简单量子化学问题答疑专帖

shanqin

wzkchem5 发表于 2023-3-28 23:29
几何优化对镧系锕系用的什么赝势基组？

我是用的RECP对过渡金属

shanqin

sobereva 发表于 2023-3-29 04:53
如果是普通泛函，一般用到def2-TZVPP就足够了。锕系可以用def-TZVPP

好的 谢谢sob老师

NGC626

各位老师好，我在用ORCA给一个结构做optfreq的时候出现了虚频，提升格点精度之后，虚频大幅减小，但之后用了许多方法也无法再消除虚频了，包括使用更严格的收敛限和recalc，因此我想在ORCA中尝试用ITERATIVE_OPTIMIZATION方法消除虚频，请问输入文件和修改后的cmp文件格式是否正确呢？inp文件和cmp文件如下

wzkchem5

NGC626 发表于 2023-3-29 08:26
各位老师好，我在用ORCA给一个结构做optfreq的时候出现了虚频，提升格点精度之后，虚频大幅减小，但之后用 ...

maxcore和pal要写在inp文件里而非cmp文件里，xyz坐标也要写在inp文件里。另外因为你改动了compound脚本，要用%compound而非!compound调用这个cmp文件。此外inp文件里不要再写理论级别。
注意说明书写了两种用compound script的方法，涉及到自己改动compound script的写法和不涉及的写法非常不同，不要搞混了

jshxfzmn

我运行的是g09,提交任务后出现文件如下:


求各位大佬，帮忙看看哪里出错了




Problem with file /sob/g09/l1.exe omode 33279 compare 7.
Error: segmentation violation
   rax 0000000000000000, rbx 00007ffd57bf0920, rcx 0000150eeb20175b
   rdx 0000000005d3d400, rsp 00007ffd57be4aa8, rbp 0000000000000000
   rsi 000000000000000b, rdi 00000000000146b3, r8  00007ffd57be4a98
   r9  0000000000000000, r10 0000150eeb1d1f60, r11 0000000000000202
   r12 00007ffd57bf154c, r13 00007ffd57bf1554, r14 00007ffd57becc80
   r15 00007ffd57be4ac0
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x42520) [0x150eeb201520]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x150eeb20175b]
  g09() [0x404fb5]
  g09() [0x40556f]
  g09() [0x405879]
  g09() [0x40455c]
  g09() [0x40358d]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(+0x29d90) [0x150eeb1e8d90]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0x80) [0x150eeb1e8e40]
  g09() [0x403489]
Aborted (core dumped)

498746012

sobereva 发表于 2023-3-28 04:54
Hirshfeld电荷
另外，如果在Multiwfn里做Mulliken布居分析，还可以把pi和sigma布居数分别讨论考察对sigm ...

谢谢sob老师

498746012

各位老师好，12个氢原子的链其空的分子轨道HF/3-21G,为什么这么奇怪呀？

wzkchem5

498746012 发表于 2023-3-29 15:06
各位老师好，12个氢原子的链其空的分子轨道HF/3-21G,为什么这么奇怪呀？

你预计是什么样子？
只有知道你为什么觉得它奇怪，我们才能回答你为什么奇怪

sobereva

jshxfzmn 发表于 2023-3-29 16:57
我运行的是g09,提交任务后出现文件如下:

先把此文仔细看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html）

如果还搞不明白，把运行环境尽最大可能描述清楚

xuexi123.

各位老师好，本人做完IRC分析后，想提取能量和坐标的关系然后自己重新做图，但是发现了一个问题不知道咋回事？
1.IRC分析后，过渡态的点为101，从Gaussian上面读取的能量为-303.12279490a.u

但是从word上面看到101的能量为0，且发现其他点的能量都是-0.000几跟Gaussian软件上面读取的不一样？

wzkchem5

按http://sobereva.com/620的要求修改帖子，确保每个词都没有歧义，都是化学领域专业的说法。否则我们拒绝回答

498746012

wzkchem5 发表于 2023-3-29 22:16
你预计是什么样子？
只有知道你为什么觉得它奇怪，我们才能回答你为什么奇怪

感觉氢原子链只有σ键，但是这里出现了类似乙炔的圆筒状的Π键，所有感觉很奇怪

KCM@SHU

各位老师我想问一下我在做分子动力学模拟离子扩散的时候有什么办法可以把离子在扩散过程中每一阶段的扩散的难易程度表现出来吗？比如说我做在蒙脱石上Fe离子的扩散，同时蒙脱石上有一些针对铁离子吸附的官能团，可以用什么参数或者计算什么把Fe离子在经过官能团区域和没有官能团区域，通过的难易程度表现出来吗？

jshxfzmn

sobereva 发表于 2023-3-30 09:16
先把此文仔细看了
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439（http://bbs.keinsc ...

谢谢sob老师，好像是Linux系统的原因，我吧unbuntu系统换成centos之后就可以用了。

orangesea

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