分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

不想飞的猫头鹰

slxc920113 发表于 2024-1-2 11:25
sobtop也可以得到柔性二面角的，在力场中没有找到对应二面角的时候，sobtop是基于Hessian矩阵猜一个刚性 ...

嗯嗯，十分感谢。sobtop如果全基于hessian矩阵就相当于约束成刚性的了，也可以让sobtop只根据hessian矩阵得到bond和angle项，dihedrals项从gaff或者uff里获得，就成柔性的了，这样的话，之后用autoff的时候其实也可以把力场进行多选，使尽可能产生柔性二面角参数。

七尺贱

charmm力场不是也挺多版本的吗，这里为什么就一个

slxc920113

七尺贱 发表于 2024-1-4 10:45
charmm力场不是也挺多版本的吗，这里为什么就一个

这个不是CHARMM力场，是Interfacel力场的CHARMM函数类型

LiuSX

老师你好。我想计算LiI材料界面的REPEAT原子电荷用于MD模拟，但是一直在转圈输出不出来结果。而类似的LiCl则很快就能输出电荷结果。LiI扩胞为222，并在z方向施加了真空层，有64个原子，具体结构见附件。请问该怎么解决这个问题？

slxc920113

LiuSX 发表于 2024-1-17 18:10
老师你好。我想计算LiI材料界面的REPEAT原子电荷用于MD模拟，但是一直在转圈输出不出来结果。而类似的LiCl ...

训练集不包含LiI，你用m-CBAC电荷吧

LiuSX

slxc920113 发表于 2024-1-17 21:30
训练集不包含LiI，你用m-CBAC电荷吧

好的。我正在学习使用CP2K计算REPEAT电荷。

davi

为什么我建立1,2,4-tmb和文献给出的参数不一样啊，用的是Trappe-ua力场

slxc920113

davi 发表于 2024-3-1 18:58
为什么我建立1,2,4-tmb和文献给出的参数不一样啊，用的是Trappe-ua力场

什么文献？

davi

slxc920113 发表于 2024-3-1 23:19
什么文献？

https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.119258这篇文献给的参数和Trappe-UA力场是一样的，我看了Trappe-UA发表的文献，但是用AutoFF就不同了

slxc920113

davi 发表于 2024-3-2 14:52
https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.119258这篇文献给的参数和Trappe-UA力场是一样的，我看了Trappe- ...

有相关参数的pdf文件给一下呗

davi

slxc920113 发表于 2024-3-2 17:10
有相关参数的pdf文件给一下呗

就在文献里面就有

slxc920113

davi 发表于 2024-3-2 17:21
就在文献里面就有

我这儿下不了文献，不确定你说的相同和不相同是什么意思，如果指的是数字的话，TraPPE-UA的官网上的能量单位是K，长度单位是埃，实际在使用的时候都需要换算成分子动力学软件支持的单位，比如换算成Gromacs的能量kJ/mol，需要乘以8.314E-3，长度单位是nm，需要乘以0.1。总之看力场参数不能只看数字，还得看单位和公式的。
同样是Harmonic形式的bond，有的软件内部的函数形式没有1/2的系数（比如Lammps），有的软件则是带有1/2的系数（比如Gromacs），所以AuToFF都是统一成没有额外系数的形式，程序会最后一步下载的时候根据选择的软件自动换算处理。

davi

很抱歉现在才看到消息，我用了AutoFF中TraPPE-UA力场，备用是GAFF，当然我不想选备用力场，但好像必须得选上，最后得到的lammps模拟文件，和文献还是有点差别，我放上三张图，第一张是力场形式，键长，键角都是谐振式，二面角采用的傅里叶。第二张是力场参数，后面的Ref33,34就是Trapp-ua原文献，最后一张是采用AutoFF得到的结果。lj对势基本差不多，但有点细微差别，是不是我做个结构优化(再上传优化图片)就能消除，键只给出了长度，是一样的，但是力常数没有给出，键角貌似完全对不上，二面角也是。当然我不太清楚为啥AutoFF还给了improper(离平面？)。文献中并没有给出improper参数，我猜想是1,2,4-三甲苯并没有这一项吧。我对这一方面可能不太再行。希望您能解答解答，感谢。忘记了一点，请忽略参数中凡是带有CH2的行，文献不止做了1,2,4-三甲苯

slxc920113

davi 发表于 2024-3-8 11:23
很抱歉现在才看到消息，我用了AutoFF中TraPPE-UA力场，备用是GAFF，当然我不想选备用力场，但好像必须得选 ...

TraPPE-UA的bond是rigid的，虽然有力常数，但是为了尽量符合定义，Lammps就用zero类型来实现刚性约束了。

1,2,4-tmb中不存在中心原子是CH2的角，只有苯环上的angle和甲基与苯环原子形成的两种angle，一个是和文献一致的（小数点的误差忽略），另外一个应该程序在匹配数据库的时候应该是优先匹配到了CH-x=(CH)-CHx这个angle的参数，我待会儿调整一下优先级。

至于你说的二面角，我查了原始的TraPPE-UA的文献，里面能够匹配的参数是（*-ca-ca-*）C1=0，C2=1560.07K，C3=0K，C4=0K，换算成Lammps的OPLS二面角形式就是1560*8.314*2/1000/4.184=6.2，没有问题的。

至于你发的那篇文献中编号34引用的数据（1824K)，我去看了一下，那个不是官方的TraPPE-UA，而是其他人在原来的TraPPE-UA上二次开发的力场，取了一个名字叫做TraPPE UA+，这个力场我抽空可以集成进AuToFF里面。

davi

slxc920113 发表于 2024-3-8 15:23
TraPPE-UA的bond是rigid的，虽然有力常数，但是为了尽量符合定义，Lammps就用zero类型来实现刚性约束了。 ...

感谢您的回复，我再次阅读了TraPPE-UA主页，TraPPE-UA确实是将键长给固定了，所以如果我再lammps中使用的话,bond_style应该是zero嘛，或者bond_style harmonic 然后再使用fix shake命令是否可行呢？再您给出的图片中第二个CHx-(CH2)-CHy应该和1,2,4-三甲基苯没有关系吧。对于最后一个离平面的问题(improper),AutoFF产生了相关项，我是否该删除呢？我看的文献里面作者并没有对这一项给出参数.期待你的答复