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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-28 04:54:25 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2023-3-27 17:28
sob老师您好,哪种电荷更好呢?

Hirshfeld电荷
另外,如果在Multiwfn里做Mulliken布居分析,还可以把pi和sigma布居数分别讨论考察对sigma和pi电子各自的影响。见下文的“计算苯酚的pi电子布居数和绘制pi电子密度分布图”
在Multiwfn中单独考察pi电子结构特征
http://sobereva.com/432http://bbs.keinsci.com/thread-10610-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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发表于 Post on 2023-3-28 10:18:58 | 只看该作者 Only view this author

出现这种情况是能量震荡吗

新手刚接触计算没多久,第一次碰到这种情况,分子体系比较小,算了一个晚上出现了这种情况,是不是发生了震荡,我直接停掉了重新计算可以吗?

震荡.jpg (324.91 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-28 10:28:54 | 只看该作者 Only view this author
吃饭睡觉打豆豆 发表于 2023-3-28 10:18
新手刚接触计算没多久,第一次碰到这种情况,分子体系比较小,算了一个晚上出现了这种情况,是不是发生了震 ...

都规律性波动了,当然震荡了。杀了任务按下文处理
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2023-3-28 10:33:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-28 10:28
都规律性波动了,当然震荡了。杀了任务按下文处理
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://s ...

谢谢sob老师回复 我心里有数了

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发表于 Post on 2023-3-28 15:38:43 | 只看该作者 Only view this author
老师们好,我在用orca做优化和频率分析时,选择了opt freq关键字,当下优化4小时已SCF收敛结束,但频率分析耗时已经20小时尚未结束,我想停下任务,只取用opt结果,以及相应的原子坐标,请问应该输入什么命令来完成上述操作呢?

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发表于 Post on 2023-3-28 16:17:47 | 只看该作者 Only view this author
sob老师您好,请问使用opt freq b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj 关键词时,是只会对第一个任务即 opt 任务添加 DFT-D3 校正吗?两个任务都使用 DFT-D3 校正的话,只能写两个 gjf 文件然后单独计算吗?(即,opt b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj; freq b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj)

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2023-3-28 19:14:39 | 只看该作者 Only view this author
Miao 发表于 2023-3-28 16:17
sob老师您好,请问使用opt freq b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3bj 关键词时,是只会对第一个任务即 opt 任务添加 ...

freq会在同一级别的势能面上计算,所以写opt freq xxx/xx em=gd3bj, em=gd3bj同时对opt freq生效。
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2023-3-28 20:16:41 | 只看该作者 Only view this author
各位老师,我对一个200原子的金属配合物体系在ORCA中进行优化后成功收敛,但对优化后的结构进行频率计算时,求解CP-SCF分成了14个IBatch,前面都顺利计算了,但在计算IBatch 11 ITERATION   7时计算莫名其妙停止了(每个IBatch大概9~10个ITERATION 每个ITERATION耗时8分钟,目前这个ITERATION已经停了5个小时了),CPU基本0占用,也没有显示报错或结束,请问这个情况该如何处理呢?计算是在RI-def2-SV(P)水平下进行的。

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发表于 Post on 2023-3-28 20:19:32 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-3-28 15:38
老师们好,我在用orca做优化和频率分析时,选择了opt freq关键字,当下优化4小时已SCF收敛结束,但频率分析 ...

你要不直接用OfakeG读取out文件的优化历程,然后直接把最后一帧保存出来就行了。有了优化后的坐标,反正你优化都这么快,想要波函数就重新算个单点。

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发表于 Post on 2023-3-28 20:33:00 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2023-3-28 19:14
freq会在同一级别的势能面上计算,所以写opt freq xxx/xx em=gd3bj, em=gd3bj同时对opt freq生效。

明白了,谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-3-28 20:47:06 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-3-28 13:19
你要不直接用OfakeG读取out文件的优化历程,然后直接把最后一帧保存出来就行了。有了优化后的坐标,反正 ...

直接取orca输出的xyz文件更快
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2023-3-28 21:42:59 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-28 20:47
直接取orca输出的xyz文件更快

不好意思老师,我疏忽了…

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发表于 Post on 2023-3-28 22:51:02 | 只看该作者 Only view this author
老师,请问我在做镧系锕系计算的时候,在几何优化和频率计算时候用的6-311g*混合赝势基组,我想在计算能量时提高基组,老师您有推荐吗?

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发表于 Post on 2023-3-28 23:29:12 | 只看该作者 Only view this author
shanqin 发表于 2023-3-28 15:51
老师,请问我在做镧系锕系计算的时候,在几何优化和频率计算时候用的6-311g*混合赝势基组,我想在计算能量 ...

几何优化对镧系锕系用的什么赝势基组?
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-29 04:53:03 | 只看该作者 Only view this author
shanqin 发表于 2023-3-28 22:51
老师,请问我在做镧系锕系计算的时候,在几何优化和频率计算时候用的6-311g*混合赝势基组,我想在计算能量 ...

如果是普通泛函,一般用到def2-TZVPP就足够了。锕系可以用def-TZVPP
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