简单量子化学问题答疑专帖

糖糖糖豆9988

请教各位老师，对于图片势能面里所示的1-6的单分子反应（涉及氢迁移、β断裂的异构化反应）过程，MESS只能计算双分子反应，请问对于这种从头到尾都是单分子的反应，第一步还是无能垒反应，怎么计算这个全过程的速率常数呢？谢谢老师

wzkchem5

498746012 发表于 2023-3-31 02:32
感觉氢原子链只有σ键，但是这里出现了类似乙炔的圆筒状的Π键，所有感觉很奇怪

这个不是pi键，而是2s轨道形成的sigma键。数一下径向和角向节面的数目就知道了

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-31 08:23
请教各位老师，对于图片势能面里所示的1-6的单分子反应（涉及氢迁移、β断裂的异构化反应）过程，MESS只能 ...

用kisthelp或polyrate

科研的小掰

ntering Link 1 = D:\G09W\l1.exe PID=     14908.

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and D. J. Fox, Gaussian, Inc., Wallingford CT, 2013.

******************************************
Gaussian 09:  IA32W-G09RevD.01 24-Apr-2013
                31-Mar-2023
******************************************
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\202301\HCO3.chk
fname=C:\Users\Administrator\Desktop\202301\HCO3.chk fd = -1

open-new-file新手

wzkchem5

C:\Users\Administrator\Desktop\202301\HCO3.chk这个文件存在吗？
C:\Users\Administrator\Desktop\202301这个文件夹你有读取和写入的权限吗？

sobereva

KCM@SHU 发表于 2023-3-31 10:38
各位老师我想问一下我在做分子动力学模拟离子扩散的时候有什么办法可以把离子在扩散过程中每一阶段的扩散的 ...

此问题跟量子化学无关，去分子模拟板块发帖问

sobereva

orangesea 发表于 2023-3-31 14:52
老师您好，对于Mulliken population有些疑问。
对于(1)
在Multiwfn手册的描述是：

波函数分析问题去1L的红字标注的帖子问

sobereva

498746012 发表于 2023-3-31 09:32
感觉氢原子链只有σ键，但是这里出现了类似乙炔的圆筒状的Π键，所有感觉很奇怪

这是具有里德堡特征的轨道，不是价层轨道
看下文
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284（http://bbs.keinsci.com/thread-840-1-1.html）

sobereva

糖糖糖豆9988 发表于 2023-3-31 15:23
请教各位老师，对于图片势能面里所示的1-6的单分子反应（涉及氢迁移、β断裂的异构化反应）过程，MESS只能 ...

用决速步的k讨论，看下文
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs.keinsci.com/thread-14313-1-1.html）

sobereva

xuexi123. 发表于 2023-3-30 14:51
各位老师好，本人做完IRC分析后，想提取能量和坐标的关系然后自己重新做图，但是发现了一个问题不知道咋回 ...

一般计算化学问题别发到灌水与杂谈板块，扰乱论坛秩序

IRC末尾的summary部分以过渡态的能量作为0点。给的不是绝对能量

sobereva

科研的小掰 发表于 2023-3-31 19:51
ntering Link 1 = D:\G09W\l1.exe PID=     14908.

Copyright (c) 1988,1990,1992,1993,1995,1998,2003 ...

明显是文件无法打开，检查chk文件路径。根据报错理解可能的原因

NGC626

wzkchem5 发表于 2023-3-29 16:44
maxcore和pal要写在inp文件里而非cmp文件里，xyz坐标也要写在inp文件里。另外因为你改动了compound脚本， ...

不好意思老师，我是菜鸟，使用ORCA还不到一个月，我在命令窗口提交运行之后，它提示number expected in COORDS/FirstCoordinate ATOM-NO 0，请问这是什么含义呢？需要如何修改输入文件或者cmp文件呢？这是我的输入文件夹

糖糖糖豆9988

sobereva 发表于 2023-4-1 06:02
用决速步的k讨论，看下文
谈谈如何通过势垒判断反应是否容易发生
http://sobereva.com/506（http://bbs ...

社长，请问您推荐的这种用决速步能垒，然后再利用您给的表格计算的方法，适合我目前第一步是无能垒反应的体系吗？谢谢您

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-3-31 19:20
用kisthelp或polyrate

谢谢老师，我知道kisthelp可以计算单个的单分子反应、无能垒反应，但是kisthelp也能计算A=B=C=D这种多势阱单分子反应的A-D的反应速率吗？

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-1 07:32
谢谢老师，我知道kisthelp可以计算单个的单分子反应、无能垒反应，但是kisthelp也能计算A=B=C=D这种多势 ...

你只需要把这个速率算到和过渡态理论的结果一样准吗？还是需要考虑隧穿乃至更高阶的贡献？以及你需要定量对比这个反应和另外一个并行反应的速率常数吗？