简单量子化学问题答疑专帖

chands · 发表于 Post on 2023-3-20 16:58:09

化小白发表于 2023-3-20 15:48
老师，我在优化Pd(CO3)2这个分子的时候，如果我认为Pd为IV价的话，那优化这个分子的话，整体电荷为0，优化 ...

你这个级别严重不符合，建议Pd用赝势+赝势基组，B3LYP算过渡金属体系不是最优。
http://sobereva.com/272
http://sobereva.com/336
http://sobereva.com/373

另外，你要查资料确定Pd的价态和体系的自旋多重度。

化小白 · 发表于 Post on 2023-3-20 17:05:22

chands 发表于 2023-3-20 16:58
你这个级别严重不符合，建议Pd用赝势+赝势基组，B3LYP算过渡金属体系不是最优。
http://sobereva.com/27 ...

不好意思啊，老师，我忘了说，我计算Pd用的SDD，其他C,O的用的是6-31Gd

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-20 17:05:31

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-20 02:38
老师，我之前是直接运行命令“orca_2mkl C4H8 -gbw”了，改成“/home/fym/TL/ORCA/orca_2mkl C4H8 -gbw” ...

可能还是因为你装了不止一个orca版本，没有调用你应该调用的那个版本的orca_2mkl

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-20 17:06:55

化小白发表于 2023-3-20 08:48
老师，我在优化Pd(CO3)2这个分子的时候，如果我认为Pd为IV价的话，那优化这个分子的话，整体电荷为0，优化 ...

“能量越低越稳定“这个规律只有在原子的个数、种类，以及电子的个数相同时才适用。别搞错了适用条件，不能用这个规律判断电子数不同的体系哪个更稳定

化小白 · 发表于 Post on 2023-3-20 17:20:55

wzkchem5 发表于 2023-3-20 17:06
“能量越低越稳定“这个规律只有在原子的个数、种类，以及电子的个数相同时才适用。别搞错了适用条件，不 ...

明白了，老师，那我计算金属-有机配合物M-Pd(CO3)2的能量与单独的M的能量比较谁更稳定时，让M单独优化后的能量+Pd(CO3)2单独优化后的能量，发现配合物M-Pd(CO3)2更稳定，比最终产物M还要稳定，这咋办老师，感觉怎么解释都是不应该生成产物M，可是实验最终生成的就是M为产物

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-20 18:45:47

化小白发表于 2023-3-20 10:20
明白了，老师，那我计算金属-有机配合物M-Pd(CO3)2的能量与单独的M的能量比较谁更稳定时，让M单独优化后 ...

因为”能量越低越稳定“不是严格的规律。”自由能越低越稳定“才是严格的，而且还是得做过浓度校正以后才严格

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-20 19:16:26

wzkchem5 发表于 2023-3-20 17:05
可能还是因为你装了不止一个orca版本，没有调用你应该调用的那个版本的orca_2mkl

好的老师，感谢您的帮助~

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-20 19:16:57

chands 发表于 2023-3-20 16:53
（1）最初的TS应该是正确的，但是要注意到某些复杂反应可能有不止一条反应路径（2）势能面上可能有不止一 ...

好的，谢谢老师

shanqin · 发表于 Post on 2023-3-20 20:11:55

请问各位老师，nbo502报错时可以加scf=conver=6来解决吗？
#p pbe1pbe/genecp pop(NBOREAD,SAVENBOS) scf=conver=6

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-20 20:55:58

shanqin 发表于 2023-3-20 20:11
请问各位老师，nbo502报错时可以加scf=conver=6来解决吗？
#p pbe1pbe/genecp pop(NBOREAD,SAVENBOS) scf= ...

这是SCF不收敛，跟NBO毫无直接联系

好好看
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-21 03:01:50

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-20 16:35
请教各位老师，我利用高斯计算UHF单点，但是SCF不收敛，附件里 SCF.out 和 IOP.out 是没有加/加SCF(conver= ...

7/127跟UHF算单点计算毫无关系，别乱用
该怎么解决怎么解决
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61

shanqin · 发表于 Post on 2023-3-21 09:10:05

sobereva 发表于 2023-3-20 20:55
这是SCF不收敛，跟NBO毫无直接联系

好好看

老师您好，我先优化的配合物。后面在优化好的配合物的基础上进行的nbo计算。但是却报错了

化小白 · 发表于 Post on 2023-3-21 11:20:47

wzkchem5 发表于 2023-3-20 18:45
因为”能量越低越稳定“不是严格的规律。”自由能越低越稳定“才是严格的，而且还是得做过浓度校正以后才 ...

老师，我的最终自由能，是在M06/6-311++G**级别上算过单点+b3lyp/6-31G*级别优化时的矫正能算出来的，但是还是显示中间体M-PdCO3的能量巨低，显得产物M的自由能就很高，而且比生成中间体M-PdCO3的过渡态能量还高，老师，想问一下这可咋解释

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-21 16:39:57

化小白发表于 2023-3-21 04:20
老师，我的最终自由能，是在M06/6-311++G**级别上算过单点+b3lyp/6-31G*级别优化时的矫正能算出来的，但 ...

实验是溶剂相反应吗？计算加溶剂了吗？
实验上得到的Pd(CO3)2，是不是和溶剂有配位，而你计算没有显式考虑这些配位的溶剂分子？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-21 16:40:57

shanqin 发表于 2023-3-21 02:10
老师您好，我先优化的配合物。后面在优化好的配合物的基础上进行的nbo计算。但是却报错了

NBO计算需要先做SCF计算，sob老师是说在NBO计算里的SCF计算步骤报错了，应该按SCF不收敛的处理方法来处理，处理方法和你是否做的是NBO计算无关

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