简单量子化学问题答疑专帖

奶啵啵

首先谢谢各位老师
使用win版本orca，按照sob老师的方法测试D:\orca\H2CO.inp > H2CO.out（文件位置在D盘，orca 文件名字H2CO)
出来的是直接打开.inp 没有输入到.out
是我的指令问题么？
谢谢各位老师，祝大家新年快乐

chands

奶啵啵 发表于 2023-1-15 20:04
首先谢谢各位老师
使用win版本orca，按照sob老师的方法测试D:\orca\H2CO.inp > H2CO.out（文件位置在D盘， ...

假定你的orca安装在D:\ORCA\目录下，该目录下有一个叫orca.exe的文件，该文件的完整路径为D:\ORCA\orca或D:\ORCA\orca.exe。

然后你的H2CO.inp放在D:\computation\目录下，

首先打开CMD，转到D盘，转到D:\computation\目录，然后输入：
D:\ORCA\orca H2CO.inp>H2CO.out

注意是在H2CO.inp所在目录D:\computation\下引用D:\ORCA\orca程序。不是（不一定）将H2CO.inp放在orca的目录下。D:\ORCA\orca和H2CO.inp>H2CO.out之间要空一格。

奶啵啵

chands 发表于 2023-1-15 20:45
假定你的orca安装在D:\ORCA\目录下，该目录下有一个叫orca.exe的文件，该文件的完整路径为D:\ORCA\orca或 ...

我明白了，可以在任意的目录调用ORCA，昨天属实着像了，谢谢大哥

奶啵啵

chands 发表于 2023-1-15 20:45
假定你的orca安装在D:\ORCA\目录下，该目录下有一个叫orca.exe的文件，该文件的完整路径为D:\ORCA\orca或 ...

兄弟，我好像电脑废物
D:\oa>D:\ORCA\orca.exe CH3OH.inp>CH3OH.out
ERROR: Error reported: failed to launch 'D:\ORCA\orca_gtoint_mpi.exe CH3OH.int.tmp CH3OH' on LAPTOP-V0DD1N1S
Error (2) 系统找不到指定的文件。
[file orca_tools/qcmsg.cpp, line 465]:
  .... aborting the run
inp文件在oa文件夹里
输入文件! B97-3c opt freq tightSCF noautostart miniprint nopop
%maxcore  1000
%pal nprocs   4 end
* xyz   0   1
C     -2.33726719    0.75878663    0.00006945
H     -1.98059732    1.26345791    0.87356445
H     -1.98093235    1.26315328   -0.87373818
H     -3.40726711    0.75843815    0.00027467
O     -1.86016142   -0.58927496    0.00021299
H     -2.17986370   -1.04179084    0.78418993
*
这咋会四

chands

奶啵啵 发表于 2023-1-16 12:12
兄弟，我好像电脑废物
D:\oa>D:\ORCA\orca.exe CH3OH.inp>CH3OH.out
ERROR: Error reported: failed to ...

（1）查一下D:\ORCA下面有没有D:\ORCA\orca_gtoint_mpi.exe文件。
（2）有可能是并行的问题，你设置了4核并行，去掉4核并行看看行不行。（可能是Microsoft MPI没安装或版本不配）

498746012

sob老师您好，高斯用什么关键词可以输出某个溶剂的SMD的各项参数如eps=11.5，epsinf=2.0449，HBondAcidity=0.229，HBondBasicity=0.265，SurfaceTensionAtInterface=61.24，CarbonAromaticity=0.12，ElectronegativeHalogenicity=0.24

奶啵啵

chands 发表于 2023-1-16 13:27
（1）查一下D:\ORCA下面有没有D:\ORCA\orca_gtoint_mpi.exe文件。
（2）有可能是并行的问题，你设置了4 ...

我整一手

wzkchem5

498746012 发表于 2023-1-16 08:01
sob老师您好，高斯用什么关键词可以输出某个溶剂的SMD的各项参数如eps=11.5，epsinf=2.0449，HBondAcidity= ...

这些是拟合的，不是算出来的。不存在任何简单的关键词能算出这些参数里的任何一个。
至于怎么拟合的，去看SMD原文献

Yiisfine

本人本科，在入门计算化学，老师给了安装包，对着Exploring Chemistry with Electronic Structure Method这本书来学。因为自学有些稀里糊涂，想发出来问问大家。（真的入门请勿笑，不想老麻烦老师）
目前知道流程大约是建模、优化、计算。在书的第三章几何优化里，老师的压缩包里文件是这个，有点看不太明白。所以我就自己建模了个乙烯但是算出来很奇怪，想问下这是什么情况。

sobereva

Yiisfine 发表于 2023-1-16 16:15
本人本科，在入门计算化学，老师给了安装包，对着Exploring Chemistry with Electronic Structure Method这 ...

/只能写一个

甭写毫无意义的test，仔细看
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

#后头甭写R


关于入门，建议看看下文，免得白费大把时间走各种弯路，还犯各种低级错误导致算出来的结果没意义
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

sobereva

498746012 发表于 2023-1-16 15:01
sob老师您好，高斯用什么关键词可以输出某个溶剂的SMD的各项参数如eps=11.5，epsinf=2.0449，HBondAcidity= ...

没必要让Gaussian输出，专门有个明尼苏达溶剂描述符数据库，直接查就完了

Minnesota Solvent Descriptor Database.pdf (130.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

2023-1-16 16:33 上传 Uploaded

点击下载
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chands

Yiisfine 发表于 2023-1-16 16:15
本人本科，在入门计算化学，老师给了安装包，对着Exploring Chemistry with Electronic Structure Method这 ...

社长脾气比以前好多了，以前会把这等例子揪出来锐评一顿。
（1）Exploring这本书原理没问题，只是某些例子有些过时。
（2）HF当个例子练习一下可以，正式计算几乎不用，上DFT吧。

11111111m

各位老师想请教下，一两百个原子体系的初始结构只能通过gaussview或者chemdraw画嘛，因为做的分子比较多感觉画起来很费时间

奶啵啵

chands 发表于 2023-1-16 13:27
（1）查一下D:\ORCA下面有没有D:\ORCA\orca_gtoint_mpi.exe文件。
（2）有可能是并行的问题，你设置了4 ...

(1)有这个文件
（2）确实，设置单核可以计算，看来是并行问题，用的版本5.0.2，MMPI也是安装在了默认位置，这。。。。。。

wzkchem5

11111111m 发表于 2023-1-16 11:53
各位老师想请教下，一两百个原子体系的初始结构只能通过gaussview或者chemdraw画嘛，因为做的分子比较多感 ...

如果你要研究一大批分子的话，我觉得这些分子肯定有一些共同的地方吧，比如主体部分是相同的，只是取代基有差异。那可以画其中的一个，剩下的分子不用从头画，而是在这个分子的基础上改。
原则上初始结构也可以从其他途径获得，比如从晶体数据库或者计算化学的数据库下载，但是只要你研究的分子之间有一定相似性，一般都是画其中一个然后改比较快