分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

slxc920113

davi 发表于 2024-3-10 14:10
感谢您的回复，我再次阅读了TraPPE-UA主页，TraPPE-UA确实是将键长给固定了，所以如果我再lammps中使用的 ...

bond只要冻结就行，可以有多种方式。angle那个参数是同时存在多个匹配，程序先找到了双键的参数，我已经把芳香的优先级提到前面去了，现在的输出应该和文献一样的。improper必须要的，不然无法维持平面。

davi

slxc920113 发表于 2024-3-10 15:56
bond只要冻结就行，可以有多种方式。angle那个参数是同时存在多个匹配，程序先找到了双键的参数，我已经 ...

您好，我再次试了一下，现在确实是对的上了。不过我用TraPPE-UA官网的生成没有improper一项，您能够提供一下AutoFF产生improper项的来源或者是有相关文献吗，感谢您

slxc920113

davi 发表于 2024-3-11 20:19
您好，我再次试了一下，现在确实是对的上了。不过我用TraPPE-UA官网的生成没有improper一项，您能够提供 ...

我不确定有没有原始文献，因为参数是从其他软件的TraPPE-UA力场包里面复制过来的，我看数值上是和OPLS-AA/L力场的improper一样的，大概率就是OPLS力场做的补齐。

davi

slxc920113 发表于 2024-3-12 09:47
我不确定有没有原始文献，因为参数是从其他软件的TraPPE-UA力场包里面复制过来的，我看数值上是和OPLS-AA ...

AutoFF只会产生一个分子的拓步信息吗，老师。怎么封装成大量分子呢，比如500个，我一直没发现AutoFF怎么去解决。

slxc920113

davi 发表于 2024-3-12 15:55
AutoFF只会产生一个分子的拓步信息吗，老师。怎么封装成大量分子呢，比如500个，我一直没发现AutoFF怎么 ...

这个不是AuToFF需要解决的问题。
如果你使用Gromacs软件，那只需要一个分子的拓扑信息，在top文件里面include之后写一下数目就行。混合体系就是include多个单分子的拓扑，然后对每个分子写数目即可。

如果你使用Lammps软件，那么多次read data或者用moltemplate程序合并data即可。

davi

slxc920113 发表于 2024-3-12 17:33
这个不是AuToFF需要解决的问题。
如果你使用Gromacs软件，那只需要一个分子的拓扑信息，在top文件里面in ...

明白了，谢谢老师

davi

您好老师，再询问一下，为什么丙基苯采用OPLSUA没有把苯中CH当作一起，而是分开了

slxc920113

davi 发表于 2024-3-13 16:54
您好老师，再询问一下，为什么丙基苯采用OPLSUA没有把苯中CH当作一起，而是分开了

OPLS-UA本来没有把芳香H粗粒化。

davi

slxc920113 发表于 2024-3-13 17:01
OPLS-UA本来没有把芳香H粗粒化。

我再oplsaa.lt中发现是捆绑在一起的， " set type @atom:17 charge 0.0  # "Aromatic CH (UA)"    DON'T USE(OPLSUA)"

slxc920113

davi 发表于 2024-3-13 17:08
我再oplsaa.lt中发现是捆绑在一起的， " set type @atom:17 charge 0.0  # "Aromatic CH (UA)"    DON'T  ...

参数来自Tinker软件，官方说明：Complete OPLS-UA with united-atom parameters for proteins and many classes of organic molecules. Explicit hydrogens on polar atoms and aromatic carbons.
芳香的CH不做粗粒化，用显式的H。

davi

slxc920113 发表于 2024-3-13 17:34
参数来自Tinker软件，官方说明：Complete OPLS-UA with united-atom parameters for proteins and many c ...

好的，谢谢老师

Lacrimosa

https://autoff.readthedocs.io/en/latest/example.html#ce-ch-4-gcmc
这个页面里simulation.input内容中的注释会造成RASPA出现莫名其妙的报错，最好在文中提醒一下，复制之后把注释内容删掉

davi

采用的TRAPPE-UA生成的正壬烷的数据是不是不太对，对于扭转角定义是opl势，lammps官网给出的解释是像图片那样，是不是系数位置不太对啊？比如该把第一个系数0.0放到最后面去？

杨达山

大家好。使用AuToFF 构建的OPLS力场参数，用gromacs 能量最小化时，提示：
Fatal error:
Syntax error - File model-45A.top, line 26
Last line read:
'[ molecules ]'
Invalid order for directive molecules

是top文件的问题吗，应该如何改进？查看了gromacs手册，一直没解决问题。
请大家帮忙看看，非常感谢。

附件为top文件截图和报错截图。

slxc920113

davi 发表于 2024-4-8 19:22
采用的TRAPPE-UA生成的正壬烷的数据是不是不太对，对于扭转角定义是opl势，lammps官网给出的解释是像图片那 ...

没注意到，我以为Lammps和Gromacs一样是有C0项的，已经修复了。