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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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发表于 Post on 2023-4-3 22:33:55 | 只看该作者 Only view this author
Miao 发表于 2023-4-3 20:07
各位老师,我在进行结构(苯乙醚)优化时,发现使用不同的初始结构进行优化时(使用的初始结构来自于GaussV ...

首先可能存在不同的稳定结构,即不同的构象,然后某些数据库的结构可未必准确。
不同构象可能同时共存,这时要做构象搜索。
ORCA大法好!算得快,还免费,我爷爷的爷爷都说不赖!
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发表于 Post on 2023-4-3 22:54:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-3 22:27
可以在orca论坛的Compound Scripts版面问一下

嗯嗯,谢谢老师
社会浮躁

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-4 05:59:32 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-3 20:33
请教各位老师,对于图中的结构,gaussview显示的自旋多重度是2,但O原子这种成键如何解释呢?谢谢老师

有很多考察成键特征的方法
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-4 06:00:08 | 只看该作者 Only view this author
Miao 发表于 2023-4-3 20:07
各位老师,我在进行结构(苯乙醚)优化时,发现使用不同的初始结构进行优化时(使用的初始结构来自于GaussV ...

了解些构象搜索的知识
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-4 06:00:42 | 只看该作者 Only view this author
雾雨魔理沙daze 发表于 2023-4-3 07:41
各位老师好,请问如何用Gaussian做二维(两个变量)的柔性扫描?

详谈使用Gaussian做势能面扫描
http://sobereva.com/474http://bbs.keinsci.com/thread-12660-1-1.html
同时设两个扫描变量就完了
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-4 06:02:47 | 只看该作者 Only view this author
KSeGaSn 发表于 2023-4-3 09:18
各位老师好,我目前用纯泛函PBE对金属配合物进行基态优化,同时用杂化泛函PBE0对S1激发态进行优化,但对于 ...

用PBE很莫名其妙
过渡金属配合物基态的优化用PBE0大概率好过PBE。还不如全都用PBE0保持统一,还省得解释为什么换泛函。
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发表于 Post on 2023-4-4 08:48:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-4 06:02
用PBE很莫名其妙
过渡金属配合物基态的优化用PBE0大概率好过PBE。还不如全都用PBE0保持统一,还省得解释 ...

老师您好,用PBE主要是为了节省时间,我用PBE0在ORCA优化两三百步能量都还在持续降低不收敛,时间太长了,所以改成PBE,比较低成本的能实现基态优化的任务。那我都改成PBE0来进行计算吧,那我是否可以在PBE优化后的基础上补上PBE0的优化呢?

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发表于 Post on 2023-4-4 09:25:03 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-3 22:26
一般来说,一个构象的能量越低越合理。严格来说需要做构象搜索(http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1. ...

感谢老师的回答!我再继续学习。

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发表于 Post on 2023-4-4 09:25:44 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2023-4-3 22:33
首先可能存在不同的稳定结构,即不同的构象,然后某些数据库的结构可未必准确。
不同构象可能同时共存, ...

谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-4-4 09:26:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-4 06:00
了解些构象搜索的知识
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-5 ...

感谢sob老师!

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发表于 Post on 2023-4-4 09:48:04 | 只看该作者 Only view this author
请问“基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱”可以直接用来计算整体无序的小分子吗?

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发表于 Post on 2023-4-4 11:59:48 | 只看该作者 Only view this author

计算吸附过程的能量统计问题

本帖最后由 奶啵啵 于 2023-4-4 14:09 编辑

根据sobereva老师的文章做了构象搜索,得出的结构用来做吸附模型。用shermo做能量统计
我看有的文章直接采用单点能做E。那我这些数据用该用哪个比较合理(有机体系吸附金属离子)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-4 13:05:12 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-4-4 11:59
根据sobereva老师的文章做了构象搜索,得出的结构用来做吸附模型。用shermo做能量统计
我看有的文章直接采 ...

“做吸附模型” 语义不明。要用严谨、无歧义的学术性的语言描述
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发表于 Post on 2023-4-4 14:09:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-4 13:05
“做吸附模型” 语义不明。要用严谨、无歧义的学术性的语言描述

不好意思,我来详细解释一下,做有机体系的吸附剂,用磷酸修饰材料,电负性的磷酸基团吸引带正电的金属离子污染物。
E值应该选用哪个数值,(公式补到帖子正文中了)

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发表于 Post on 2023-4-4 14:37:34 | 只看该作者 Only view this author
奶啵啵 发表于 2023-4-4 14:09
不好意思,我来详细解释一下,做有机体系的吸附剂,用磷酸修饰材料,电负性的磷酸基团吸引带正电的金属离 ...

这个E要仔细看文章,很多文章的E是焓或内能,不是单点能。
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