简单量子化学问题答疑专帖

KCM@SHU · 发表于 Post on 2023-3-18 21:45:04

各位老师我想请教一下分子动力学里面的一些参数和DFT计算出来的一些参数可以共用吗？比如说我用分子动力学计算一个有机物的时候我先用DFT优化一下他，最后读取他优化好构型的二面角角度作为力场里面的二面角，或者用DFT里面读取的电荷去定义原子的电荷

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-19 08:19:12

wzkchem5 发表于 2023-3-18 18:11
“就在当前目录下运行orca_2mkl xx -gbw，这意味着使用同一版本的orca吧？”未必，这个取决于你的PATH变 ...

老师，环境变量就是在/home/fym/TL/ORCA，这样可以说明同一个版本吗？谢谢老师

KCM@SHU · 发表于 Post on 2023-3-19 11:03:07

各位老师我想问一下分子动力学和量化计算有什么区别呢？为什么我再用Gaussian计算石墨烯的时候需要在最外的边缘部分加氢，但是我看分子动力学别人建模计算的石墨烯的时候都不考虑边缘加氢呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-19 16:33:34

KCM@SHU 发表于 2023-3-19 04:03
各位老师我想问一下分子动力学和量化计算有什么区别呢？为什么我再用Gaussian计算石墨烯的时候需要在最外的 ...

你说的很可能是孤立体系计算和周期性体系计算的区别
石墨烯这种共价相连的体系的孤立体系计算，不管是不是做动力学，都必须给边缘加氢；如果当作周期性体系来算，那么不管是不是做动力学，都不能给边缘加氢。可能你刚好只接触过孤立体系的量化计算和周期性体系的分子动力学计算，而没有接触过周期性体系的量化计算和孤立体系的分子动力学计算，导致错误归因。
另外，分子动力学和量化计算不是互斥关系，例如从头算动力学（AIMD）既是量化计算，又是分子动力学

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-19 16:34:20

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-19 01:19
老师，环境变量就是在/home/fym/TL/ORCA，这样可以说明同一个版本吗？谢谢老师

你在把波函数转换成gbw格式的时候，是怎么调用orca_2mkl的？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-19 20:52:15

KCM@SHU 发表于 2023-3-18 16:13
各位老师我想问一下就是如果在做分子动力学模拟的时候，各个原子之间的力场参数会受化学环境的影响大吗？比 ...

“铀酰和这个组成这个有机物的各个原子作用的力场参数” 病句

看具体什么参数，原子电荷、范德华参数、bonded、angle、dihedral等都叫参数。化学环境的差异也必须说明相差多大，诸如只是弱相互作用程度的，还是形成化学键程度的

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-19 20:53:10

KCM@SHU 发表于 2023-3-18 21:45
各位老师我想请教一下分子动力学里面的一些参数和DFT计算出来的一些参数可以共用吗？比如说我用分子动力学 ...

看sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop里的例子，有现成这么做的

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-19 20:54:06

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-19 08:19
老师，环境变量就是在/home/fym/TL/ORCA，这样可以说明同一个版本吗？谢谢老师

运行which orca、which orca_2mkl，看都显示什么

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-19 20:56:58

KCM@SHU 发表于 2023-3-19 11:03
各位老师我想问一下分子动力学和量化计算有什么区别呢？为什么我再用Gaussian计算石墨烯的时候需要在最外的 ...

量子化学计算时边缘加氢是为了避免边缘的碳存在悬键，导致电子结构状态和实际石墨烯的情况差异过大。分子力场的计算没有这个问题，不需要刻意加氢。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-20 09:38:37

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-20 14:36 编辑

wzkchem5 发表于 2023-3-19 16:34
你在把波函数转换成gbw格式的时候，是怎么调用orca_2mkl的？

老师，我之前是直接运行命令“orca_2mkl C4H8 -gbw”了，改成“/home/fym/TL/ORCA/orca_2mkl C4H8 -gbw”后可以读取计算了；计算的时候我还发现，当换了一个终端的时候同样也不能读取，在这个终端下再次转化成.gbw文件才可以读取，这是什么原因呢？谢谢老师

~。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-20 09:41:34

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-3-20 10:31 编辑

sobereva 发表于 2023-3-19 20:54
运行which orca、which orca_2mkl，看都显示什么

谢谢社长，这里我忘记指明路径运行，直接orca_2mkl xx -gbw了，改成/home/fym/TL/ORCA/orca_2mkl xx -gbw就解决，谢谢您~

化小白 · 发表于 Post on 2023-3-20 15:48:43

老师，我在优化Pd(CO3)2这个分子的时候，如果我认为Pd为IV价的话，那优化这个分子的话，整体电荷为0，优化出来的分子能量为-655.419516a.u., 但是如果认为Pd为II价，优化这个分子时，整体电荷写-2，优化出来的分子能量为-655.776197a.u.，都是在b3lyp/6-31G*的水平上用SMD溶剂模型优化的，想问一下老师，Pd(CO3)2不应该就是IV价吗？为什么反而能量更高呢？老师是不是计算级别太低了，需要加弥散再优化一遍？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-20 16:05:44

请教各位老师，我在扫描一个已经通过IRC验证的TS的二面角时，扫描曲线上出现了能量更低的点，我取来该点结构进一步作为过渡态初猜进行优化，但是重新优化出的TS连接的不是目标反应物/产物。请问：①这应该不影响我最初TS的正确性？②为什么会有这种现象呢？谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-3-20 16:35:46

请教各位老师，我利用高斯计算UHF单点，但是SCF不收敛，附件里 SCF.out 和 IOP.out 是没有加/加SCF(conver=6,novaracc) IOp(7/127=-99)的输出文件，均报错SCF不收敛，但是IOP.out中显示“Leave Link 601 at Mon Mar 20 15:24:45 2023, MaxMem= 104857600 cpu: 1.0 elap: 0.7
(Enter D:\user files\software\g16w\l801.exe)
SCFChk: SCF convergence 8.02D-07 required 1.00D-08”，已经设置了conver=6，SCF convergence 8.02D-07 还是不收敛，那么这个提示是表示SCF收敛限并没有改变成功吗？谢谢老师

chands · 发表于 Post on 2023-3-20 16:53:18

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-20 16:05
请教各位老师，我在扫描一个已经通过IRC验证的TS的二面角时，扫描曲线上出现了能量更低的点，我取来该点结 ...

（1）最初的TS应该是正确的，但是要注意到某些复杂反应可能有不止一条反应路径（2）势能面上可能有不止一个极大值，你的扫描+优化恰巧碰上另一个极大值，当然这个极大值不一定是你想要的。

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