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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-3-25 17:01:50 | 只看该作者 Only view this author

计算小白,怎么计算单自由基的SOMO

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发表于 Post on 2023-3-25 17:11:23 | 只看该作者 Only view this author
帖子不符合论坛要求,按http://sobereva.com/620的要求修改后我们再回答
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2023-3-25 19:41:41 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西 发表于 2023-3-25 12:29
用vasp优化Co表面TOP位垂直吸附H2的结构,但是优化完之后H2分成两个原子了,请问这是为什么?是因为把H2放 ...

实验上确定这个H2不会解离成两个H原子吗?
有的基底上H2吸附本来就是会直接解离的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-3-25 19:46:54 | 只看该作者 Only view this author

高斯09计算跃迁偶极矩

想请问一下各位老师,高斯09里面怎么去计算跃迁偶极矩呢  如果有示例就更好了

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发表于 Post on 2023-3-25 20:10:27 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-25 19:41
实验上确定这个H2不会解离成两个H原子吗?
有的基底上H2吸附本来就是会直接解离的

有可能解离,但是我看的文献里算吸附的好像都不是这样,包括之前用gaussian算其他体系吸附的时候一般是不会断键的,只是把键拉长了。我设想的是吸附之后把H-H键拉长,后面算过渡态的时候才会涉及完全断键

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-25 21:35:44 | 只看该作者 Only view this author
cpchcy 发表于 2023-3-25 19:46
想请问一下各位老师,高斯09里面怎么去计算跃迁偶极矩呢  如果有示例就更好了

Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314http://bbs.keinsci.com/thread-2413-1-1.html
使用Multiwfn+VMD绘制片段贡献的跃迁偶极矩矢量
http://sobereva.com/396http://bbs.keinsci.com/thread-7459-1-1.html
使用Multiwfn计算激发态间的跃迁偶极矩和各个激发态的偶极矩
http://sobereva.com/227
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-25 21:47:05 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西 发表于 2023-3-25 20:10
有可能解离,但是我看的文献里算吸附的好像都不是这样,包括之前用gaussian算其他体系吸附的时候一般是不 ...

不要24小时内在思想家公社QQ群和计算化学公社论坛里问同一问题,注意看群文件里群规,以及论坛置顶的论坛新社员必读贴。你的帖子已删,下次扣分处理

群里都回过了



第一性原理计算和VASP的问题别在简单量化答疑专贴里问
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发表于 Post on 2023-3-26 00:03:15 | 只看该作者 Only view this author
卡卡西 发表于 2023-3-25 13:10
有可能解离,但是我看的文献里算吸附的好像都不是这样,包括之前用gaussian算其他体系吸附的时候一般是不 ...

文献也是算的Co吗?也是同样的晶面吗?
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-26 02:33:41 | 只看该作者 Only view this author
张飞机 发表于 2023-3-25 17:01
计算小白,怎么计算单自由基的SOMO

先把要用的程序说清楚,并且说具体要算什么,看轨道图还是算能量之类。
以后发帖前仔细看下文
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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发表于 Post on 2023-3-26 16:47:14 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,比如现在用Gaussian已经找到了一个反应的一个路径的反应物 过渡态和产物,现在想再找到其对映异构体的路径,就直接用Gviews对反应物 产物和过渡态进行构型翻转,然后分别进行优化就行了吗?第二个问题就是对映异构体间不是只有旋光性有区别,能量等性质的都一样吗,那为什么还要计算另一条手性路径?谢谢老师答疑

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-3-27 00:56:15 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2023-3-26 16:47
各位老师好,比如现在用Gaussian已经找到了一个反应的一个路径的反应物 过渡态和产物,现在想再找到其对映 ...

没必要再去优化,直接对结构用gview或Multiwfn的几何操作功能(http://sobereva.com/610)做镜面反转就完了

能量等一样。本来就没必要计算,除非研究的问题涉及到不仅仅是简单的镜面反映,比如还涉及到和其它手性物质的反应、复合等。
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发表于 Post on 2023-3-27 01:00:46 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2023-3-26 09:47
各位老师好,比如现在用Gaussian已经找到了一个反应的一个路径的反应物 过渡态和产物,现在想再找到其对映 ...

如果你用的催化剂没有手性,也没有其他任何导致手性对称性破缺的因素(例如手性溶剂等),那么可以只算一条,另一条反应途径里涉及的物种的结构、CD光谱等通过镜面反映得到,能量、自由能等可以直接照搬过来。但是文章里措辞要注意,不能说自己算了两条途径(因为有一条你没有直接算),但我觉得“计算表明,这两条途径blablabla”这种措辞应该没问题。
但如果是手性催化,那么两条途径只有总能量/自由能变化是一致的,能垒/自由能垒有可能不一致,因为底物、中间体等的对映异构体一旦和催化剂结合,就变成了非对映异构体。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2023-3-27 09:35:02 | 只看该作者 Only view this author

求助文件转换

求助,有什么软件能将Gaussian的输出.log文件转换成ORCA的输出文件的.out

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米宝舞 发表于 2023-3-27 09:35
求助,有什么软件能将Gaussian的输出.log文件转换成ORCA的输出文件的.out

没有也不可能有这种程序

顶多是在特定条件下用OfakeG,具体看此文
OfakeG:使GaussView能够可视化ORCA输出文件的工具
http://sobereva.com/498http://bbs.keinsci.com/thread-13952-1-1.html
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发表于 Post on 2023-3-27 10:45:09 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-3-21 16:40
NBO计算需要先做SCF计算,sob老师是说在NBO计算里的SCF计算步骤报错了,应该按SCF不收敛的处理方法来处理 ...

好的 谢谢

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