计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

  [复制链接 Copy URL]

449

帖子

0

威望

1561

eV
积分
2010

Level 5 (御坂)

1051#
发表于 Post on 2023-3-27 10:55:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 cokie 于 2023-3-27 17:27 编辑

想请教各位老师,我用ORCA优化一个300个原子左右的弱相互作用体系,加入了RI加速和gCP矫正。但优化出的.out文件没有包含优化后的原子坐标,并且用Gaussian打开会显示报错"说任务或正在运行或未能正常结束”是什么原因呢?“.inp“”文件如图。是因为添加了“miniprint”关键词吗?

QQ截图20230327105504.jpg (212.71 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

输出文件正常结束

输出文件正常结束

微信截图_20230327172659.png (106.49 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

输入文件

输入文件

37

帖子

0

威望

135

eV
积分
172

Level 3 能力者

1052#
发表于 Post on 2023-3-27 12:13:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-27 01:00
如果你用的催化剂没有手性,也没有其他任何导致手性对称性破缺的因素(例如手性溶剂等),那么可以只算一 ...

谢谢老师

37

帖子

0

威望

135

eV
积分
172

Level 3 能力者

1053#
发表于 Post on 2023-3-27 12:13:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-27 00:56
没必要再去优化,直接对结构用gview或Multiwfn的几何操作功能(http://sobereva.com/610)做镜面反转就完 ...

谢谢老师

33

帖子

0

威望

341

eV
积分
374

Level 3 能力者

1054#
发表于 Post on 2023-3-27 14:47:41 | 只看该作者 Only view this author

下载Orca_2mkl

老师您好, 我想用Multiwfn对ORCA的计算结果进行波函数分析,请问orca_2mkl从哪里下载呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120184

管理员

公社社长

1055#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-27 14:49:52 | 只看该作者 Only view this author
SHANY 发表于 2023-3-27 14:47
老师您好, 我想用Multiwfn对ORCA的计算结果进行波函数分析,请问orca_2mkl从哪里下载呢?

ORCA程序包里自带
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120184

管理员

公社社长

1056#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-27 14:50:32 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-3-27 10:55
想请教各位老师,我用ORCA优化一个300个原子左右的弱相互作用体系,加入了RI加速和gCP矫正。但优化出的.out ...

分清楚Gaussian和GaussView
优化产生的结构在当前目录下的xyz文件里

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

33

帖子

0

威望

341

eV
积分
374

Level 3 能力者

1057#
发表于 Post on 2023-3-27 15:38:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-27 14:49
ORCA程序包里自带

找到了,多谢老师

449

帖子

0

威望

1561

eV
积分
2010

Level 5 (御坂)

1058#
发表于 Post on 2023-3-27 16:43:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-27 14:50
分清楚Gaussian和GaussView
优化产生的结构在当前目录下的xyz文件里

多谢老师指正我的错误,想问一下老师我当前目录下,只有“.densities、.gbw、.out、property.txt”这几个文件,并未生成“.xyz、.opt”等文件,请问老师我应该如何修改我的输入文件,来使得其输出这些文件呢?(已显示SCF CONVERGED)

1万

帖子

0

威望

9004

eV
积分
20764

Level 6 (一方通行)

1059#
发表于 Post on 2023-3-27 17:16:53 | 只看该作者 Only view this author
cokie 发表于 2023-3-27 09:43
多谢老师指正我的错误,想问一下老师我当前目录下,只有“.densities、.gbw、.out、property.txt”这几个 ...

要么是程序异常终止了,要么是你这个任务根本不是结构优化任务,关键词写错了,要么是你用了一个脚本提交的orca任务,这个脚本把输入文件拷到了别处做计算,再把输出文件拷回来,但是脚本忘了拷xyz和opt文件
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

581

帖子

0

威望

1680

eV
积分
2261

Level 5 (御坂)

1060#
发表于 Post on 2023-3-27 17:28:24 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-3-24 00:32
这种事情用Multiwfn等程序计算原子电荷就知道了

sob老师您好,哪种电荷更好呢?

581

帖子

0

威望

1680

eV
积分
2261

Level 5 (御坂)

1061#
发表于 Post on 2023-3-27 17:29:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-24 00:40
另一种方法是查一下这些基团的Hammett取代基常数

谢谢老师

449

帖子

0

威望

1561

eV
积分
2010

Level 5 (御坂)

1062#
发表于 Post on 2023-3-27 17:34:56 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-27 17:16
要么是程序异常终止了,要么是你这个任务根本不是结构优化任务,关键词写错了,要么是你用了一个脚本提交 ...

好的谢谢老师,就是说正常的优化命令,xyz会自动输出不需要额外添加关键词对吧,我再从头检查一次

334

帖子

0

威望

2355

eV
积分
2689

Level 5 (御坂)

1063#
发表于 Post on 2023-3-27 18:18:18 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 霜晨月 于 2023-3-31 09:42 编辑

----------------------------------------

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

1064#
发表于 Post on 2023-3-27 19:24:34 | 只看该作者 Only view this author
请教老师,在利用orca计算的时候终端报错图片内容,输出文件显示“ORCA finished by error termination in SCF”与SCF有关,但是和之前SCF不收敛报错的内容不同。使用的方法是“! UHF DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF”,输出文件在附件中,请问这也是SCF不收敛导致的报错吗?谢谢老师

202303271920571297..png (129.4 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

终端报错

终端报错

输出.out

35.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

477

帖子

0

威望

887

eV
积分
1364

Level 4 (黑子)

1065#
发表于 Post on 2023-3-27 19:34:16 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2023-3-27 19:38 编辑
wzkchem5 发表于 2023-3-22 17:35
嗯,那可能是内存不够或硬盘不够

老师再打扰您一下,之前图片里报错的问题,对于23~26个原子的结构,依然使用方法“! UHF DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF”的话,我通过将核数降低到1,内存增大至80000后才可以正常运算(之前是16原子,采用8核,8000内存),机子内存情况如图片2;我目前有一个作业正在计算,我打算看一下他能算多久。请问老师:对于这样的计算,您还建议使用“! UHF DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF”计算吗?谢谢

202303271925333369..png (51.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 17)

内存

内存

202303271915416527..png (309.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

终端报错内容

终端报错内容

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-17 22:39 , Processed in 0.359556 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list