简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-21 15:55:50

ngaoo 发表于 2023-4-21 06:14
求助 [xyz文件的产生】
问题：用GaussView建模后保存出gjf文件，怎么手工改成xyz的格式

随便找几个xyz文件，用记事本打开，看看xyz文件都是什么格式
然后再用记事本把gjf文件打开，把坐标部分拷出来，改成xyz文件的那种格式，另存为成扩展名为xyz的文件，就行了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-21 15:56:24

wy标点人生发表于 2023-4-21 06:18
老师，我想请教一下，导师让我绘制一个化合物本身含有的两处不同的基团对水中重金属离子吸附的吸附曲线， ...

先定义什么叫“吸附曲线”，这不是整个化学领域里通用的概念

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-21 15:57:05

奶啵啵发表于 2023-4-21 01:51
请教一个问题，再考察P=O键和P-OH对金属离子的吸附效果时，P-OH是否真的需要去质子化？
看了挺多文献，大 ...

根据配合物的pKa以及实验条件的pH决定，不能一概而论

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-21 15:58:09

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-21 01:49
请教各位老师，在运用orca提交作业的时候出现图示（上方）问题“orca Cannot open input file: xxx.inp”， ...

检查拼写错误，全半角符号等问题

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-21 17:12:53

wzkchem5 发表于 2023-4-21 15:58
检查拼写错误，全半角符号等问题

谢谢老师，解决啦

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-21 17:24:34

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-4-21 17:26 编辑

请教各位老师，对于图1所示结构，我利用multiwfn进行了Mayer键级分析（图2），显示C3-O12之间的键级为1.5，①可以说这个C=O键是类似与苯环离域C=C键，即一个sigma和半个pi键的总和吗？②进行的自旋密度（图3）分析表明单电子主要集中在末端C，末端O并不带电，该如何说明这个结构比较合适呢？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-21 19:16:06

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-21 10:24
请教各位老师，对于图1所示结构，我利用multiwfn进行了Mayer键级分析（图2），显示C3-O12之间的键级为1.5， ...

（1）可以
（2）可以把这个分子的主要共振式理解为RHC=O→O，也就是醛氧的一个孤对电子和第二个氧形成配位键

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-21 19:32:18

wzkchem5 发表于 2023-4-21 19:16
（1）可以
（2）可以把这个分子的主要共振式理解为RHC=O→O，也就是醛氧的一个孤对电子和第二个氧形成配 ...

谢谢老师，您解释的很清楚，我明白啦

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-4-21 21:45:21

各位老师好，我在对金属配合物的发光计算中，计算出优化的T1结构的垂直发射能（~磷光）略高于优化的S1结构的垂直发射能（~荧光），且在优化后的S1结构下计算T1的垂直发射能量还低于优化T1结构下T1的垂直发射能，请问这样的结果是可以接受的吗？我研究的分子实验上没有INVEST emitter的现象，因为同时有3d金属、金属间成键和电荷转移激发态，使用了PBE0泛函结合TDA计算。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-21 22:59:16

KSeGaSn 发表于 2023-4-21 14:45
各位老师好，我在对金属配合物的发光计算中，计算出优化的T1结构的垂直发射能（~磷光）略高于优化的S1结构 ...

普通杂化泛函即使算INVEST emitter，也重复不出来T1比S1高的现象，因为INVEST emitter之所以T1比S1高是因为双激发的贡献，而普通杂化泛函无法描述双激发。
你的T1结构是怎么优化的，用的UKS还是也是用的TDA？

KSeGaSn · 发表于 Post on 2023-4-21 23:53:11

wzkchem5 发表于 2023-4-21 22:59
普通杂化泛函即使算INVEST emitter，也重复不出来T1比S1高的现象，因为INVEST emitter之所以T1比S1高是因 ...

谢谢您的回复，我用的UKS优化T1，然后回到TDA计算的能量，我试过用TDA优化T1，得到的能量就更高了（从650nm跑到了450nm），所以还是用UKS继续优化。我想了一下也有可能是因为T1的弛豫结构比S1弛豫结构更接近基态结构，恰好S0/S1的势能面很陡，T1势能面很缓，导致T1垂直发射和S1垂直发射回到S0的振动能级差异特别大？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-22 03:22:05

KSeGaSn 发表于 2023-4-21 16:53
谢谢您的回复，我用的UKS优化T1，然后回到TDA计算的能量，我试过用TDA优化T1，得到的能量就更高了（从650 ...

有可能，还有一种可能是S1或T1不止一个稳定构象，如果分别找到最稳定构象，我觉得S1发射能高于T1的概率会大一些

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-22 03:29:20

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-21 17:24
请教各位老师，对于图1所示结构，我利用multiwfn进行了Mayer键级分析（图2），显示C3-O12之间的键级为1.5， ...

波函数分析和Multiwfn的问题发到1L的专门答疑专贴里，别在此帖里问

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-22 03:32:02

ngaoo 发表于 2023-4-21 11:06
老师们，我有一个小问题需要请教
教程：【通过Multiwfn计算范德华表面积】
步骤：现在当前目录下就有了do ...

“那个out=wfn我在multiwfn输入后程序自动关了" 不知道你在说什么，起码保证没有语病

Multiwfn问题到1L提到的答疑专贴里问，别在此帖里问

奶啵啵 · 发表于 Post on 2023-4-22 09:07:23

wzkchem5 发表于 2023-4-21 15:57
根据配合物的pKa以及实验条件的pH决定，不能一概而论

中性水溶液，老师，我这边做一个去质子化的看看结果

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