分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

davi · 发表于 Post on 2024-6-20 21:25:30

slxc920113 发表于 2024-6-20 13:44
晶体模块有，你可以创建一个盒子，放入你的分子，保存为cif文件上传

老师，是没有办法下载下来吗？还是我哪里操作不对呢

davi · 发表于 Post on 2024-6-20 22:25:27

@slxc920113 老师，您好。我往上浏览看到了moltemplate版本没法下载，成功下载了lammps版，和文献有点不太一样。文献做的是2,2,4-3甲基己烷，其补充材料给出了compass参数。我使用Autoff结果有些不太一样。希望您能够看看
这是文献链接
https://ars.els-cdn.com/content/ ... 1219302808-mmc1.pdf

下面是我的产生的力场文件，其中标注了一些不一样的地方。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-6-24 20:39:10

davi 发表于 2024-6-20 22:25
@slxc920113 老师，您好。我往上浏览看到了moltemplate版本没法下载，成功下载了lammps版，和文献有点不太 ...

不是published的版本，而是2018年的MS软件内的版本，improper的参数如果为0，AuToFF会自动省略掉的，因为没有意义，浪费计算量而已。

七尺贱 · 发表于 Post on 2024-8-13 18:06:44

slxc920113 发表于 2023-9-26 16:59
GNN的原始训练集的精度很高，而且是RESP2电荷，所以如果元素支持的时候，它的精度更高。GFN2的精度和def2 ...

“GNN的原始训练集的精度很高”，请问这是哪一篇文献了？

wanzongliang · 发表于 Post on 2024-8-14 11:05:20

superrice 发表于 2023-5-23 09:55
EC结构不属于离子液体，属于溶剂，请移步全原子模块使用。类似于 FSI等离子液体分子才可在此模块正确使用

我想请问一下在拟合力场参数的时候，对于缺失的参数会使用一个较大的力常数进行替代，这样的作法有什么依据吗

牧生 · 发表于 Post on 2024-8-20 18:14:26

反馈一下，粗粒化一个分子后，点下载没反应，换了几个浏览器都不行。。但是用全原子模型，就可以正常下载得到的文件。

吹梦到西洲 · 发表于 Post on 2024-9-22 16:28:00

非常感谢大佬提供如此强力的工具，在下有一个小问题。
在构建COF模型的时候如果每层是一个分子，构建4x4x4的结构相当于四个分子，但是得到的拓扑文件.top里边分子数只是1，这样会有影响吗？还是我需要先生成4x4x1的，后续自己添加多层？
感谢回复。

1367 · 发表于 Post on 2024-10-17 10:33:53

我使用了Autoff生成了拓扑文件，如何在论文中去引用？

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