简单量子化学问题答疑专帖

chands

（1）生成了但是在其他文件夹。
（2）chk文件错误，没有生成。

小翟w

老师们，请教一下，换了个方法，重新对这个体系进行了能量分解，想问问问题在哪，一直有错，这是输入和输出文件 WF4O-C6H6-6.out (55.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

2023-1-12 20:59 上传 Uploaded

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WF4O-C6H6-6.inp (30.09 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

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sobereva

11111111m 发表于 2023-1-12 18:55
想请教一下大家，为什么我用 Gaussian 里面的 formchk 转换之后，并没有找到生成的fch文件？（也闪了一下， ...

看346L的回复
如果你没自己手动把窗口关掉，就是转换失败
注意看下文里关于formchk转换要注意的问题
详谈Multiwfn支持的输入文件类型、产生方法以及相互转换
http://sobereva.com/379（http://bbs.keinsci.com/thread-6020-1-1.html）

xiayu1985

各位老师，有个问题咨询一下。显示+隐式溶剂模型下优化过渡态结构时，是不是从开始每一步的结构(过渡态或者中间体)，其溶质分子周围的溶剂分子一直要存在？或者说化学反应机理中的每一步结构都必须伴随有这些溶剂分子？结构之间衔接时，前后过渡态找到的中间体结构的能量是不是也要保证能量值前五位一致？

chands

xiayu1985 发表于 2023-1-13 18:07
各位老师，有个问题咨询一下。显示+隐式溶剂模型下优化过渡态结构时，是不是从开始每一步的结构(过渡态或者 ...

如果你要在显式-隐式溶剂模型下优化过渡态，当然每一步都要带相同个数的溶剂分子，否则就相当于物料不守恒，能量差大了。至于能量是多少，你把hartree换算到kJ/mol就有数了。

qcn1211

sob老师，请问分子力场生成的多个构象进行DFT优化后,  如何判断哪些构象重复并排除？单点能一样能否就说明他们重复？

wzkchem5

qcn1211 发表于 2023-1-13 16:36
sob老师，请问分子力场生成的多个构象进行DFT优化后,  如何判断哪些构象重复并排除？单点能一样能否就说明 ...

单点能接近是构象重复的必要但不充分的条件。
严格的处理需要计算所有构象两两之间的RMSD，例如Molclus里isostat工具（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）或CREST（https://pubs.rsc.org/en/content/articlepdf/2020/cp/c9cp06869d）的做法

sobereva

qcn1211 发表于 2023-1-13 23:36
sob老师，请问分子力场生成的多个构象进行DFT优化后,  如何判断哪些构象重复并排除？单点能一样能否就说明 ...

下文里写明了molclus里的isostat去除重复构型/构象的原理。能量差和结构的偏差都考虑
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html

zhuweirun

请问老师，算荧光 默认谢td opt，算出来的结果，第一激发态f只有0.0001，请问直接用第一激发态的发射能当作荧光波长可以吗，还是说要重新算td(root=2) opt呢

Excitation energies and oscillator strengths:

Excited State   1:      Singlet-A      1.0702 eV 1158.50 nm  f=0.0001  <S**2>=0.000
      79 -> 81        -0.69102
      80 -> 81        -0.15337
This state for optimization and/or second-order correction.
Total Energy, E(TD-HF/TD-KS) =  -1915.11152033   
Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

Excited State   2:      Singlet-A      2.4211 eV  512.09 nm  f=0.0511  <S**2>=0.000
      79 -> 81        -0.15881
      79 -> 82        -0.13233
      79 -> 83         0.11120
      80 -> 81         0.67376
      80 <- 81        -0.11562

Excited State   3:      Singlet-A      4.2975 eV  288.51 nm  f=0.0005  <S**2>=0.000
      80 -> 82         0.69082
      80 -> 83        -0.10842

wzkchem5

zhuweirun 发表于 2023-1-14 06:59
请问老师，算荧光 默认谢td opt，算出来的结果，第一激发态f只有0.0001，请问直接用第一激发态的发射能当作 ...

