分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

七尺贱 · 发表于 Post on 2023-11-21 16:15:41

slxc920113 发表于 2023-11-21 15:47
OPLS-AA/L本来就是OPLS-AA力场的具体版本

受教了，网站确实好用，会推荐给周围的人用，发文章也会引用

liu840397562 · 发表于 Post on 2023-11-26 16:35:58

你好请问在上传文件聚合物单链后，大约600+原子，分配电荷一步始终没有出现结果是为什么呢？是体系过大吗？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-26 22:39:45

liu840397562 发表于 2023-11-26 16:35
你好请问在上传文件聚合物单链后，大约600+原子，分配电荷一步始终没有出现结果是为什么呢？是体系过大吗？

全原子模块算不动这么大体系的电荷，聚合物请在聚合物模块处理，聚合物模块会自动对结构切片处理。

liu840397562 · 发表于 Post on 2023-11-28 22:14:56

slxc920113 发表于 2023-11-26 22:39
全原子模块算不动这么大体系的电荷，聚合物请在聚合物模块处理，聚合物模块会自动对结构切片处理。

但是聚合物模块好像不能上传自己的mol2文件之类的是吗？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-28 22:55:58

liu840397562 发表于 2023-11-28 22:14
但是聚合物模块好像不能上传自己的mol2文件之类的是吗？

用2D建模基本上可以搭建出任何聚合物。https://autoff.readthedocs.io/en/latest/User%20Guide.html#d

liu840397562 · 发表于 Post on 2023-11-29 15:51:01

slxc920113 发表于 2023-11-28 22:55
用2D建模基本上可以搭建出任何聚合物。https://autoff.readthedocs.io/en/latest/User%20Guide.html#d

谢谢您的回复，这个功能挺不错的，但是有个问题，我的目标是建立6种自定义单体的随机共聚，这样的话该2D建模似乎无法完成，而功能里的随机共聚物建模只能选择数据库中的单体。这种情况下我是不是就暂时没法使用了。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-29 17:38:26

本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-29 17:41 编辑

liu840397562 发表于 2023-11-29 15:51
谢谢您的回复，这个功能挺不错的，但是有个问题，我的目标是建立6种自定义单体的随机共聚，这样的话该2D ...

切好单体，然后在外面再套一层括号，选择连接方式为eu就可以实现随机聚合，但是伪随机。

liu840397562 · 发表于 Post on 2023-11-29 19:44:10

slxc920113 发表于 2023-11-29 17:38
切好单体，然后在外面再套一层括号，选择连接方式为eu就可以实现随机聚合，但是伪随机。

原来是这样，这下彻底懂啦

，我去尝试一下，感谢指导！

LiuSX · 发表于 Post on 2023-11-30 18:50:13

本帖最后由 LiuSX 于 2023-11-30 18:59 编辑

有个小问题，OPLS-AA力场（M和L）并不自带Zn2+的范德华参数，但AutoFF可以导出OPLS-AA/L力场的范德华参数。这个参数的来源是什么？如下。

我接着发现其与Merz/IOD/TIP3P的参数一致，所以我猜AutoFF将Merz/IOD/TIP3P的参数作为OPLS-AA/L力场的参数输出了。如下。

如下，但是我查Merz的原文，其数值经换算之后跟AutoFF提供的并不一致？所以想请问一下这个参数的来源。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-30 21:55:44

Merz/IOD/TIP3P并没有Zn2+的参数，你看一下原始文献，这个参数是因为查不到，从默认的备选力场OPLS-AA/L中自动补过来的。
你要使用TIP3P的参数可以选择Merz/IOD/All_TIP3。
OPLS-AA/L中的Zn2+参数来自：Inorg. Chem. 40, 5223 (2001).，我忘记是从哪个分子动力学软件里面拷贝来的了。

LiuSX · 发表于 Post on 2023-12-1 10:21:48

slxc920113 发表于 2023-11-30 21:55
Merz/IOD/TIP3P并没有Zn2+的参数，你看一下原始文献，这个参数是因为查不到，从默认的备选力场OPLS-AA/L中 ...

根据原文献的说明，应该是所有文中提到的水模型共用一套力场参数，所以没有Merz/IOD/TIP3P，非要有的话或许应该是Merz/IOD/ALL。GROMACS自带的OPLS-AA/L力场是没有Zn2+的参数的，从官网下载的OPLS-AA/M里也没有。Inorg. Chem. 40, 5223 (2001)这篇文献我看了一下，没发现有提到Zn2+的参数。求解惑。

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-1 10:30:54

LiuSX 发表于 2023-12-1 10:21
根据原文献的说明，应该是所有文中提到的水模型共用一套力场参数，所以没有Merz/IOD/TIP3P，非要有的话或 ...

我看我的代码里面是备注的这篇文献，可能确实不是这个来源，具体的参数应该是从Gromacs的Amber力场里面拷贝来的。

LiuSX · 发表于 Post on 2023-12-1 10:58:34

slxc920113 发表于 2023-12-1 10:30
我看我的代码里面是备注的这篇文献，可能确实不是这个来源，具体的参数应该是从Gromacs的Amber力场里面拷 ...

GROMACS自带的几个老Amber力场，以及Amber14sb力场中Zn2+的参数都是一致的，与AutoFF提供的不一致。而且Amber系列力场的混合规则跟OPLS-AA力场不一致，可以直接使用吗？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-1 12:24:19

LiuSX 发表于 2023-12-1 10:58
GROMACS自带的几个老Amber力场，以及Amber14sb力场中Zn2+的参数都是一致的，与AutoFF提供的不一致。而且A ...

暂时不确定来源，我先删掉了。

LiuSX · 发表于 Post on 2023-12-1 15:00:46

slxc920113 发表于 2023-12-1 12:24
暂时不确定来源，我先删掉了。

老师，我找到了一篇中文文献使用的参数与AutoFF提供的一致。但我没能进一步找到他的参数来源。

我在文章中使用了这个参数，现在审稿人问我参数来源，这可为难死我了

。

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