分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

slxc920113

sarphuart 发表于 2025-5-22 09:31
不是为不为零的问题，而是生成的电荷基本都是瞎编，明显不在合理的范围之内，试了三四个200左右的原子都 ...

超过100个原子的体系，不会做结构优化，直接计算电荷，如果你上传的结构本身很离谱，那么半经验方法计算出来的电荷也会很离谱。所以才有专门的聚合物模块，根据单体来计算电荷。

sarphuart

slxc920113 发表于 2025-5-22 10:14
超过100个原子的体系，不会做结构优化，直接计算电荷，如果你上传的结构本身很离谱，那么半经验方法计算 ...

学到了，谢谢老师

xiaowu759

生成的文件中重命名了原子名称，由于原子数较多，名称字符溢出，导致同名，请问如何解决？

xiaowu759

xiaowu759 发表于 2025-5-30 16:59
生成的文件中重命名了原子名称，由于原子数较多，名称字符溢出，导致同名，请问如何解决？

能否不重命名，这样才方便核对修改

量子

您好，请问为什么IRMOF1中的C原子的 lennard-jones  值都是一样的呢，视乎好像区分不开苯环上的C、CH的区别

downpuor

运用AUTOFF自带的绘图工具 创建分子结构后 生成的拓补函数忽略了H是为什么呀？

slxc920113

downpuor 发表于 2026-1-5 10:58
运用AUTOFF自带的绘图工具 创建分子结构后 生成的拓补函数忽略了H是为什么呀？

用的联合原子力场吧

soyolalla

AUTOFF不支持生成不对称的含氮阴离子的CL&P参数吗，想要获得如图所示的离子的CL&P参数，n原子一直显示DU,选了别的力场作为补充（oplsaa/l、oplsaa/m），n原子参数有了，但二面角参数有的缺失

wwy223

牧生 发表于 2024-8-20 18:14
反馈一下，粗粒化一个分子后，比如十六烷基三甲基氯化铵的阳离子，点下载没反应，换了几个浏览器都不行。。 ...

您好，请问这个问题您最后解决了吗，我今天在粗粒化SDS和BS-12的时候也碰到了同样的问题，点下载没反应，但是我粗粒化另一个比较复杂的分子（包含一百多个原子）却可以下载，不过这个分子不带电，我感觉不能下载跟粗粒化的分子带电荷有关系。

牧生

wwy223 发表于 2026-1-10 16:50
您好，请问这个问题您最后解决了吗，我今天在粗粒化SDS和BS-12的时候也碰到了同样的问题，点下载没反应， ...

我用粗粒化，从来没下载成功过。你好歹还有成功的

wwy223

牧生 发表于 2026-1-10 17:19
我用粗粒化，从来没下载成功过。你好歹还有成功的

好吧，那您后面是通过啥途径得到粗粒化分子的模型和拓扑文件的呢

牧生

wwy223 发表于 2026-1-11 13:27
好吧，那您后面是通过啥途径得到粗粒化分子的模型和拓扑文件的呢

没有解决，没有途径，不做粗粒化。

wwy223

牧生 发表于 2026-1-11 13:44
没有解决，没有途径，不做粗粒化。

哈哈好吧~

magicrao

请教一个聚合物建模的问题，我的目标是构建一个4臂PLGA聚合物分子，但在操作过程中发现当添加的臂数超过2臂时（即在第3根臂上添加重复单元时），把对应的MRV字符串复制到AutoFF中试图生成3d结构就会报错（2臂时是可以正常生成3d结构的），请问这个有办法解决吗？