简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-26 18:28:16

lurensan 发表于 2023-2-26 06:41
各位老师好，我使用B3LYP-D3-def2svp优化包含Fe和Ir的107个原子的结构，优化两天了还没有收敛，只有两个Y ...

优化刚刚进入平台期，还不算是出现长时间没有进展的情形。个人觉得可以再优化个20~30步，如果还是不收敛就杀掉任务，从最后一帧开始用较小步长继续优化

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-27 04:05:12

lurensan 发表于 2023-2-26 13:41
各位老师好，我使用B3LYP-D3-def2svp优化包含Fe和Ir的107个原子的结构，优化两天了还没有收敛，只有两个Y ...

放大末期部分仔细看
如果有收敛趋势，再跑个几十步
如果震荡明显了，按下文解决
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-27 04:08:30

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-26 09:16
%chk=eTS_C2-H7-CH3.chk
%nprocs=8
#p UCCSD(T,T1diag) cc-pVTZ

就8个核算什么CCSD(T)
48个核都给CCSD(T)用
并且不要同时运行多个CCSD(T)任务免得硬盘I/O争抢导致哪个都算不痛快
内存怎么分配的要明确说清楚，CCSD(T)耗内存很大

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-27 09:41:18

请教各位老师，输入文件如图所示，但是out文件显示没有计算。扫描的时候我都是只换结构，关键词套用原来的，但是这个计算不下去。请问这个是高斯的问题吗？谢谢

Lyy1 · 发表于 Post on 2023-2-27 10:12:20

本帖最后由 Lyy1 于 2023-2-27 17:25 编辑

请问各位老师用高斯算自旋耦合的时候，无报错断了之后，如何续算呢？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-27 11:06:49

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-27 11:07 编辑

sobereva 发表于 2023-2-27 04:08
就8个核算什么CCSD(T)
48个核都给CCSD(T)用
并且不要同时运行多个CCSD(T)任务免得硬盘I/O争抢导致哪个 ...

社长，我现在申请到一个64核的服务器，管理员说物理内存是128G，我用free查看了一下，结果如图。①那么我就用这个服务器，一次计算一个CCSD(T)计算，输入文件写明%nprocs=64,%mem=60GB可以吗？②如果这样设置了，对于我想算的联环丁烷结构氢提取反应（25个原子左右），您觉得一次计算任务大概耗时多久呢？谢谢社长

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-27 13:04:37

sobereva 发表于 2023-2-26 03:30
你的模型根本没法用
用CP2K算这个比用Gaussian强百倍
一般都需要4层表面原子，边界还得加氢，得考虑表 ...

sob老师好，我将金刚石换成了过渡金属体系，请这样构建是否合理呢？链接：https://pan.baidu.com/s/1i_eD9e-5-DYpDw1BYHfQ5w?pwd=0000
提取码：0000

498746012 · 发表于 Post on 2023-2-27 15:36:21

各位老师好，哪里可以下载windows版的32位gview呀？

1000ninus7 · 发表于 Post on 2023-2-27 15:46:23

老师你好，请问计算这个分子的福井函数时，由于分子本身是中性，双重态，那么N+1和N-1的电荷和重态分别是1 3和-1 1吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-27 18:26:37

1000ninus7 发表于 2023-2-27 08:46
老师你好，请问计算这个分子的福井函数时，由于分子本身是中性，双重态，那么N+1和N-1的电荷和重态分别是1 ...

N指的是电子数，所以N+1的电荷是-1，N-1的电荷是+1。
这个体系的阳离子和阴离子的自旋多重度（注意没有“重态”这个说法，“重态”两字不能单独成词，必须叫自旋多重度）应该都是1，画一下共振式就知道了

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-27 18:57:37

sobereva 发表于 2023-2-26 03:30
你的模型根本没法用
用CP2K算这个比用Gaussian强百倍
一般都需要4层表面原子，边界还得加氢，得考虑表 ...

另外还想请教一下sob老师，请问博文540中的体系为何银是3层呢？边界需要加氢饱和的情况有哪些呢？

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-27 20:28:31

想跟大家请教一下，想看一下Pt原子负载在一个金属氧化物载体上（其中Pt与金属氧化物载体的4个O成键），想确定一下这个结构中Pt-O的成键轨道分别是那些，有什么方法么（感觉从轨道电子云的分布不是太确定）。

1000ninus7 · 发表于 Post on 2023-2-27 21:06:49

wzkchem5 发表于 2023-2-27 18:26
N指的是电子数，所以N+1的电荷是-1，N-1的电荷是+1。
这个体系的阳离子和阴离子的自旋多重度（注意没有 ...

好的，谢谢老师

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-27 21:35:49

各位老师好，想跟大家请教一下在使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（http://sobereva.com/447），可以指定只显示某些原子之间的轨道图么？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-27 21:53:41

吴双发表于 2023-2-27 14:35
各位老师好，想跟大家请教一下在使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（http://sobereva.com/44 ...

请先定义什么叫“某些原子之间的轨道图”

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