分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

五好先森 · 发表于 Post on 2023-11-6 13:32:12

slxc920113 发表于 2023-11-6 13:18
已处理。
对于SDS这种离子体系，更建议使用离子液体的力场参数。OPLS-2009IL和CL&P两个力场都支持硫酸根 ...

多谢，受教了，我后面试一下。

五好先森 · 发表于 Post on 2023-11-6 14:16:52

slxc920113 发表于 2023-11-6 13:18
已处理。
对于SDS这种离子体系，更建议使用离子液体的力场参数。OPLS-2009IL和CL&P两个力场都支持硫酸根 ...

您好，对于CL&P和OPLS-2009IL力场，SDS中S-O-C的O似乎也应该是归属为OS4，这边没有办法手动修改。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-6 14:27:12

五好先森发表于 2023-11-6 14:16
您好，对于CL&P和OPLS-2009IL力场，SDS中S-O-C的O似乎也应该是归属为OS4，这边没有办法手动修改。

OC4是正确的呀，就是C-O-S4中的O

五好先森 · 发表于 Post on 2023-11-6 14:55:33

slxc920113 发表于 2023-11-6 14:27
OC4是正确的呀，就是C-O-S4中的O

我没有这个力场的源文件，不过从这里看我觉得C-O-S中的O是不是也应该是OS4呀？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-6 15:13:58

五好先森发表于 2023-11-6 14:55
我没有这个力场的源文件，不过从这里看我觉得C-O-S中的O是不是也应该是OS4呀？

OS4是单配位的O，OC4是2配位的O，这个示意图的红色没有完全标对

五好先森 · 发表于 Post on 2023-11-6 15:30:07

slxc920113 发表于 2023-11-6 15:13
OS4是单配位的O，OC4是2配位的O，这个示意图的红色没有完全标对

明白了，多谢多谢。

thor · 发表于 Post on 2023-11-18 17:26:50

尝试了MOF集里面的UIO-67,选择了UFF4MOF力场，CCDC电荷生成了gromacs相关文件，但是MD跑不了，结构崩溃，我认为是生成的力场参数可能有问题

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-19 13:34:01

本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-19 13:50 编辑

thor 发表于 2023-11-18 17:26
尝试了MOF集里面的UIO-67,选择了UFF4MOF力场，CCDC电荷生成了gromacs相关文件，但是MD跑不了，结构崩溃，我 ...

和力场参数无关。
mdp里面需要加上periodic-molecules = yes
然后把itp里面的pairs里面的1-4相互作用项删掉了，如果只有MOF成分，那么修改top里面的gen-pairs=no也可以，因为1-4库伦相互作用的计算在带大量净电荷的无机簇结构的计算中会存在明显不合理的问题，在-3价的磷酸根这种体系中也会出现。

thor · 发表于 Post on 2023-11-19 14:10:41

slxc920113 发表于 2023-11-19 13:34
和力场参数无关。
mdp里面需要加上periodic-molecules = yes
然后把itp里面的pairs里面的1-4相互作用项删 ...

不行啊，能量最小化都有问题

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-19 14:43:00

thor 发表于 2023-11-19 14:10
不行啊，能量最小化都有问题

那就把二面角也删除（Improper需要保留）

thor · 发表于 Post on 2023-11-19 16:32:59

slxc920113 发表于 2023-11-19 14:43
那就把二面角也删除（Improper需要保留）

没有生成Improper，能量最小化过程几个苯环上的C原子都不共平面了

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-19 21:31:26

thor 发表于 2023-11-19 16:32
没有生成Improper，能量最小化过程几个苯环上的C原子都不共平面了

肯定有improper的

UO67.zip (1015.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

thor · 发表于 Post on 2023-11-20 10:00:42

slxc920113 发表于 2023-11-19 21:31
肯定有improper的

确实可以跑，但是苯环上的C原子好像有点歪？

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-21 15:28:58

好物，我想问个问题，文献当中是OPLS-AA，我这里用OPLS-AA/L代替可以不
In the simulation, the TIP3P, OPLS-AA and CHARMM force fields are determined for water, involved ions

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-21 15:47:45

七尺贱发表于 2023-11-21 15:28
好物，我想问个问题，文献当中是OPLS-AA，我这里用OPLS-AA/L代替可以不
In the simulation, the TIP3P, OP ...

OPLS-AA/L本来就是OPLS-AA力场的具体版本

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