简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-21 23:31:54

本帖最后由 wzkchem5 于 2023-3-21 16:41 编辑

化小白发表于 2023-3-21 14:27
老师，实验用的是PdCl2,Na2CO3作添加剂

那你单用一个Pd加（不管一个还是两个）CO3是极其不靠谱的做法。有以下几个问题：
（1）你怎么知道Cl-没从Pd上掉下来？Pd2+是软酸，亲氯而不亲氧，虽然[CO3]2-的碱性比Cl-强，可以部分弥补[CO3]2-不够软的问题，但是它是否足以取代Cl-我觉得不是显而易见的。
（2）怎么知道没有生成包括不止一个Pd的团簇？甚至连PdCl2本身都是多聚体（https://en.wikipedia.org/wiki/Palladium(II)_chloride），[CO3]2-的桥联能力很可能比Cl-强，可能更容易形成多聚体。
（3）Na2CO3可能纯粹是靠吸收反应产生的HCl起作用的，根本没配到Pd上。
其实这种简单无机盐的反应，画反应方程式极其简单，但算起来极其难，原因就是很难穷尽所有的多聚体。我们这边以前有博士生算Ir3+等过渡金属离子在不同pH、不同电位下的存在形态，起码算了一两年才搞清楚。画个反应式当然极其简单，Ir3+和OH-反应生成IrxOy(OH)z，搞实验的人很多时候也不需要知道x,y,z等于多少，但是做计算因为必须搞清楚化学计量比以及配位模式，连比如说HCO3-配体的氢是朝向哪边这种做实验的人几乎没人关心的问题都必须搞清楚才能算，所以这种计算极其难做。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-21 23:36:15

KSeGaSn 发表于 2023-3-21 15:01
各位老师好，请问ORCA支持的sTD的方法是否能用于激发态的优化呢？尤其是金属配合物体系中。我的需求是计算 ...

不能。即使能做，加速也有限，因为sTDDFT、sTDA只能加速TDDFT部分计算而不能加速SCF部分计算，而TDDFT结构优化里TDDFT能量部分计算所需时间一般不到总时间一半。

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-3-22 00:55:54

wzkchem5 发表于 2023-3-21 23:36
不能。即使能做，加速也有限，因为sTDDFT、sTDA只能加速TDDFT部分计算而不能加速SCF部分计算，而TDDFT结 ...

好的，感谢老师的指点，是我想的太简单了。所以对于优化激发态得到发射能的任务，目前基本上底限就是TDDFT/TDA了是吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-22 03:44:45

KSeGaSn 发表于 2023-3-21 17:55
好的，感谢老师的指点，是我想的太简单了。所以对于优化激发态得到发射能的任务，目前基本上底限就是TDDF ...

对

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-22 14:46:04

请教各位老师，ORCA计算任务出现图片里的报错，输出文件在附件中，请问这是什么MPI并行有问题吗？其他计算任务可以正常进行，谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-22 17:21:57

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-22 07:46
请教各位老师，ORCA计算任务出现图片里的报错，输出文件在附件中，请问这是什么MPI并行有问题吗？其他计算 ...

其他计算任务包括哪些计算任务？
另外这个计算如果重新提交一次，仍然会报错吗？有时可能是硬件出现了偶然的问题，不是软件层面的问题

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-22 17:34:15

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-22 17:35 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-22 17:21
其他计算任务包括哪些计算任务？
另外这个计算如果重新提交一次，仍然会报错吗？有时可能是硬件出现了偶 ...

谢谢老师，就是计算方法和内存、核数设置完全相同的作业，只是分子结构不同；我重新提交了几次还是不行。之前的多环体系计算好了，换了另一个结构体系，出错的这个结构原子数目要多一些，是不是内存要更改下呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-22 17:35:32

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-22 10:34
谢谢老师，就是计算方法和内存、核数设置完全相同的作业，只是分子结构不同；我重新提交了几次还是不行。 ...

嗯，那可能是内存不够或硬盘不够

for_you · 发表于 Post on 2023-3-23 11:01:14

老师，请问量子化学中的基组是有什么作用，是用来干什么的呢？
我搜索到的资料是: 在量子化学中，基组是用于描述体系波函数的若干具有一定性质的函数。
基组的作用可以这样理解吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-23 17:59:35

for_you 发表于 2023-3-23 04:01
老师，请问量子化学中的基组是有什么作用，是用来干什么的呢？
我搜索到的资料是: 在量子化学中，基组是用 ...

仔细看http://sobereva.com/336和https://en.wikipedia.org/wiki/Basis_set_(chemistry)
你说的这句话虽然正确，但是属于废话，几乎没有有效信息，记住这句话也起不到任何加深理解的作用。

for_you · 发表于 Post on 2023-3-23 20:59:54

wzkchem5 发表于 2023-3-23 17:59
仔细看http://sobereva.com/336和https://en.wikipedia.org/wiki/Basis_set_(chemistry)
你说的这句话虽 ...

老师，我查完资料后，这样理解可以吗？
高斯型函数→原子轨道→基组
基组的作用：
用于电子结构计算、模拟原子轨道ψ、描述电子云ψ*ψ的特征、描述原子轨道的特征、模拟原子轨道波函数的形态、研究多电子体系的电子结构。

498746012 · 发表于 Post on 2023-3-23 23:17:49

各位老师好，请教一下苯环上连有吸电子基团如卤素或者三氟甲基，它们的诱导效应可以通过共轭体系传递吗？其诱导效应对苯环的邻，间，对位有多大的影响呀，诱导效应使得苯环的邻，间，对位都减少相同的电子吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 00:32:01

498746012 发表于 2023-3-23 23:17
各位老师好，请教一下苯环上连有吸电子基团如卤素或者三氟甲基，它们的诱导效应可以通过共轭体系传递吗？其 ...

这种事情用Multiwfn等程序计算原子电荷就知道了

cxh19990601 · 发表于 Post on 2023-3-24 00:35:23

老师好，请问一下ADC(2)和RI加速的RI-ADC(2)除了速度不同外，精度等会有所差异吗？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-24 00:35:27

for_you 发表于 2023-3-23 20:59
老师，我查完资料后，这样理解可以吗？
高斯型函数→原子轨道→基组
基组的作用：

基组定义了做量子化学计算时，各种原子都用多少以及什么特征的基函数。所以有了一个给定的化学体系，再告诉程序用什么基组，实际计算用的基函数就确定了。如果对基函数尚不清楚的话，先去了解变分法的知识。

这里不牵扯原子轨道的事。基函数本身只有数学意义，没有物理意义。只不过对于很多基组，某些基函数着重被用来描述某些原子轨道、有近似的对应性而已。

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