分子模拟可视化力场辅助工具AuToFF发布

davi

slxc920113 发表于 2024-6-20 13:44
晶体模块有，你可以创建一个盒子，放入你的分子，保存为cif文件上传

老师，是没有办法下载下来吗？还是我哪里操作不对呢

davi

@slxc920113 老师，您好。我往上浏览看到了moltemplate版本没法下载，成功下载了lammps版，和文献有点不太一样。文献做的是2,2,4-3甲基己烷，其补充材料给出了compass参数。我使用Autoff结果有些不太一样。希望您能够看看
这是文献链接
https://ars.els-cdn.com/content/ ... 1219302808-mmc1.pdf

下面是我的产生的力场文件，其中标注了一些不一样的地方。

slxc920113

davi 发表于 2024-6-20 22:25
@slxc920113 老师，您好。我往上浏览看到了moltemplate版本没法下载，成功下载了lammps版，和文献有点不太 ...

不是published的版本，而是2018年的MS软件内的版本，improper的参数如果为0，AuToFF会自动省略掉的，因为没有意义，浪费计算量而已。

七尺贱

slxc920113 发表于 2023-9-26 16:59
GNN的原始训练集的精度很高，而且是RESP2电荷，所以如果元素支持的时候，它的精度更高。GFN2的精度和def2 ...

“GNN的原始训练集的精度很高”，请问这是哪一篇文献了？

wanzongliang

superrice 发表于 2023-5-23 09:55
EC结构不属于离子液体，属于溶剂，请移步全原子模块使用。类似于 FSI等离子液体分子才可在此模块正确使用

我想请问一下在拟合力场参数的时候，对于缺失的参数会使用一个较大的力常数进行替代，这样的作法有什么依据吗

牧生

反馈一下，粗粒化一个分子后，比如十六烷基三甲基氯化铵的阳离子，点下载没反应，换了几个浏览器都不行。。



但是用全原子模型，就可以正常下载得到的文件。

吹梦到西洲

非常感谢大佬提供如此强力的工具，在下有一个小问题。
在构建COF模型的时候 如果每层是一个分子，构建4x4x4的结构相当于四个分子，但是得到的拓扑文件.top里边分子数只是1，这样会有影响吗？还是我需要先生成4x4x1的，后续自己添加多层？
感谢回复。

1367

我使用了Autoff生成了拓扑文件，如何在论文中去引用？

zhouq

您好，请问支持批量导入结构文件计算电荷吗，需要计算的结构比较多

slxc920113

1367 发表于 2024-10-17 10:33
我使用了Autoff生成了拓扑文件，如何在论文中去引用？

Wang, C.; Li, W.; Liao, K.; Wang, Z.; Wang, Y.; Gong, K. AuToFF Program, Vesrion 1.0. Hzwtech. Shanghai 2023, see https://cloud.hzwtech.com/web/product-service?id=36.

slxc920113

zhouq 发表于 2024-12-9 21:38
您好，请问支持批量导入结构文件计算电荷吗，需要计算的结构比较多

不支持批量计算电荷，会占用太多超算，这样别的用户就没法用了。

yxdd98

您好，我有一个900原子的结构（氧化石墨烯片层），想用全原子力场模块分配OPLS-AA/L参数，但导入结构点击下一步后总会显示“请求超时，请稍后再试”，请问这种情况有什么解决办法吗？

zhouq

请问可以使用PACMOF-COF-DDEC来计算MOF结构的原子电荷吗，这样会有什么问题吗，我看到PACMOF-MOF-REPEAT应该是针对MOF结构？但我可能需要DDEC电荷？

PLwang

补充一个我使用autoff的惊喜，这个工具开发的相当好了。我通常使用的是lammps，lammps的比较常见的单位（units real）里，单位是time (fs), energy (kcal/mol), distance (Å)。autoff导入分子之后，其显示的单位是nm和KJ/mol。
我本来打算通过自行编写代码对其进行转换。但实际上，autoff自己会根据你的输出文件类型调整单位！当我将输出文件调整为lammps之后，其自动将单位转换成了real的单位，不需要我再手动调整了。

zzvion

请问老师我用autoff想给一个分子筛添加clayff力场和电荷，但是由于边缘有一些周期性的原子在这个晶胞内没有成键，配位数确实不是正常的，这种该怎么办呀。同时由于我想给他扩胞，再继续做模拟，扩胞过程在哪里实现呢能保持这些信息中二面角等等信息不会丢失