简单量子化学问题答疑专帖

吴双 · 发表于 Post on 2023-2-28 08:29:43

wzkchem5 发表于 2023-2-27 21:53
请先定义什么叫“某些原子之间的轨道图”

老师我想只显示比如C5-O6之间的轨道

11111111m · 发表于 Post on 2023-2-28 10:00:09

52核的服务器，我想同时跑3个16核的任务，是我输入文件不对吗，为什么第二个任务放进去就死了

snljty2 · 发表于 Post on 2023-2-28 10:47:41

11111111m 发表于 2023-2-28 10:00
52核的服务器，我想同时跑3个16核的任务，是我输入文件不对吗，为什么第二个任务放进去就死了

不要同时写%NProcShared和%CPU，看手册Gaussian的Link0。另外%CPU是从0开始数的。

11111111m · 发表于 Post on 2023-2-28 11:12:27

snljty2 发表于 2023-2-28 10:47
不要同时写%NProcShared和%CPU，看手册Gaussian的Link0。另外%CPU是从0开始数的。

我把nproc删了，改了下%cpu，第二个任务还是死了

learn-GAUSSIAN · 发表于 Post on 2023-2-28 16:27:46

请问我在对分子结构进行优化时，假如我的输出文件报错，这时我将报错的.log文件在gaussian view中打开，然后在此基础上调整结构，将调整好的结构继续进行计算最后输出正确的.log文件。
我想问该分子结构优化的结果还有意义吗？因此毕竟中间我将结构进行了调整，它不再是最开始结构。我一直有困惑。

chands · 发表于 Post on 2023-2-28 16:42:54

信息太少没法说，什么结构？什么报错？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-28 17:35:28

吴双发表于 2023-2-28 01:29
老师我想只显示比如C5-O6之间的轨道

分子轨道都是离域的，不可能100%局域在C5-O6之间。你先说一下这个轨道有百分之多少在C5-O6之间，你才认为这个轨道在C5-O6之间，只有给出这个信息才可能可以画

csu-77 · 发表于 Post on 2023-2-28 22:34:32

请教一下Sob老师，最近在算五氧化二磷和醇制备磷酸酯的反应机理，也找到了类似的反应路线（如下图），但五氧化二磷属于分子晶体（结构式如下图所示），所以想问下您：1）能否按照常规的有机合成反应去搜索过渡态，并计算势垒？2）第一步对五氧化二磷进行几何优化和单点能的计算，得出的数值是否可靠？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-28 22:47:37

csu-77 发表于 2023-2-28 15:34
请教一下Sob老师，最近在算五氧化二磷和醇制备磷酸酯的反应机理，也找到了类似的反应路线（如下图），但五 ...

P2O5是先溶解再反应的，还是说反应是直接在P2O5固体表面进行的？
如果是前者，那直接算就行了，虽然P2O5加的时候是固体，但是只要反应的时候是溶解态，就可以当溶解态算；如果是后者，就很麻烦了。
另外注意，必须做构象搜索，且这里生成的多聚磷酸的酸性比较强，可能会自发电离一个或多个H+，必须考虑电离质子的可能性

csu-77 · 发表于 Post on 2023-2-28 23:07:05

本帖最后由 csu-77 于 2023-2-28 23:08 编辑

wzkchem5 发表于 2023-2-28 22:47
P2O5是先溶解再反应的，还是说反应是直接在P2O5固体表面进行的？
如果是前者，那直接算就行了，虽然P2O5 ...

是将五氧化二磷粉末分散到环己烷中，形成了白色乳状物，这个乳状物还是五氧化二磷+环己烷，两者并没有发生反应。另外，调阅了一些文献，也有直接用单独的五氧化二磷分子去书写反应方程式的（如下图），所以就矛盾了，不知该以分子晶体结构作为初始物去搜索过渡态，还是单独的一个分子结构式

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-28 23:23:19

csu-77 发表于 2023-2-28 16:07
是将五氧化二磷粉末分散到环己烷中，形成了白色乳状物，这个乳状物还是五氧化二磷+环己烷，两者并没有发 ...

肯定是按P4O10分子算，因为P4O10分子常温下不会自发分解成两个P2O5分子。计算永远按实际存在的分子来算，而不是按最简化学式来算。
唯一问题在于用一个P4O10分子（对应于五氧化二磷先溶解再反应的情况）还是用很多P4O10分子组成的团簇甚至周期性slab（对应于五氧化二磷不溶解直接反应的情况）。
另外，实验上看到绝大部分五氧化二磷没有溶解，这个还不足以证明五氧化二磷不是先溶解再反应的，因为可能是不断有少量的溶解、和醇反应，反应拉动溶解平衡

csu-77 · 发表于 Post on 2023-3-1 08:55:24

wzkchem5 发表于 2023-2-28 23:23
肯定是按P4O10分子算，因为P4O10分子常温下不会自发分解成两个P2O5分子。计算永远按实际存在的分子来算， ...

感谢感谢

azero · 发表于 Post on 2023-3-1 15:10:38

老师好，最近在学习量子化学。
想请教一下理论方法是不是对应哈密顿算符，而基组对应的是波函数？
因为是学生物的，那些公式完全看不懂

吴双 · 发表于 Post on 2023-3-1 15:25:50

想跟大家请教一下，我在用高斯计算反应机理，目前计算的催化剂中心原子是P，温度323.15 K,溶剂CPCM（乙酸乙酯）（有实验依据）。现在想理论上预测一下更换中心杂原子是否对反应会有影响，这时候模拟反应路径的时候需要是真空下么，还是要和杂原子为P的反应条件一致？

davi · 发表于 Post on 2023-3-1 15:32:47

老师，我想问问如果加了矫正因子，下面算出来的热力学信息是已经矫正过的吗，以及热力学分析之前的频率，是矫正了的，还是没矫正，需要自己手动矫正呢

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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