分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-1 21:47:58

LiuSX 发表于 2023-12-1 15:00
老师，我找到了一篇中文文献使用的参数与AutoFF提供的一致。但我没能进一步找到他的参数来源。我 ...

我找到原始参数的来源了，是从薛定谔软件里面的opls力场里面搜集来的

paramstd.dat (145.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

LiuSX · 发表于 Post on 2023-12-4 11:27:31

slxc920113 发表于 2023-12-1 21:47
我找到原始参数的来源了，是从薛定谔软件里面的opls力场里面搜集来的

非常感谢老师！我笔记本上只有学术版本的Maestro，没有薛定谔软件，所以没法查看这个参数了。想请假一下老师，薛定谔软件是否有参考文献，或者这个Zn2+的参数是否有参考文献？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-4 18:08:00

LiuSX 发表于 2023-12-4 11:27
非常感谢老师！我笔记本上只有学术版本的Maestro，没有薛定谔软件，所以没法查看这个参数了。想请假一下 ...

这部分参数没有文献，薛定谔没有专门为这个发表文章，审稿人要问你就直接说从薛定谔软件的公开力场库中获取的（这部分没有加密），应该不侵犯版权。

LiuSX · 发表于 Post on 2023-12-4 18:23:16

本帖最后由 LiuSX 于 2023-12-4 18:37 编辑

slxc920113 发表于 2023-12-4 18:08
这部分参数没有文献，薛定谔没有专门为这个发表文章，审稿人要问你就直接说从薛定谔软件的公开力场库中获 ...

十分感觉老师的帮助！我在薛定谔软件的目录下找到了该力场参数

给老师您提个建议，可以在AutoFF输出这些参数时顺便输出其来源（比如打上薛定谔的标签），会解决很多像我这样的困惑，也会进一步增加该工具的专业和可信程度

DRC7 · 发表于 Post on 2023-12-8 15:08:55

请问您这个软件最终扩胞生成文件的这一步靠的是什么资源，为什么同样的参数有时可以下载成功，有时就是下载错误呢

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-8 17:54:37

DRC7 发表于 2023-12-8 15:08
请问您这个软件最终扩胞生成文件的这一步靠的是什么资源，为什么同样的参数有时可以下载成功，有时就是下载 ...

扩胞用的算法和MD软件一样，所以一样要遵守一个原子只能和同一个镜像原子形成一次跨晶胞的键（类似于cutoff不能超过盒子尺寸的一半），所以如果晶胞太小，原子同时和两个方向的同一个镜像原子存在成键关系，生成拓扑的时候就会报错，这个时候需要你上传的结构先做2*2*2的扩胞处理。

DRC7 · 发表于 Post on 2023-12-14 15:08:52

请问楼主，我注意到您的工具能自动连接周期性体系中跨周期的那一部分键，请问是否方便告知是如何实现的呢

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-14 17:31:35

DRC7 发表于 2023-12-14 15:08
请问楼主，我注意到您的工具能自动连接周期性体系中跨周期的那一部分键，请问是否方便告知是如何实现的呢

在判断成键的时候，考虑了周期性边界条件，具体实现的算法类似于MD中的邻居列表法+镜像盒子。具体来说就是先根据当前晶胞的大小切割边长为4的小格子（超过一个近邻格子的原子不需要判断是否成键），这样将原来O(N2)的算法降低计算量到O(NlogN)，然后对于盒子上下左右和前后都扩胞，但是只取近邻的一圈小格子内的原子判断成键（类似于cutoff），然后把镜像原子的成键关系映射回当前盒子内的原子。

luoshaotian · 发表于 Post on 2023-12-27 11:39:18

请问一下，当我选择pcff力场以及cvff备用力场对我的结构施加力场后，在运行lammps时报错

请问我该如何解决呢？

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-28 14:13:12

luoshaotian 发表于 2023-12-27 11:39
请问一下，当我选择pcff力场以及cvff备用力场对我的结构施加力场后，在运行lammps时报错

请问我该如何解 ...

提供更加详细的cif结构文件和data文件。

yejustme · 发表于 Post on 2023-12-29 20:33:48

不开源也挺好，但是可不可以提供一个本地安装的版本。自己安装在自己的工作站上，这种托管的没有安全感。

Huschein · 发表于 Post on 2023-12-30 13:09:01

看到future plan里面有写支持可极化立场了，但我这里给出一些我的想法：我在做AMOEBA可极化力场的时候，发现其实蛋白 DNA/RNA建模还是ok的，主要是AMOEBA对小分子的支持不是很好，如果在做可极化力场的时候考虑用AMOEBA去做小分子的话可能要额外注意一下（AMOEBA09里面小分子原子类型少，而且有些angle和二面角可能没有拟合到，有挺多问题要解决的）

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-12-30 19:30:15

Huschein 发表于 2023-12-30 13:09
看到future plan里面有写支持可极化立场了，但我这里给出一些我的想法：我在做AMOEBA可极化力场的时候，发 ...

暂时只打算集成支持的软件的较多的Drude形式的极化力场。

不想飞的猫头鹰 · 发表于 Post on 2024-1-2 10:12:56

本帖最后由不想飞的猫头鹰于 2024-1-2 11:19 编辑

老师您好，非常感谢提供这个好用的工具，2024年了才刚了解到，我刚试了下画了个丁二醇小分子，用的gaff全原子力场生成了拓扑，发现拓扑中给出了二面角参数
[ dihedrals ]
; PROPER DIHEDRAL ANGLES
; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype    c0       c1       c2       c3       c4       c5
   5    1    2    3    9    0.0000    0.6690          3
   5    1    2    3    9    0.0000    1.0460          1
   6    2    3    4    9    0.0000    0.0000          3
...略
想知道后面的二面角力常数参数和周期信息是依据什么生成的呀？跟自己手动扫描的相比是否足够可靠呢？感觉应该至少比完全没有二面角信息要好一些。
另外，对比了一下sobl老师的帖子http://sobereva.com/635给出的文件和autoff拟合力场参数得到的文件，bond和angle项基本相同，但是dihedrals项差别挺大的，autoff给的二面角明显有可扭转的周期性，而且力常数也小很多：
[ dihedrals ]
; PROPER DIHEDRAL ANGLES
; atom_i  atom_j  atom_k  atom_l  functype    c0       c1       c2       c3       c4       c5
   5    1    2    3    9    0.0000    0.6690          3
   5    1    2    3    9    0.0000    1.0460          1
   6    2    3    4    9    0.0000    0.0000          3
   6    2    3    4    9    0.0000    1.0460          1
   6    2    1    5    9    0.0000    0.6970          3
...略
所以能反映二茂铁的两个茂环是可以转动的特征，是吗？不过如果用于实际模拟和文章发表，怎么说二面角参数的来源呢？

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-1-2 11:25:29

本帖最后由 slxc920113 于 2024-1-2 11:44 编辑

不想飞的猫头鹰发表于 2024-1-2 10:12
老师您好，非常感谢提供这个好用的工具，2024年了才刚了解到，我刚试了下画了个丁二醇小分子，用的gaff全原 ...

sobtop也可以得到柔性二面角的，在力场中没有找到对应二面角的时候，sobtop是基于Hessian矩阵猜一个刚性二面角，约束在当前的结构。
AuToFF是优先在别的力场中找（如果多选的话），如果再找不到的时候，就是给一个旋转能垒为0的参数，同时结尾给个约束，让用户自行修改。

AuToFF给不了二茂铁的柔性二面角，即使用UFF力场补充的也不一定可靠，对于茂金属结构，你如果要实现柔性的旋转，需要再五元环中心加上虚拟原子来实现。

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