简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-18 15:54:26

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-18 03:08
请教各位老师，对图1 结构中的D 1-2-13-5 二面角进行扫描，扫描了360°，但是起点和终点的结构不一样，扫描 ...

你把O13-H5和C3-O12想成两个互相咬合的齿轮就懂了，两个齿轮咬合在一起，把其中一个齿轮转360度，不能保证让整个体系复位到原来的样子，因为第二个齿轮未必转360度的整数倍。所以能量自然也未必回复到初始值。
不能，因为hindered rotor模型要求能量是旋转角度的单值函数

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-18 16:32:53

wzkchem5 发表于 2023-4-18 15:54
你把O13-H5和C3-O12想成两个互相咬合的齿轮就懂了，两个齿轮咬合在一起，把其中一个齿轮转360度，不能保 ...

老师，也就是这个结构我在扫描D1 2 13 5二面角的时候，有别的二面角也发生了变化，而且变化的程度不同。那么是不是同时满足对称且起点、终点一致的扫描曲线的能量才是旋转二面角角度的单值函数，才能写作MESS输入文件中的内转动势能？谢谢老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-18 16:34:59

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-18 09:32
老师，也就是这个结构我在扫描D1 2 13 5二面角的时候，有别的二面角也发生了变化，而且变化的程度不同。 ...

只要求起点、终点一致。对称不是必需的，比如手性分子的二面角旋转势能曲线一般就是不对称的

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-18 16:40:33

wzkchem5 发表于 2023-4-18 16:34
只要求起点、终点一致。对称不是必需的，比如手性分子的二面角旋转势能曲线一般就是不对称的

学到啦，谢谢老师~

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-19 16:07:41

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-4-19 16:10 编辑

请教各位老师，①我看到有人提出CBS-QB3加上NoOpt关键词跳过优化，加快计算的建议，请问这样做合适吗或者说准确度还可以保证吗？②CBS-QB3=SP就是只固定结构，但是还进行优化计算吗？谢谢老师

YWPing · 发表于 Post on 2023-4-19 16:38:22

sobereva 发表于 2023-4-18 15:36
99%的概率是%chk指向的目录是一个不存在的目录，导致没法在里面创建chk文件

谢谢老师，修改后已正常运行。

桃子量子 · 发表于 Post on 2023-4-19 20:48:35

请教一下，
把Gaussian view 中的图片保存
我已保存就会出现原子变白，或者变成黑色的球棍模型
不知道是哪里出现了问题，

以上两个就是，原子都不是彩色的，请教问题出现在哪里呢
我的操作
先连接一下过渡态的键长，再将背景改为白色然后再Filde——Save image，输出文件为jpg

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 02:10:45

发帖的时候看清楚板块再发，这在首页的公告栏里已经明确提醒了，求助帖别发到资源分享子版块，这次给你移动了，以后发错地方直接删帖+扣分处理。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 04:37:17

图形库和当前软件环境有兼容性问题，或者显卡驱动问题。更新GPU驱动，或者换机子

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 04:39:41

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-19 16:07
请教各位老师，①我看到有人提出CBS-QB3加上NoOpt关键词跳过优化，加快计算的建议，请问这样做合适吗或者说 ...

1 完全不具备普适性。除非你已经在CBS-QB3方法自身定义的级别下对结构做了优化，否则加了noopt时给出的热力学量完全没法用，违背了振动分析用的结构需要在相同级别下做优化的基本要求。

2 优化和振动分析都不做。你的问题本身就是矛盾的，结构都固定了还优化什么

dnlx · 发表于 Post on 2023-4-20 09:10:05

请教各位，菲、芘这样的稠环芳烃及其自由基的基态进行优化和频率计算（用ORCA），b97-3c、B3LYP-D3/def2-TZVP和PBE0-D3/def2-TZVP是不是都可以接受？优化有必要用wB97X-D3吗？谢谢

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-20 15:08:37

sobereva 发表于 2023-4-20 04:39
1 完全不具备普适性。除非你已经在CBS-QB3方法自身定义的级别下对结构做了优化，否则加了noopt时给出的热 ...

谢谢社长，就是①不优化、但还做振动分析；②不优化不振动分析。对于CSB-QB3=SP，我看别人在m062x/6-311g**优化，之后CSB-QB3=SP计算单点能，然后两部分结合计算其他值，请问社长这样相比于CSB-QB3本身的优化、振动水平会更好些吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-20 16:12:43

dnlx 发表于 2023-4-20 02:10
请教各位，菲、芘这样的稠环芳烃及其自由基的基态进行优化和频率计算（用ORCA），b97-3c、B3LYP-D3/def2-TZ ...

wB97X-D3最靠谱。菲、芘本身问题相对小一些，但是它们的自由基受SIE影响会很大，如果用HF exchange比较小的泛函很容易错误预测自旋密度分布以及单双键交替的pattern

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-20 21:00:17

老师，您好，我在计算一个氢转移的过渡态，是F夺H的过程，在b3lyp/6-31G(d)水平上计算的，得到的第一个频率为-94.89，以前计算的氢转移频率几乎都是-300左右，或者是-1000左右的，想问一下老师，这个频率是不是不对呀？可是看振动方向好像是想要的，走IRC发现产物能量和过渡态能量很接近，可能是我IRC走的太少了，就走了21个点

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-20 21:07:36

化小白发表于 2023-4-20 14:00
老师，您好，我在计算一个氢转移的过渡态，是F夺H的过程，在b3lyp/6-31G(d)水平上计算的，得到的第一个频率 ...

结合Hammond postulate想一下就知道为什么了

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

关于Gaussian view 保存图片的问题

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