分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

zzvion

请问老师我用autoff想给一个分子筛添加clayff力场和电荷，但是由于边缘有一些周期性的原子在这个晶胞内没有成键，配位数确实不是正常的，这种该怎么办呀。同时由于我想给他扩胞，再继续做模拟，扩胞过程在哪里实现呢能保持这些信息中二面角等等信息不会丢失

slxc920113

zzvion 发表于 2025-3-2 21:08
请问老师我用autoff想给一个分子筛添加clayff力场和电荷，但是由于边缘有一些周期性的原子在这个晶胞内没有 ...

一般不需要三个维度都去除周期性，通常就是一个slab模型，存在两个界面，先创建小的带真空层的模型，表面悬挂键进行饱和，然后在autoff的最后一步进行周期性方向的扩胞。

zzvion

slxc920113 发表于 2025-3-3 20:40
一般不需要三个维度都去除周期性，通常就是一个slab模型，存在两个界面，先创建小的带真空层的模型，表面 ...

收到谢谢老师，我今天试了一下，像您说的，是的，我之前可能给其他周期的原子碰到了，所以丢失了周期性，万分感谢您的回复

LLL1

计算的时候发现部分没电荷信息，采用的是gvff力场，这种还需要重新选择电荷类型吗

slxc920113

LLL1 发表于 2025-5-8 17:49
计算的时候发现部分没电荷信息，采用的是gvff力场，这种还需要重新选择电荷类型吗

GAFF力场没有自带电荷，需要用RESP或者AM1-BCC电荷进行补充。

huangzi

模拟的是聚碳酸酯，使用了全原子模块计算OPLS-AA/M力场，始终无法跳转下一步，请问应该咋办呀

oorangew

slxc920113 发表于 2025-5-9 07:44
GAFF力场没有自带电荷，需要用RESP或者AM1-BCC电荷进行补充。

大佬，使用GAFF的话，然后选择GNN-RESP电荷吗？

slxc920113

oorangew 发表于 2025-5-15 16:28
大佬，使用GAFF的话，然后选择GNN-RESP电荷吗？

GAFF优先用AM1-BCC吧

oorangew

slxc920113 发表于 2025-5-15 16:31
GAFF优先用AM1-BCC吧

好的，谢谢大佬！然后我刚刚试了一下水模型选SPC/E的话，会弹出“Warning:力场非键相互作用的1-4系数 SPC/E:1; GAFF:0.5 不兼容,可能产生不准确的模拟结果”，这个会有什么影响吗？或者说建议选别的水模型？（我要生成的是有26个苯环单元木质素分子的gromacs的拓扑文件，想在水环境中进行模拟）

slxc920113

oorangew 发表于 2025-5-15 16:49
好的，谢谢大佬！然后我刚刚试了一下水模型选SPC/E的话，会弹出“Warning:力场非键相互作用的1-4系数 SPC ...

只是警告就自己测试一下结果是否可靠

LLL1

slxc920113 发表于 2025-5-9 07:44
GAFF力场没有自带电荷，需要用RESP或者AM1-BCC电荷进行补充。

请问老师，我用autoff构建石墨烯层，结果是不带电荷的，但是导出生成data文件，用lammps计算时就显示ERROR: Must use kspace_modify gewald for uncharged system，这个该怎么添加电荷

xiaowu759

It seems very good, and I will have a try.

slxc920113

LLL1 发表于 2025-5-16 16:00
请问老师，我用autoff构建石墨烯层，结果是不带电荷的，但是导出生成data文件，用lammps计算时就显示ERRO ...

kspace_style ewald 1e-4

sarphuart

请问 auffto 为什么原子超过 500 的均相聚合物，OPLS-AA/L 力场导出的不同电荷类型的拓扑文件，力场几乎全部为异常值。尝试了下其他聚合物，使用超过 200 的原子 OPLSS-AA/L 都会出现电荷异常值，基本上数值都是错误，为什么原子超过 200 的聚合物 OPLS-AA/L 力场电荷如此不可靠

slxc920113

sarphuart 发表于 2025-5-21 09:37
请问 auffto 为什么原子超过 500 的均相聚合物，OPLS-AA/L 力场导出的不同电荷类型的拓扑文件，力场几乎全 ...

OPLS自带的电荷不能保证总和为零的。