简单量子化学问题答疑专帖

duruigeng · 发表于 Post on 2023-4-14 22:15:56

能不能用Gaussian计算吸附能，如果可以的话，简述一下大概过程把。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-14 22:17:05

在这个论坛搜既有“吸附能”又有“Gaussian”的帖子，一搜一大堆

duruigeng · 发表于 Post on 2023-4-14 22:27:20

wzkchem5 发表于 2023-4-14 22:17
在这个论坛搜既有“吸附能”又有“Gaussian”的帖子，一搜一大堆

好的，感谢您

498746012 · 发表于 Post on 2023-4-15 09:22:56

sobereva 发表于 2023-4-9 07:27
强烈不建议使用NICS(0)。对于只考察pi芳香性的情况，而且只算一个点，用NICS(1)ZZ
环庚三烯存在一定芳香 ...

谢谢sob老师

498746012 · 发表于 Post on 2023-4-15 09:25:00

各位老师好，铜的配合物可以用def2-svp基组优化吗？

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-15 09:33:24

请教一下各位老师，计算短链的全氟磺酸的降解（不含有金属），优化和过渡态使用的是m062x/6-311+G(2d,p),那么做单点能计算的时候应该使用比优化高的计算机别，我使用了m062x/6-311++G(2d,p),看到有的博文需要添加校正之类的，不知道我是否需要，使用这个基组计算单点能有什么问题吗

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-15 11:06:43

老师，您好，我在b3lyp-D3/6-31G(d)/SDD水平上优化PdCO3,CO32-离子和[Pd(CO3)2]2-离子，在b3lyp-D3/6-311++G(d,p)/SDD水平上计算的单点，都是在隐式溶剂化模型中计算的，发现[Pd(CO3)2]2-离子的吉布斯自由能为-655.973017a.u.,而PdCO3的吉布斯自由能为-391.786465a.u.,CO32-离子的吉布斯自由能为-264.030221a.u.。就是说[Pd(CO3)2]2-的吉布斯自由能比PdCO3加CO32-之和小了近100kcal/mol，电子数和电荷数都相等。我感觉这有点不对啊，我以为是由于有负离子，优化的时候没有加弥散导致的，可是单独看单点能更离谱，复合物能小110kcal/mol，想问一下老师，是不是哪步错了？感觉差的有点太多了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-15 15:36:39

化小白发表于 2023-4-15 04:06
老师，您好，我在b3lyp-D3/6-31G(d)/SDD水平上优化PdCO3,CO32-离子和2-离子，在b3lyp-D3/6-311++G(d,p)/SDD ...

做显式溶剂化了吗？考虑抗衡离子了吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-15 15:41:51

桃子量子发表于 2023-4-15 02:33
请教一下各位老师，计算短链的全氟磺酸的降解（不含有金属），优化和过渡态使用的是m062x/6-311+G(2d,p),那 ...

如果体系不是特别大（例如小于100个原子）最好用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ，如果DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ算不动，至少也要用双杂化泛函。
单点计算的理论级别之所以要比结构优化的高，是因为同等理论级别下单点计算比结构优化要快，而且对最后结果的精度的影响大，所以没有道理不加大理论级别。所以加大理论级别是结果而不是原因。你只加一个弥散函数，几乎没怎么增大理论级别，不能充分利用单点计算快的特点。而且普通杂化泛函算单点已经有过时的趋势了，很多审稿人不认可了，如果仍然用M06-2X算单点，必须做好被问“为什么不用双杂化泛函、DLPNO-CCSD(T)”的准备，如果预计自己答不上来，那就一开始就用双杂化泛函、DLPNO-CCSD(T)。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-15 15:42:44

498746012 发表于 2023-4-15 02:25
各位老师好，铜的配合物可以用def2-svp基组优化吗？

铜原子本身最好用triple zeta基组，非金属原子用def2-SVP。但如果Cu原子数非常多，全用triple zeta基组会显著增加耗时的话，那铜用def2-SVP也是可以的

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-15 16:10:35

wzkchem5 发表于 2023-4-15 15:36
做显式溶剂化了吗？考虑抗衡离子了吗？

做了显式溶剂化，用了两个溶剂，老师，什么是抗衡离子？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-15 16:24:20

化小白发表于 2023-4-15 09:10
做了显式溶剂化，用了两个溶剂，老师，什么是抗衡离子？

两个溶剂分子很可能不够。Pd上至少要配两个，才能让PdCO3满足平面四方配位；然后[CO3]2-也需要显式溶剂化。
比如你的碳酸根如果是从Na2CO3来的，那么可能需要考虑Na+。当且仅当Na2CO3在你所用溶剂里是强电解质的时候（比如溶剂是水且Na2CO3浓度不是太高），不应该考虑Na+，否则必须考虑。[Pd(CO3)2]2-是否要考虑Na+的影响同理

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-15 16:34:54

wzkchem5 发表于 2023-4-15 16:24
两个溶剂分子很可能不够。Pd上至少要配两个，才能让PdCO3满足平面四方配位；然后[CO3]2-也需要显式溶剂化 ...

老师，如果不考虑这些的话，光算这三个单独的能量，是不可信吗？

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-15 16:36:35

化小白发表于 2023-4-15 16:34
老师，如果不考虑这些的话，光算这三个单独的能量，是不可信吗？

老师，如果我接下来将这些需要的都考虑了，算出来的能量差还是这么大，是不是就说明之前算的可能也是对的

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-15 19:16:57

wzkchem5 发表于 2023-4-15 15:41
如果体系不是特别大（例如小于100个原子）最好用DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ，如果DLPNO-CCSD(T)/cc-pVTZ算不 ...

好的，谢谢您

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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计算单点能选择基组的问题

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