简单量子化学问题答疑专帖

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-20 21:20:26

wzkchem5 发表于 2023-4-20 21:07
结合Hammond postulate想一下就知道为什么了

好的老师，我刚刚看了一下，是因为过渡态能量与产物相似，所以使得频率数值较小，那这个过渡态也是可以用的对吧老师

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-4-20 22:04:58

化小白发表于 2023-4-20 14:20
好的老师，我刚刚看了一下，是因为过渡态能量与产物相似，所以使得频率数值较小，那这个过渡态也是可以用 ...

对，可以用

liyuge · 发表于 Post on 2023-4-20 23:52:48

您好我是一名正在做本科毕设的学生因为重装linux系统导致了计算一些问题毕设难以继续开展
Gaussian计算算了几个循环终止没有任何报错信息和normal termination 毕设导师也没有遇见这种现象重新安装的Gaussian09 计算简单的H2可以得到正常的normal termination
为此十分不解恳请解惑！！！

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-21 00:13:00

liyuge 发表于 2023-4-20 23:52
您好我是一名正在做本科毕设的学生因为重装linux系统导致了计算一些问题毕设难以继续开展
Gaussia ...

老生常谈问题

Q：Gaussian任务没有报错，但是却停了怎么办？
A：有以下可能原因
1 巧合。尝试重算，或者尝试其它也能达到类似目的的关键词
2 Gaussian的bug。尝试其它版本或其它平台的Gaussian
3 当前Gaussian版本和运行环境有兼容性问题。尝试其它版本或其它平台的Gaussian。对于Linux尝试装其它版本或其它发行版Linux再试，对于Windows把各种安全防护程序都关掉再试。也尝试指定不同的核数和内存使用量再试。或者换成其它机子
4 任务被bad people杀了。重算，并找管理员告状

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-21 02:54:00

化小白发表于 2023-4-20 21:00
老师，您好，我在计算一个氢转移的过渡态，是F夺H的过程，在b3lyp/6-31G(d)水平上计算的，得到的第一个频率 ...

别光拿振动频率说事。振动矢量和振动频率是同时得到的，振动矢量体现的信息远比振动频率丰富，对于判断过渡态的合理性比光看频率有意义得多，干嘛光盯着振动频率
跑IRC是最严格的验证过渡态找没找对的手段。既然IRC轨迹都跑出来了，合不合理自然就知道了

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-21 02:57:15

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-20 15:08
谢谢社长，就是①不优化、但还做振动分析；②不优化不振动分析。对于CSB-QB3=SP，我看别人在m062x/6-311g ...

那叫CBS-QB3

看具体体系。对于CBS-QB3自身的优化级别不适合的情况，用其它更合的级别会更好。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-21 08:49:33

本帖最后由糖糖糖豆9988 于 2023-4-21 08:53 编辑

请教各位老师，在运用orca提交作业的时候出现图示（上方）问题“orca Cannot open input file: xxx.inp”，但是目录下是有这个输入文件的，这是什么原因呢？但是换了另外的输入文件提交就是正常的（下方）。谢谢老师

奶啵啵 · 发表于 Post on 2023-4-21 08:51:49

本帖最后由奶啵啵于 2023-4-21 08:55 编辑

请教一个问题，再考察P=O键和P-OH对金属离子的吸附效果时，P-OH是否真的需要去质子化？
看了挺多文献，大部分没去，（做的是实验+计算）
我个人是做去质子化的，结果发现和他们大部分的不一致。。。。。。

RAL · 发表于 Post on 2023-4-21 10:07:51

糖糖糖豆9988 发表于 2023-4-21 08:49
请教各位老师，在运用orca提交作业的时候出现图示（上方）问题“orca Cannot open input file: xxx.inp”， ...

H02 HO2

ngaoo · 发表于 Post on 2023-4-21 11:06:22

老师们，我有一个小问题需要请教
教程：【通过Multiwfn计算范德华表面积】
步骤：现在当前目录下就有了dopamine.gjf，对应B3LYP/6-31G*计算级别。
步骤：将out=wfn关键词加进去，末尾空一行写上.wfn文件的输出路径，比如C:\dopamine.wfn。然后用Gaussian计算之
我的问题是：现在当前目录已经有了dopamine.gjf，那个out=wfn我在multiwfn输入后程序自动关了，那我应该怎么操作后面的教程。

糖糖糖豆9988 · 发表于 Post on 2023-4-21 11:08:04

RAL 发表于 2023-4-21 10:07
H02 HO2

我太粗心了，谢谢您~

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-21 11:18:33

sobereva 发表于 2023-4-21 02:54
别光拿振动频率说事。振动矢量和振动频率是同时得到的，振动矢量体现的信息远比振动频率丰富，对于判断过 ...

好的老师，IRC跑出来的反应物和产物结构是想要的，就是产物能量与过渡态太近了，我害怕一用大基组计算能量产物能量比过渡态还高就麻烦了

化小白 · 发表于 Post on 2023-4-21 11:19:42

wzkchem5 发表于 2023-4-20 22:04
对，可以用

好的老师

ngaoo · 发表于 Post on 2023-4-21 13:14:36

求助 [xyz文件的产生】
问题：用GaussView建模后保存出gjf文件，怎么手工改成xyz的格式

wy标点人生 · 发表于 Post on 2023-4-21 13:18:37

老师，我想请教一下，导师让我绘制一个化合物本身含有的两处不同的基团对水中重金属离子吸附的吸附曲线，算出吸附能，或者结合能，比较哪个位置的基团吸附效果更好。还要把每个吸附状态下结构表示出来，我用高斯16怎么算呢？（他描述的意思要把，比如，间隔多少时间的每个状态都画出来，然后吸附能也是，最后绘制成一个折线图）

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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖

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