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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 02:11:29 | 只看该作者 Only view this author
moiumuio 发表于 2024-6-17 17:36
Hi everyone,
From IFCT analysis, the intrinsic CT% is about 50%, while the apparent CT% is about 15 ...

Intrinsic CT% in IFCT is different to CT% in common sense.
To discuss the CT% in common sense, one need to explicitly define two fragments, see http://sobereva.com/398 for discussion. In contrast, intrinsic CT% essentially characterizes if electron excitation causes significant separation of hole and electron distributions.

Assume that there are two fragments, A and B, if the excitation is fully local on fragment A, but separation of hole and electron within A is evident, then intrinsic CT% will be large, but there is no charge transfer between A and B, that is, CT% corresponding to charge transfer between A and B due to the excitation is zero.
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2024-6-18 03:21:21 | 只看该作者 Only view this author
卢老师好,我希望通过Gaussian直接导出wfn文件,在看过帖子之后我知道了有关的关键词和路径设置,但是如果我过程中基组使用genecp,在文件末尾定义原子和定义路径的顺序怎么安排?是否如下:
[空行]
C H N 0
6-311+g(d,p)
****
Zn Br 0
lanl2mb
****
[空行]
Zn Br 0
lanl2mb
[空行]
/public5/wshome/ws134/sch6675/_Yang/2024/di_Im/IL/5/diIL_5.wfn
[空行]



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 03:37:02 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2024-6-18 03:21
卢老师好,我希望通过Gaussian直接导出wfn文件,在看过帖子之后我知道了有关的关键词和路径设置,但是如果 ...

顺序是这样,但注意整个文件最末尾应该空两行

lanl2MB实在太烂了。而且对Br,连d极化函数都没有,没有任何实用性。注意看下文
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

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发表于 Post on 2024-6-18 13:18:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-18 02:11
Intrinsic CT% in IFCT is different to CT% in common sense.
To discuss the CT% in common sense, on ...

Hi teacher,
If my compound has a CT% of 16% and its complex with quencher has a CT% of 4%, can I claim that my structure has ICT while its complex does not? (I calculated the CT% based on vertical excitation.)
Many thanks.

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发表于 Post on 2024-6-18 15:35:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-18 03:37
顺序是这样,但注意整个文件最末尾应该空两行

lanl2MB实在太烂了。而且对Br,连d极化函数都没有,没有 ...

卢老师,我刚刚阅读了您推荐的关于赝势基组的文章,请问如果我对不同的原子使用赝势的情况下最后的启用赝势基组的命令行是否如下写:
C H N 0
6-311+g(d,p)
****
Br 0
lanl08(d)
****
Zn 0
lanl2dz
****
[空行]
Br 0
lanl08(d)
****
Zn 0
lanl2dz
[空行]
/public5/wshome/ws134/sch6675/_Yang/2024/di_Im/IL/5/diIL_5.wfn
[空行]

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-19 05:01:58 | 只看该作者 Only view this author
yjk369983454 发表于 2024-6-18 15:35
卢老师,我刚刚阅读了您推荐的关于赝势基组的文章,请问如果我对不同的原子使用赝势的情况下最后的启用赝 ...

lanl08(d)根本不是内置的。博文明确说了,甭用lanl2dz这么过时的
赝势部分不能带****
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发表于 Post on 2024-6-19 09:57:07 | 只看该作者 Only view this author

结构优化一直不收敛,接下来应该调整哪里呀?

请教老师这是文献里的:T[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]he fluorescence emission spectrum and electron transition were calculated using the time-dependent DFT (TD-DFT) method at UB3LYP/6-31 G(d)/LanL2DZ.这是我的[color=rgba(0, 0, 0, 0.85)]#P opt=(MaxStep=5,NoTrustUpdate,GDIIS) td=(singlets,nstates=3,root=1) Ub3lyp/genecp结构优化一直不收敛,接下来应该调整哪里呀?

屏幕截图 2024-06-19 095428.png (39.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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屏幕截图 2024-06-19 095433.png (16.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-19 11:57:42 | 只看该作者 Only view this author
甭用过时的lanl2DZ,下文明确说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

当前写U毫无意义,自找麻烦

解决以上问题后,并且仔细看下文尝试解决后,若还有问题,上传完整输入文件,以及压缩后的输出文件
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

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发表于 Post on 2024-6-19 14:46:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-19 11:57
甭用过时的lanl2DZ,下文明确说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373(http://bbs.keinsci.com ...

