分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-4-9 11:42:52

杨达山发表于 2024-4-8 20:53
大家好。使用AuToFF 构建的OPLS力场参数，用gromacs 能量最小化时，提示：
Fatal error:
Syntax error - ...

molecules里面的分子名称写错了

davi · 发表于 Post on 2024-4-9 13:15:04

修复了吗，老师。为什么我建模得到的扭转角还是像图片那样。我是觉得扭转角第一个系数0.0是不是应该写在最后去，还是我理解错了。

杨达山 · 发表于 Post on 2024-4-9 16:25:44

本帖最后由杨达山于 2024-4-9 16:31 编辑

谢谢回复。molecules 模块下的分子名称，是用的相应的pdb文件一致的名称。比如 DOL 对应的是DOL.pdb. 为什么会出现“Invalid order for directive molecules”呢，应该如何修改呢。另外一个问题是packmol 生成的大的pdb文件里，没有小分子的名字，这个会不会导致错误呢

18217265596 · 发表于 Post on 2024-5-13 13:51:36

本帖最后由 18217265596 于 2024-5-13 16:54 编辑

然后用默认的生成了prmtop 和inpcrd之后用parmed load进去
报错parmed.exceptions.AmberError: FLAG IROTAT has 1 elements; expected 19

应该是和这项中0的个数相关的
%FORMAT(10I8)
   0    0    0    0    0    0    0    0    0    0
   0    0    0    0    0    0    0    0    0
但是附件中0的个数是对的
并且这不是一个有用的项
但parmed会校验
AmberError: FLAG JOIN_ARRAY has 1 elements; expected 19这项也是一样的也是一个inactive的全是0但是会被parmed校验的项
同时个数也是对的

附件是随便测试的

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-5-20 17:08:11

本帖最后由 wanzongliang 于 2024-5-20 17:14 编辑

使用您这款软件模拟体系稍大原子电荷就完全对不上了，再拟合的时候好像完全没考虑过电荷？最后生成的总电荷15.64，这是系统的bug吗

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-5-21 00:02:00

wanzongliang 发表于 2024-5-20 17:08
使用您这款软件模拟体系稍大原子电荷就完全对不上了，再拟合的时候好像完全没考虑过电荷？最后生成的总电荷 ...

如果是opls-aa这种力场自带的电荷，本来就不可能保证总电荷合理的，需要选择合适的电荷模型计算，替换力场自带的电荷。

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-5-21 14:02:40

本帖最后由 wanzongliang 于 2024-5-21 14:18 编辑

slxc920113 发表于 2024-5-21 00:02
如果是opls-aa这种力场自带的电荷，本来就不可能保证总电荷合理的，需要选择合适的电荷模型计算，替换力 ...

明白了感谢

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-5-23 11:00:30

您好，观察到您的程序有的力常数缺失会出现使用一个较大的力常数代替，这个做法有什么依据吗

reinhold · 发表于 Post on 2024-5-31 23:10:08

您好，晶体材料下，导出moltemplate格式文件总提示下载错误，而lammps格式正常

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-6-3 11:09:55

reinhold 发表于 2024-5-31 23:10
您好，晶体材料下，导出moltemplate格式文件总提示下载错误，而lammps格式正常

什么晶体？

reinhold · 发表于 Post on 2024-6-4 13:04:37

slxc920113 发表于 2024-6-3 11:09
什么晶体？

我试了，在晶体材料模块，基本上所有的材料导出moltemplate都会报错，包括平台预设的材料。

davi · 发表于 Post on 2024-6-20 13:35:04

@slxc920113 老师，您好。我想使用Autoff实现异丙基环己烷的Compass力场，是不是没有办法啊。貌似Autoff没法支持已经公开的Compass参数，Moltemplate中是有，感觉没有Autoff方便。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-6-20 13:44:28

davi 发表于 2024-6-20 13:35
@slxc920113 老师，您好。我想使用Autoff实现异丙基环己烷的Compass力场，是不是没有办法啊。貌似Autoff没 ...

晶体模块有，你可以创建一个盒子，放入你的分子，保存为cif文件上传

davi · 发表于 Post on 2024-6-20 13:58:30

slxc920113 发表于 2024-6-20 13:44
晶体模块有，你可以创建一个盒子，放入你的分子，保存为cif文件上传

确实可以，老师。但是我最后下载有个必填扩胞XYZ,不知道怎么填。貌似怎么填都是下载失败昂？不太理解扩胞含义

tjuptz · 发表于 Post on 2024-6-20 14:22:09

slxc920113 发表于 2023-12-14 17:31
在判断成键的时候，考虑了周期性边界条件，具体实现的算法类似于MD中的邻居列表法+镜像盒子。具体来说就 ...

请问您描述的这部分判断成键的算法是只适用于周期性体系的吗？

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