简单量子化学问题答疑专帖

wzkchem5

化小白 发表于 2023-4-15 09:34
老师，如果不考虑这些的话，光算这三个单独的能量，是不可信吗？

除非你能从理论上证明这个体系可以不考虑这些额外的溶剂分子和抗衡离子。证明可以不考虑抗衡离子的主要办法就是证明你研究的物种在你所用的溶剂里是强电解质。证明不需要考虑额外的溶剂分子的方法是实际把溶剂考虑进来算一下，看看结果变化是否可以忽略

jjChemcc

老师您好，我使用linux版Gaussian做结构优化后，在本地电脑上用windows版的Gaussview读取fchk文件，在visualize分子轨道时出现以下报错：
Out-of-memory error in routine DecCub-RdMO (IEnd=      39631705 MxCore=      33549981)
Use %mem=38MW to provide the minimum amount of memory required to complete this step.
请问老师这种情况该如何解决？

wzkchem5

jjChemcc 发表于 2023-4-16 07:57
老师您好，我使用linux版Gaussian做结构优化后，在本地电脑上用windows版的Gaussview读取fchk文件，在visua ...

报错信息不是都写了解决方法了吗，Use %mem=38MW

吴双

想跟大家请教一下，对于高斯计算开窍层体系。想看LUMO轨道的话 α-LUMO 和 β-LUMO 应该怎么选择呢？

wzkchem5

吴双 发表于 2023-4-16 11:39
想跟大家请教一下，对于高斯计算开窍层体系。想看LUMO轨道的话 α-LUMO 和 β-LUMO 应该怎么选择呢？

先说清楚是在什么可视化软件里看，能看高斯算出来的轨道的可视化软件不是唯一的

sobereva

吴双 发表于 2023-4-16 18:39
想跟大家请教一下，对于高斯计算开窍层体系。想看LUMO轨道的话 α-LUMO 和 β-LUMO 应该怎么选择呢？

那叫开壳层

诸如用Multiwfn主功能0看轨道，文本框里输入l看到的是alpha LUMO，输入lb看到的是beta LUMO，下文说了
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）

sobereva

jjChemcc 发表于 2023-4-16 14:57
老师您好，我使用linux版Gaussian做结构优化后，在本地电脑上用windows版的Gaussview读取fchk文件，在visua ...

需要设环境变量指定Gaussian辅助工具可用内存使用量上限，看手册

估计你这体系尺寸不小，用GaussView看轨道速度极慢，用Multiwfn强多了，对大体系速度比GaussView快两个数量级，操作极其方便，还不收费，结合VMD效果更是完爆GaussView，仔细看
使用Multiwfn观看分子轨道
http://sobereva.com/269（http://bbs.keinsci.com/thread-462-1-1.html）
使用Multiwfn+VMD快速绘制高质量分子轨道等值面图（含视频演示）
http://sobereva.com/447（http://bbs.keinsci.com/thread-11122-1-1.html）
用VMD绘制艺术级轨道等值面图的方法（含演示视频）
http://sobereva.com/449（http://bbs.keinsci.com/thread-11550-1-1.html）

糖糖糖豆9988

请教各位老师，如图所示的是一个在m062x/6-311g**水平计算的脱OH自由基反应的IRC曲线，图中显示TS比右侧产物能量高（-306.9065291--306.912331hartree=3.6407 kcal/mol），但是在DLPNO CCSD(T)水平计算单点能后，发现产物（分别计算OH+另一部分的独立能量，加和后是-62.5095 kcal/mol）的能量反而高于TS（-64.5937 kcal/mol）。我再仔细看IRC右侧端点结构，发现产物复合物中要离去的OH和当前结构中酮氧（C=O）中的O距离为2.13872，应该是形成了氢键，那么我这样单独计算两部分产物合理吗？是不是应该将产物复合物作为产物计算能量呢？谢谢老师

wzkchem5

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-17 08:30
请教各位老师，如图所示的是一个在m062x/6-311g**水平计算的脱OH自由基反应的IRC曲线，图中显示TS比右侧产 ...

分别计算产物复合物以及分开的产物，然后要么都报道，要么只报道其中自由能较低者

糖糖糖豆9988

wzkchem5 发表于 2023-4-17 16:06
分别计算产物复合物以及分开的产物，然后要么都报道，要么只报道其中自由能较低者

谢谢老师，我就是想用Eckart方法，但是分开计算逆向能垒是负值；我把产物复合物再计算一下，比较一下自由能。

糖糖糖豆9988

请教各位老师，对图1 结构中的D 1-2-13-5 二面角进行扫描，扫描了360°，但是起点和终点的结构不一样，扫描曲线也不是对称的。①这和之前常见的扫描曲线左右对称、或者起点、终点结构一致的情况不一样，请教老师这是为什么呢？②这样的扫描曲线能作为MESS 输入文件中 Rotor         Hindered处理的内转动势能输入吗？谢谢老师

Lyy1

请问一下各位老师，自旋耦合常数的正负号代表什么意思呢？我看别的文献计算的耦合常数几乎都是相同符号或者比较绝对值，但是我的体系是改变了两个原子之间的距离，发现这两个原子间的自旋耦合常数从正变为负，所以这个正负号可不可以代表他们的大小呢。

YWPing

使用Gaussian优化Zn卟啉-COOH结构，提交任务出现2070报错，下图是计算结构和出现的错误，输入和输出文件已放在连接处。请大家指导。

sobereva

YWPing 发表于 2023-4-18 11:12
使用Gaussian优化Zn卟啉-COOH结构，提交任务出现2070报错，下图是计算结构和出现的错误，输入和输出文件已 ...

99%的概率是%chk指向的目录是一个不存在的目录，导致没法在里面创建chk文件

wzkchem5

Lyy1 发表于 2023-4-18 03:09
请问一下各位老师，自旋耦合常数的正负号代表什么意思呢？我看别的文献计算的耦合常数几乎都是相同符号或者 ...

同一个计算算出来的不同态之间的SOC矩阵元的相对正负可能有一定意义，但是不同计算的正负号没有意义。根据SOC矩阵元的定义不难看出，把其中一个态的波函数乘以-1，SOC矩阵元就会乘以-1。但是波函数的绝对相位是没有物理意义的，所以SOC的绝对正负也是没有意义的。这个和分子轨道整体差一个相位不改变任何可观测量是一个道理。