感谢老师帮助,好的老师我先试一试

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发表于 Post on 2024-6-19 17:42:55 | 只看该作者 Only view this author
你是算钙钛矿团簇是吧,我假设其中的Pb是二价了。二价Pb的6p轨道的SOC裂分很大,计算不考虑SOC恐怕是不行的
Zikuan Wang
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BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2024-6-20 17:07:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-19 11:57
甭用过时的lanl2DZ,下文明确说了
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373(http://bbs.keinsci.com ...

老师,这次Pb改用lanl08(d)基组加上[size=1.4em]帮助几何优化收敛 的这个指令改善了开始的震荡,opt=(MaxStep=5,notrust,GDIIS),最后上传的gif和out文件,老师这个结构优化的指令是有什么问题吗?


#P opt=(MaxStep=5,notrust,GDIIS) td=(singlets,nstates=3,root=1) b3lyp/genecp


屏幕截图 2024-06-20 165140.png (60.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

第一次振荡

第一次振荡

屏幕截图 2024-06-20 165155.png (91.54 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

现在这次还不收敛

现在这次还不收敛

VPbBrS1a.gjf

4.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

输入gif

VPbBr7.zip

1.26 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

输出out

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发表于 Post on 2024-6-20 18:54:12 | 只看该作者 Only view this author
tunanya 发表于 2024-6-20 10:07
老师,这次Pb改用lanl08(d)基组加上帮助几何优化收敛 的这个指令改善了开始的震荡,opt=(Max ...

电荷不对吧?你设的电荷是0,有一个二价阳离子,所以阴离子是[PbBr6]2-,也就是说Pb是+4价。但是+4价Pb应该分分钟就把Br-氧化成Br2了吧,你确定[PbBr6]2-能稳定存在?
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-6-20 19:13:39 | 只看该作者 Only view this author

新手高斯报错求助

恳请各位老师指教怎么解决该问题。

输入文件关键词如下:
%nprocshared=64
%mem=96GB
%chk=0101ZN-R13-D-closed_M062X_water_M062X_water.chk
# opt freq M062X/TZVP scrf=(SMD, solvent=water)

输入文件: 0101ZN-R13-D-closed_M062X_water_M062X_water.com (5.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)


输出文件太大了,不支持上传,其中最后几行如下:
**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.95418821D+02


Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do    85 centers at a time, making    1 passes.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent=   0 AccDes= 0.00D+00.
NEqPCM:  Using equilibrium solvation (IEInf=0, Eps=  78.3553, EpsInf=   1.7778)
G2PCM: DoFxE=T DoFxN=T DoGrad=T DoDP/DQ/DG/TGxP=FFFF NFrqRd=   0 IEInf=0 SqF1=F DoCFld=F IF1Alg=4.
CoulSu:  requested number of processors reduced to:  63 ShMem   1 Linda.




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发表于 Post on 2024-6-20 19:25:18 | 只看该作者 Only view this author
高斯进程还在运行吗?输出文件不输出新的信息,不代表一定是报错,可能只是算得太慢。
如果高斯进程确定死掉了,确认一下是不是超过了排队系统的运行时间限制,或者被人杀掉了,或者内存不足,等等
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-20 20:52:00 | 只看该作者 Only view this author
〇66 发表于 2024-6-20 19:13
恳请各位老师指教怎么解决该问题。

输入文件关键词如下:

当前没有报错。如果还在算就等着,如果任务已经停了,看:
Q:Gaussian任务没有报错,但是却停了怎么办?
A:有以下可能原因
1 巧合。尝试重算,或者尝试其它也能达到类似目的的关键词再试
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和软件环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试,对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试
4 任务被bad people杀了。重算,并找管理员告状
5 内存分配得不够。增大%mem或配置文件里的默认的内存设置。也可能虽然内存分配得够,但实际空余物理内存不够,或者一开始空余物理内存够但运行中途有其它程序占了过多内存
6 计算机硬件不稳定,检修或换成其它机子

另外,较大体系振动分析很耗内存,内存甭给得那么抠,否则像当前的情况,并行核数自动降低了。看下文了解内存分配问题
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html

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