.80246910 -0.18175073
Fe             -2.65553827 -5.06598681 -0.30551648
Fe             -5.00557346 -4.99159215 0.10280214
O                -1.67876876 -6.25130063 -0.40366284
O                -6.02910359 -6.11358284 0.35220786

C H O 0
6-31G*
****
Fe 0
SDD
****

Fe 0
SDD

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-30 10:50:42

ccccc丶发表于 2022-11-30 10:44
我在使用G16试图计算磁屏蔽时，反复遇到了提示内存不够的问题。自行尝试修改后仍无果，请大家帮忙看一看， ...

看清楚板块再发贴，Gaussian又不是第一性原理程序，别发到第一性原理版

提示得很清楚给的内存不够。给内存别那么抠门，干嘛留着内存白浪费，好好把此文看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-30 11:02:19

qwqw502 发表于 2022-11-30 10:48
本人是个小白，刚入门高斯不久。在高斯09将活性炭与Fe2O3分子优化计算与频率分析，但是优化过程都出现Con ...

解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
说得极其明确

2. 用的结构相对于真实的结构有严重变形，此时电子结构很诡异
3. 搭建的结构异想天开（对体系特征缺乏基本的认识、缺乏结构化学基本常识），或者存在严重不合理性（如该有氢的地方少了氢，用簇模型计算时没有对被截断的共价键进行饱和）
4. 对于过渡金属配合物，自旋多重度设定得不符合实际基态（非基态的情况往往更难收敛）

计算复合结构之前，先搞清楚单体极小点结构什么样

lomon · 发表于 Post on 2022-11-30 11:21:42

如题，我在进行过渡态搜索的时候，对已经进行完毕的TS结构计算vibration ，结果显示没有虚频，频率范围从几十一百一直到五六千，想请教老师，对于这种情况，我应该按照最大的数调整结构还是按照最小的数调整结构？应该怎么调整？

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-30 11:29:07

lomon 发表于 2022-11-30 11:21
如题，我在进行过渡态搜索的时候，对已经进行完毕的TS结构计算vibration ，结果显示没有虚频，频率范围从几 ...

这根本就不是按振动模式调结构的场合

qwqw502 · 发表于 Post on 2022-11-30 12:18:57

sobereva 发表于 2022-11-30 11:02
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
说得极其明确

感谢sob老师的解答！这个因为不是我专业的知识，所以现在都是在自学这些内容。请问sob老师，如果要解决现在这个问题是需要重新构筑分子模型吗，是活性炭的结构问题还是氧化铁的结构问题呢，研究作为主题是要探究活性炭吸附汞过程中氧化铁的反应反应机理，所以采用这种方式来构型，活性炭模型的话是查找相关文献中的活性炭模型的，氧化铁的模型则是通过自己查找分子模型构建优化所得

小翟w · 发表于 Post on 2022-11-30 12:27:08

sobereva 发表于 2022-11-30 09:09
分清楚Gaussian和GaussView

倘若后者看不了，甭用就完了。用Multiwfn看轨道效果好得多速度快得多还完 ...

好，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-11-30 15:14:30

qwqw502 发表于 2022-11-30 03:48
本人是个小白，刚入门高斯不久。在高斯09将活性炭与Fe2O3分子优化计算与频率分析，但是优化过程都出现Con ...

此外注意自旋多重度问题，根据配体场理论显然可知，两个高自旋Fe3+组成的体系，基态自旋多重度不可能是4

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-11-30 16:24:49

请教老师们，在计算环丁基cC4H7开环异构化为C4H7烯烃自由基势能面的时候，发现优化（ um062x/6-311g(d,p) ）开环过渡态的out文件最后一个<S**2>= 0.7932，接近0.75，应该还是符合0 2的特征；但是利用uCCSD(T)/cc-pVTZ计算单点能的时候，发现最后一个<S**2>= 1.1072，这意味着什么呢？在当前水平下计算的单点还有效吗？

qwqw502 · 发表于 Post on 2022-11-30 20:44:04

wzkchem5 发表于 2022-11-30 15:14
此外注意自旋多重度问题，根据配体场理论显然可知，两个高自旋Fe3+组成的体系，基态自旋多重度不可能是4

好的，十分感谢！

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-1 05:37:14

糖糖糖豆9988 发表于 2022-11-30 16:24
请教老师们，在计算环丁基cC4H7开环异构化为C4H7烯烃自由基势能面的时候，发现优化（ um062x/6-311g(d,p) ...

如果是SCF Done时候显示的，那是HF级别的<S**2>，偏离0.75显著说明HF级别的自旋污染大，但不代表UCCSD(T)的单点结果不好

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2022-12-1 09:53:27

sobereva 发表于 2022-12-1 05:37
如果是SCF Done时候显示的，那是HF级别的，偏离0.75显著说明HF级别的自旋污染大，但不代表UCCSD(T)的单点 ...

好的，谢谢社长

ningchem · 发表于 Post on 2022-12-1 12:14:36

各位老师好，我最近在计算苯乙酮pKa时遇到了问题
我在cbs-qb3下计算得到苯乙酮和对应去质子化产物的能量分别为 -384.2434 和 -383.6675
在m05-2x下对气相结构进行优化，并SMD下计算单点得到溶剂化能分别为-4.90 kcal 和 -64.60 kcal
这样计算得到的pka为23，显著大于文献值的19.1

请问我哪一步的计算有问题吗

chands · 发表于 Post on 2022-12-1 12:27:08

ningchem 发表于 2022-12-1 12:14
各位老师好，我最近在计算苯乙酮pKa时遇到了问题
我在cbs-qb3下计算得到苯乙酮和对应去质子化产物的能量 ...

列出全部数据，包括质子的。

ningchem · 发表于 Post on 2022-12-1 14:25:36

chands 发表于 2022-12-1 12:27
列出全部数据，包括质子的。

苯乙酮气相 m05-2x  -384.84547 a.u.
         SMD m05-2x  -384.85327

去质子后气相 m05-2x -384.23684
            SMD m05-2x -384.33979

质子气相 -6.28 kcal/mol，溶解能-265.9 kcal/mol，标准态能变1.89 kcal/mol

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