简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-1 14:53:31

NGC626 发表于 2023-4-1 02:53
不好意思老师，我是菜鸟，使用ORCA还不到一个月，我在命令窗口提交运行之后，它提示number expected in C ...

在手册里搜xyzfile和%compound，看看手册里是怎么写的，然后一个字母一个字母照抄，一个符号都不要抄错。不要自己发明写法

wangtao1992 · 发表于 Post on 2023-4-1 15:27:24

我在优化分子基态结构，出现了Error on total polarization charges，但是最终正常收敛了，这种结果可取吗？一般怎么解决。谢谢老师！

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-1 15:29:18

wzkchem5 发表于 2023-4-1 14:50
你只需要把这个速率算到和过渡态理论的结果一样准吗？还是需要考虑隧穿乃至更高阶的贡献？以及你需要定量 ...

老师，其实我自己不是特别清除计算势能面之后速率常数要怎么表示，但是看到毕业的前辈们论文里都是计算R+O2(我第一步的无能垒反应)——不同产物的反应速率分支比，如图。一般氢迁移反应都是要考虑隧穿效应，然后不同反应根据势垒高度以及速率常数的大小判断优先顺序。但是老师你细看我计算的势能面，我计算的就是之前那个多环结构加氧反应体系，相比于一般链烷烃加氧反应的势能面，能垒挺高的，感觉不太好。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-1 16:47:15

wangtao1992 发表于 2023-4-1 15:27
我在优化分子基态结构，出现了Error on total polarization charges，但是最终正常收敛了，这种结果可取吗 ...

老生常谈的问题，结合语境理解error是“报错”还是“误差”

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-1 17:10:22

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-1 08:29
老师，其实我自己不是特别清除计算势能面之后速率常数要怎么表示，但是看到毕业的前辈们论文里都是计算R+ ...

这种成键方式比较特殊的体系，能垒如果偏高，优先考虑是理论级别不够高的影响

wangtao1992 · 发表于 Post on 2023-4-2 10:52:53

sobereva 发表于 2023-4-1 16:47
老生常谈的问题，结合语境理解error是“报错”还是“误差”

理解了，感谢感谢

NGC626 · 发表于 Post on 2023-4-2 11:22:44

wzkchem5 发表于 2023-4-1 14:53
在手册里搜xyzfile和%compound，看看手册里是怎么写的，然后一个字母一个字母照抄，一个符号都不要抄错。 ...

老师好，我查阅了手册的8.16和9.47部分，8.16部分提到如果把坐标写在inp文件里，则不需要以end结尾，示例的cmp文件中没有写体系坐标，9.47部分我还看不太明白，看起来类似于编程，另外我借鉴了这篇帖子(http://bbs.keinsci.com/thread-23775-1-1.html)里的inp和cmp文件，但还是无法正常运行，这是我的inp文件和cmp文件，以及out文件

雾雨魔理沙daze · 发表于 Post on 2023-4-3 07:41:43

本帖最后由雾雨魔理沙daze 于 2023-4-3 08:04 编辑

各位老师好，请问如何用Gaussian做二维（两个变量）的柔性扫描？

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-4-3 09:18:22

各位老师好，我目前用纯泛函PBE对金属配合物进行基态优化，同时用杂化泛函PBE0对S1激发态进行优化，但对于用UKS进行T1激发态优化时，可以在优化步骤用PBE+自选多重度3，然后对优化好的结构用TDDFT+PBE0+自旋多重度为1进行单点计算吗？计算的分子带部分电荷转移特征，另外可能还需要有T2、T3态在T1优化构型下的能量信息。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-3 11:05:10

wzkchem5 发表于 2023-4-1 17:10
这种成键方式比较特殊的体系，能垒如果偏高，优先考虑是理论级别不够高的影响

老师，是在m062x/6-311G(d,p)水平优化结构，DLPNO-CCSD(T) tightPNO RIJK cc-pVTZ cc-pVTZ/JK cc-pVTZ/C tightSCF水平计算的单点能。

Miao · 发表于 Post on 2023-4-3 20:07:13

各位老师，我在进行结构（苯乙醚）优化时，发现使用不同的初始结构进行优化时（使用的初始结构来自于GaussView手工绘制、NIST数据库导出等），最终得到的优化结构也是不同的（主要是键角和二面角存在差异）。请问如何判断哪个优化结构更加合理，以及如何选择和使用初始结构？
感谢各位老师赐教。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-3 20:33:24

请教各位老师，对于图中的结构，gaussview显示的自旋多重度是2，但O原子这种成键如何解释呢?谢谢老师

chands · 发表于 Post on 2023-4-3 22:00:59

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-3 20:33
请教各位老师，对于图中的结构，gaussview显示的自旋多重度是2，但O原子这种成键如何解释呢?谢谢老师

是RO2形式的自由基吗？自旋多重度是2。GaussView的键级是用简单算法算的（比如用距离判断键级），不一定反应真实成键情况。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-3 22:26:02

Miao 发表于 2023-4-3 13:07
各位老师，我在进行结构（苯乙醚）优化时，发现使用不同的初始结构进行优化时（使用的初始结构来自于GaussV ...

一般来说，一个构象的能量越低越合理。严格来说需要做构象搜索（http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html）才能知道哪个构象是能量最低的。有时根据化学常识即可判断哪个构象最低，或者画有限多个构象即可穷尽这个分子的所有构象，又或者虽然不知道哪个构象能量最低、但已知对自己研究的问题几乎没有影响，这些情况下可以不做构象搜索。除此之外的情况下，不管手画、从NIST下载，乃至于从晶体cif文件里获得初始结构，都不能保证构象是能量最低的，所以必须做构象搜索。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-3 22:27:24

NGC626 发表于 2023-4-2 04:22
老师好，我查阅了手册的8.16和9.47部分，8.16部分提到如果把坐标写在inp文件里，则不需要以end结尾，示例 ...

可以在orca论坛的Compound Scripts版面问一下

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

高斯计算加入默认溶剂化模型后，出现Error on total polarization charges怎么办？