简单量子化学问题答疑专帖

NGC626 · 发表于 Post on 2023-2-25 16:54:49

本帖最后由 NGC626 于 2023-2-25 16:58 编辑

各位老师好，我想用簇模型给18碳环在金刚石表面吸附的体系做结构优化和振动分析以及单点计算，并做一系列的波函数分析，体系大小为200个原子左右
①目前手里有Gaussian09D01和ORCA5.0.3，请问用什么理论方法和基组合适呢？
②另外想请各位老师看一下，我这样构造的结构是否合理呢？C18我是用的社长在http://sobereva.com/515博文里使用的fchk文件，如果不正确的话应该如何构造18碳环呢？
③计算时是否需要将金刚石边界做冻结呢？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 17:04:23

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-25 17:26 编辑

请教一下各位老师，在“将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法”一文中，①让orca读取波函数计算单点能的输入文件是利用multiwfn生成的吗？②如果我想用CCSD(T)/cc-pVTZ方法，可以直接修改为! UKS CCSD(T)/cc-pVTZ miniprint nopop使用吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-25 17:08:40

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 09:09
老师，没用过orca，我再多嘴问一下，对于这个联环丁烷结构，氢提取、裂解路径都涉及20-30个原子，在集群 ...

活性空间只取CAS(2,2)的话，我感觉计算时间可能也就是B3LYP/def2-TZVP的2~5倍的样子

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-25 17:24:03

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-2-25 17:31 编辑

wzkchem5 发表于 2023-2-25 17:08
活性空间只取CAS(2,2)的话，我感觉计算时间可能也就是B3LYP/def2-TZVP的2~5倍的样子

谢谢老师，您指的是NEVPT2(2,2)/cc-pVTZ吗？如果是CCSD(T)/cc-pVTZ呢，耗时会不会更快呢？感觉还是值得使用orca试试

cokie · 发表于 Post on 2023-2-25 18:08:07

wzkchem5 发表于 2023-2-24 17:33
如果已知这个物质在你所用的溶剂里是强电解质，那就不应该考虑Cl的影响，算的时候放了Cl离子反而是错的。 ...

谢谢您，我确实忽略了这一点的考量！还有个问题想请教您，当材料室强电解质时，我用Gaussian做了S1态的优化（阳离子的部分，在水中），用其结果在ORCA里计算SOC，请问我该如何设置电荷呢？还是说ORCA会自动识别呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-25 18:19:16

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 10:24
谢谢老师，您指的是NEVPT2(2,2)/cc-pVTZ吗？如果是CCSD(T)/cc-pVTZ呢，耗时会不会更快呢？感觉还是值得使 ...

当活性空间足够小时，NEVPT2应该和MP2差不多快，所以比CCSD(T)快得多

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-25 18:20:26

cokie 发表于 2023-2-25 11:08
谢谢您，我确实忽略了这一点的考量！还有个问题想请教您，当材料室强电解质时，我用Gaussian做了S1态的优 ...

高斯计算设多少，orca这边就设多少
没有任何软件能只从结构就识别出电荷，除非提供额外信息（比如这个体系里没有单电子）

慢半拍的小陈 · 发表于 Post on 2023-2-25 20:57:35

本帖最后由慢半拍的小陈于 2023-2-25 22:12 编辑

大家好！我想问一下，我的研究体系仅有四个重原子（碳氢氧），研究内容是CH3、CH3O2、OH等自由基对该分子的氢提取反应。做计算时发现我们课题组的服务器用CCSD（T）/cc-pvdz计算级别做T1诊断都跑不动。请问做T1诊断对计算级别的要求高吗？或着做T1诊断有最低的计算级别要求吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-26 03:23:50

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 09:30
社长再打扰您一下，还是图片里两个环丁烷通过C-C键连接结构的氢提取反应过渡态单点能计算，我在集群利用C ...

QZ可能算不动，但只是cc-pVTZ的话Gaussian的CCSD(T)不可能算不动，特别是如果还能利用结构对称性的情况下还更快。如果真算不动一定是计算存在问题，没细节没法说。
“1000个小时”有严重歧义，wall clock time还是CPU time需要说清楚，一般都默认是前者，然而你又不可能跑了一个多月。而且具体什么配置的机子上跑的必须明确说。
裂解可以用UCCSD(T)，用ORCA跑多参考方法也可以

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-26 03:25:33

慢半拍的小陈发表于 2023-2-25 20:57
大家好！我想问一下，我的研究体系仅有四个重原子（碳氢氧），研究内容是CH3、CH3O2、OH等自由基对该分子的 ...

不可能算不动
拿具体输出文件说事，说具体计算条件
T1诊断用DZ级别的基组也可以接受

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-26 03:27:37

糖糖糖豆9988 发表于 2023-2-25 17:04
请教一下各位老师，在“将Gaussian等程序收敛的波函数作为ORCA的初猜波函数的方法”一文中，①让orca读取波 ...

1 自己写，使得计算级别和Gaussian一致。基于Multiwfn产生的ORCA输入文件再手动改关键词也可以

2 如果Gaussian计算也是U的就写UKS，否则不需要写UKS

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-26 03:30:12

NGC626 发表于 2023-2-25 16:54
各位老师好，我想用簇模型给18碳环在金刚石表面吸附的体系做结构优化和振动分析以及单点计算，并做一系列的 ...

你的模型根本没法用
用CP2K算这个比用Gaussian强百倍
一般都需要4层表面原子，边界还得加氢，得考虑表面重构问题。都考虑起来，已经超过了Gaussian算得动的范畴。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-26 09:11:33

wzkchem5 发表于 2023-2-25 18:19
当活性空间足够小时，NEVPT2应该和MP2差不多快，所以比CCSD(T)快得多

谢谢老师，使用多参考方法就不涉及读取构造的对称破缺初猜波函数，但是要判断活性空间是否合理了

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-2-26 09:16:39

sobereva 发表于 2023-2-26 03:23
QZ可能算不动，但只是cc-pVTZ的话Gaussian的CCSD(T)不可能算不动，特别是如果还能利用结构对称性的情况下 ...

%chk=eTS_C2-H7-CH3.chk
%nprocs=8
#p UCCSD(T,T1diag) cc-pVTZ
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社长，以上是我的输入文件设置，集群是48核数，我用8核可以交6个作业；我15号交的作业，还没有算完，有几个意外中断（之前给您看过）。您看看有什么修改意见呢？谢谢社长

lurensan · 发表于 Post on 2023-2-26 13:41:55

各位老师好，我使用B3LYP-D3-def2svp优化包含Fe和Ir的107个原子的结构，优化两天了还没有收敛，只有两个YES，现在是继续等还是怎么办呢？

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