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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2025-3-8 10:26:37 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-3-8 01:41
请问老师,我在使用Gaussian优化某80个原子的金属催化体系,使用def2svp em=gd3bj pbe1pbe关键词优化,该过 ...

加弥散函数的计算量不应该这么大。检查是不是因为SCF收敛变困难才计算量变大的,如果是,用解决SCF不收敛的方法加速收敛
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
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发表于 Post on 2025-3-8 10:50:23 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-3-8 10:26
加弥散函数的计算量不应该这么大。检查是不是因为SCF收敛变困难才计算量变大的,如果是,用解决SCF不收敛 ...


谢谢老师的回复,是因为scf收敛变困难很多才变大的,因为先前我优化时,我的复合物构象是随便摆的。现在已经通过def2svp找出最稳定的复合物构象,直接拿这个构象带着弥散函数优化,应该不至于那么难收敛。不过我先前翻阅站内帖子时,了解到在某些情况下(比如说涉及弱相互作用能)可以用3-zeta基组优化以忽略弥散函数,但不知道我这个情况可不可以。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-8 20:49:24 | 只看该作者 Only view this author
2877321934 发表于 2025-3-8 08:41
请问老师,我在使用Gaussian优化某80个原子的金属催化体系,使用def2svp em=gd3bj pbe1pbe关键词优化,该过 ...

不能
OH-、OOH-上的O的负电荷都很集中
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2025-3-8 22:10:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-3-8 20:49
不能
OH-、OOH-上的O的负电荷都很集中

好的 谢谢老师
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发表于 Post on 2025-3-12 14:00:36 | 只看该作者 Only view this author
进行结构优化opt=calcall freq scrf=(pcm,solvent=2,2,2-trifluoroethanol) def2svp empiricaldispersion=gd3 m06 temperature=333.15
,Maximum displacement和RMS displacement不收敛,该怎么处理,求各位大神帮忙

202503121359554874..png (191.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

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[Ir(COD)OMe]2-2.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-13 02:45:43 | 只看该作者 Only view this author
linqifu 发表于 2025-3-12 14:00
进行结构优化opt=calcall freq scrf=(pcm,solvent=2,2,2-trifluoroethanol) def2svp empiricaldispersion=g ...

用PBE0。没事甭用明尼苏达系列泛函优化,又偏贵又容易震荡、出虚频
如果届时几何优化收敛还有问题,看下文照常解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2025-3-14 10:07:15 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sobereva老师

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发表于 Post on 2025-3-14 11:01:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Solitude198 于 2025-3-14 11:38 编辑

各位老师好,现在在找一个轴手性联烯的转换能垒,柔性扫描图中二面角后用两个能量最高处(其实也可以想到是共平面的两种情况)走流程找过渡态,总是收敛到中间体或者其他过渡态,用b3lyp和m062x试了试都不行(基组是6-31g**),我应该扫其他位置吗,还是直接手动调整位置试试

有一个类似的自由基联烯转化,我复现了他的过渡态(m062x/6-31g**),尝试给自己的结构用还是不行,上传了这个

自由基过渡态的gjf ts_radical.gjf (2.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 2) 柔性扫描的log文件 scan.zip (3.61 MB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2025-3-14 14:57:05 | 只看该作者 Only view this author

关于Gaussian 外加电场的一些疑问

各位老师好!我想咨询一下关于Gaussian外加电场方向的一个简单问题
在Gaussian中使用
####
field=read
...
0.001 0.000 0.000
####
是在体系x轴方向上(电场方向由x轴正方向指向x轴负方向,即与x坐标轴方向相反)施加一个大小为0.001a.u.的均匀电场吗?
麻烦各位老师了!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-14 15:09:24 | 只看该作者 Only view this author
ChinaOlder 发表于 2025-3-14 14:57
各位老师好!我想咨询一下关于Gaussian外加电场方向的一个简单问题
在Gaussian中使用
####

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发表于 Post on 2025-3-14 16:12:17 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-3-14 04:01
各位老师好,现在在找一个轴手性联烯的转换能垒,柔性扫描图中二面角后用两个能量最高处(其实也可以想到是 ...

当扫描曲线不连续(出现断崖式下跌)时,最高点往往不是过渡态的一个好的初猜,原因参见DOI: 10.1002/wcms.34的图3及相关讨论。
建议用NEB等方法找过渡态

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Solitude198 + 5 谢谢,我去学习下先

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Zikuan Wang
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发表于 Post on 2025-3-15 13:57:12 | 只看该作者 Only view this author
Solitude198 发表于 2025-3-14 11:01
各位老师好,现在在找一个轴手性联烯的转换能垒,柔性扫描图中二面角后用两个能量最高处(其实也可以想到是 ...

过渡态的时候这个Allenes确定是闭壳层的吗?
也许可以考虑检查下是不是收敛到了正确的电子态?

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Solitude198 + 5 有道理,我也试试这个

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发表于 Post on 2025-3-16 17:45:53 | 只看该作者 Only view this author
以下说法是否正确?

1.已知Gaussian有opt、opt(ts)、opt(saddle=N)的关键词可以分别指定优化目标为势能面极小点、一阶鞍点、N阶鞍点,但即使在合理的计算级别和精度设置下使能量、受力、位移等判据充分收敛,也可能因初始结构不合适(如对称性过高)而在后续振动分析中发现opt的结果有一个虚频、opt(ts)的结果有两个或更多虚频等现象。在启用noeigen(即noeigentest)以避免检测Hessian矩阵本征值有几个为负时,上述关键词实际均仅限定优化目标是势能面上的驻点;无论关键词指定如何,振动分析无虚频的结果(即使来自opt(ts))皆可认为是极小点、单虚频的结果(即使来自opt)皆可认为是一阶鞍点,等等。

2.考虑某分子基态一个基团旋转的过程,势能面相关区域有极小点P和P',二者互相转化的最小能量路径MEP上有一阶鞍点TS作为过渡结构,另有一个一阶鞍点TS'从垂直MEP的路径MEP'上连接到TS,形成势能面二分;因分子具有平面对称性,P、P'和TS'中的基团皆完全在平面上,而TS中的基团偏离平面。正确的过渡态搜索算法能在(1)仅给定P和P'结构时,或者(2)给定P和P'以及不太好的初猜TS'时,打破构象的平面对称性找到TS结构。
√546=23.36664289109

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-17 12:09:41 | 只看该作者 Only view this author
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2025-3-16 17:45
以下说法是否正确?

1.已知Gaussian有opt、opt(ts)、opt(saddle=N)的关键词可以分别指定优化目标为势能 ...

1 "上述关键词实际均仅限定优化目标是势能面上的驻点"这个不确切。见下文提及的RFO算法
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
但不管什么优化算法,最终判断是什么类型的驻点,做法都是相同的

2 是

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Uus/pMeC6H4-/キ + 2 谢谢

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发表于 Post on 2025-3-19 07:25:21 | 只看该作者 Only view this author
请问老师,我在用VMD分析AIMD模拟中两对原子距离的变化,我跑了30条轨线,我根据http://sobereva.com/576博文文末写的成功将单个xyz文件里的原子距离数据导出为文本文件,但是我想请教一下老师,VMD是否有功能能够将多条轨线即多个xyz文件中的几何参数变化合并取平均输出为文本文件呢?还是说只能自己写python脚本实现呢?
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