需要计算S1到S0的内转换速率、S2到S1的内转换速率，以及S1到S0、S2到S0的辐射跃迁速率（必须考虑H-T效应），由此计算出S1的荧光量子产率和S2的荧光量子产率，判断这个体系是不是反Kasha发光体系，然后才能知道是否可以取第一激发能作为荧光波长。
不然的话，你即使优化了S2结构、拿到了从S2发射的波长，怎么知道S1发射和S2发射哪个是对的呢？如果S1发射的f=0.0001就是从S2发射的话，那f=0.0005怎么算？f=0.001怎么算？况且即使f=0.0000的S1态，也有通过H-T效应发光的可能，所以即便f=0.0000都不一定能算是足够小。

zhuweirun

wzkchem5 发表于 2023-1-14 17:22
需要计算S1到S0的内转换速率、S2到S1的内转换速率，以及S1到S0、S2到S0的辐射跃迁速率（必须考虑H-T效应 ...

感谢老师回复，目前我是个新手，有以下问题还想再请教：
1、我计算的是掺铋的二氧化硅元环团簇，卡莎规则的应用条件我一直没找到，请问这种非晶体的固体材料也可以默认拥有卡莎规则吗
2、内转换速率、辐射跃迁速率、荧光量子产率，请问这些参量该用什么样软件能算

wzkchem5

zhuweirun 发表于 2023-1-14 12:21
感谢老师回复，目前我是个新手，有以下问题还想再请教：
1、我计算的是掺铋的二氧化硅元环团簇，卡莎规 ...

1. 不能，而且因为Bi特别重，计算时必须考虑SOC，用旋量态激发能而非标量态激发能计算荧光发射波长
2. 用MOMAP等程序配合BDF、Q-Chem等能计算激发态间非绝热耦合矩阵元的量化程序来计算，参见MOMAP官网http://www.momap.net.cn/

奶啵啵

wzkchem5 发表于 2023-1-9 18:23
orca默认开RIJCOSX加速，且基本没有任何理由不用RIJCOSX加速。
万一有审稿人用默认的orca设置重复你的计 ...

明白了，哈哈哈哈拒绝社死

zhuweirun

wzkchem5 发表于 2023-1-15 02:09
1. 不能，而且因为Bi特别重，计算时必须考虑SOC，用旋量态激发能而非标量态激发能计算荧光发射波长
2.  ...

感谢老师回复，我还想继续请教下：
1、为什么在二氧化硅的团测模型不能用卡莎规则？
2、我之前一直想找有关卡莎规则适用性讨论文章，特别是关于非晶体的固体材料，但是没搜到。论坛里面说分子材料都能先默认用卡莎规则去讨论发射波长，那么这个分子材料一般是什么类型的呢，按照固液分吗，还是按照分子大小，亦或是晶体非晶体？
3、我想用高斯09计算我的模型吸收和发射光谱，这个高斯的TDDFT考虑了SOC吗？

wzkchem5

zhuweirun 发表于 2023-1-15 04:36
感谢老师回复，我还想继续请教下：
1、为什么在二氧化硅的团测模型不能用卡莎规则？
2、我之前一直想找 ...

1. 不是SiO2的问题，而是Bi的问题。而且准确来说也不是肯定不能适用，而是没有文献支持的情况下不能适用。假如你能找到文献证明Bi掺杂的SiO2团簇符合Kasha规则，那就可以用，但如果找不到的话审稿人必然会质疑，因为“Bi掺杂的SiO2团簇符合Kasha规则”即使成立，也不是常识，不能不经引用文献就使用。
2. “分子材料都能先默认用卡莎规则去讨论发射波长”是错的。只能说大部分纯有机体系可以这么做。很多典型的反Kasha荧光体系（比如azulene）甚至就是纯有机小分子体系，也就是说你必须得加个“大多数”。如果一定要说“xxx类的材料可以默认用Kasha规则”，那那个xxx的适用范围必须特别窄，比“纯有机小分子”还窄。我个人觉得除了死记硬背反Kasha的体系以外，没有什么好的办法能不经计算就确定你的体系是否符合Kasha规则，尤其是我想象不到哪个经验规则能解释azulene是反Kasha的而萘却是符合Kasha规则的，两个分子都是C10H8，两个环并起来的芳香大共轭分子，区别只在于一个是5,7并环，一个是6,6并环。
3. 按http://sobereva.com/462的方法计算。高斯结合一些其他软件（PySOC等）可以计算SOC矩阵元（http://sobereva.com/411），但你现在不止需要SOC矩阵元，还需要旋量态的激发能，这个最方便的方法就是改用orca计算，如果一定要用高斯的话恐怕还得用matlab或numpy做个矩阵对角化才能得到，很麻烦。