简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-4 15:20:16

cqcyuhui 发表于 2023-4-4 02:48
请问“基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱”可以直接用来计算整体无序的小分子吗？

必须知道这个无序小分子都有哪几种构象和取向，以及各自的比例。然后分别计算，取加权平均

cqcyuhui · 发表于 Post on 2023-4-4 16:17:48

wzkchem5 发表于 2023-4-4 15:20
必须知道这个无序小分子都有哪几种构象和取向，以及各自的比例。然后分别计算，取加权平均

感谢老师回帖，我有这个分子的单晶数据，是具有两种构象的无序，沿着分子长轴旋转的形式，比例是0.572:0.428，然后我将两种构象分别计算了一次，两种构象的结果差距较大。但是一直没有查阅到相关文献，所以一度以为不可以这样计算，请问老师有没有看过类似文献，推荐给小白几篇。再次感谢老师的回帖，解决了困扰我半个月的问题。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-4 19:35:17

cqcyuhui 发表于 2023-4-4 09:17
感谢老师回帖，我有这个分子的单晶数据，是具有两种构象的无序，沿着分子长轴旋转的形式，比例是0.572:0. ...

这样算固然不是一种完全理想的处理方案，因为忽略了无序小分子的取向和旁边晶胞里面同一个小分子的取向的相关性。但是也很难想到什么方法比这个做得更好了。如果查不到这样算的文献的话，可以在SI里罗列你能想到的其他计算方法，再一一证明这些方法不可行。
很多时候做计算是要用前人没有用过的计算方法的，因为不管什么计算方法，总有某篇文章是第一个用它的，那这篇文章也并没有因为审稿人质疑而没发出来对吧。只要理论功底够扎实，能论证出这样算是合理的，或者其他计算方法都不如这个方法合理，就行。

奶啵啵 · 发表于 Post on 2023-4-4 19:48:38

chands 发表于 2023-4-4 14:37
这个E要仔细看文章，很多文章的E是焓或内能，不是单点能。

找了一些，只有一篇明确给出是单点，其他的都随便一丢数据

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 06:52:24

奶啵啵发表于 2023-4-4 11:59
根据sobereva老师的文章做了构象搜索，得出的结构用来做吸附模型。用shermo做能量统计
我看有的文章直接采 ...

理论计算文章里E一般代表电子能量，但也有很多语境下对应内能
对于算吸附问题，用内能求差比用电子能量求差更有实际意义，因为同时体现了不可忽视的核运动对热力学量的贡献，但代价是需要做振动分析造成显著额外耗时。另外，如果要研究吸附的热力学自发性，用自由能求差最有意义。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-5 06:56:23

KSeGaSn 发表于 2023-4-4 08:48
老师您好，用PBE主要是为了节省时间，我用PBE0在ORCA优化两三百步能量都还在持续降低不收敛，时间太长了 ...

你用PBE0优化激发态都跑得动，没理由PBE0优化不动基态
原理上PBE0的几何优化收敛性难度并不高于PBE。如果出现震荡问题导致难收敛，该怎么解决怎么解决。可以用之前PBE优化的结构当初猜结构

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-5 09:35:05

请教各位老师，怎么判断计算自由能的时候是否考虑转动对称数呢？在opt任务的输出文件检索Rotational symmetry number，显示 Rotational symmetry number 1.代表考虑了吗？

奶啵啵 · 发表于 Post on 2023-4-5 10:46:33

sobereva 发表于 2023-4-5 06:52
理论计算文章里E一般代表电子能量，但也有很多语境下对应内能
对于算吸附问题，用内能求差比用电子能量 ...

太谢谢老师了，感谢解答，太有实际意义了

lurensan · 发表于 Post on 2023-4-5 12:49:28

各位老师好，反应中用到了4A分子筛，而且分子筛对反应的作用很大，请问在gauss view中4A分子筛怎么构建？

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:42:57

请教各位老师，图式结构是否为不含手性C的手性分子呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:57:46

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 09:42
请教各位老师，图式结构是否为不含手性C的手性分子呢？

自己按https://en.wikipedia.org/wiki/Chirality_(chemistry)判断

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-5 16:59:33

lurensan 发表于 2023-4-5 05:49
各位老师好，反应中用到了4A分子筛，而且分子筛对反应的作用很大，请问在gauss view中4A分子筛怎么构建？

能构建但是很麻烦。建议优先考虑一下分子筛的主要作用是不是吸水（或者吸收甲醇等其他小分子）避免副反应或拉动平衡，如果是的话，计算的时候不用考虑分子筛，只需要在得到各步速率常数以后，定性讨论一下降低体系中水的浓度对反应的作用就行了。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-5 17:00:21

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-5 02:35
请教各位老师，怎么判断计算自由能的时候是否考虑转动对称数呢？在opt任务的输出文件检索Rotational symmet ...

当且仅当你计算当中判断对称性的阈值合理时，是的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-5 17:20:50

请教一下各位老师，kisthelp在利用TST理论计算k的时候，直接使用反应物、过渡态的优化（opt+freq）任务的输出文件，但是平常计算k的时候需要结合更高精度的单点能计算结果才得到能垒，那么kisthelp计算的结果还准确吗？谢谢老师

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-5 17:22:36

wzkchem5 发表于 2023-4-5 16:57
自己按https://en.wikipedia.org/wiki/Chirality_(chemistry)判断

抱歉老师，我这边打不开，请问是维基百科上的定义吗？

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