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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-21 06:18:32 | 只看该作者 Only view this author
tingfengting 发表于 2022-4-20 09:29
老师们好,我最近计算铂配合物的磷光不对称因子需要用到磁跃迁偶极矩和电跃迁偶极矩,这几天学习了sob老师 ...

Multiwfn最新版本的主功能18的子功能5直接能给出基态到各个激发态,以及各个激发态间的跃迁电偶极矩和跃迁磁偶极矩,用下图的选项可选择输出电还是磁的


Multiwfn此功能计算时只考虑空间部分,因此虽然不考虑旋轨耦合时磷光是禁阻的,输出的数据也不全是0
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-21 06:20:36 | 只看该作者 Only view this author
yyf 发表于 2022-4-20 21:54
老师好,我最近刚开始学习二维红外光谱的计算,在看CONCEPTS AND METHODS OF 2D INFRARED SPECTROSCOPY这本 ...

这不属于简单量化问题,请单独发个帖子
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发表于 Post on 2022-4-21 09:17:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-21 06:18
Multiwfn最新版本的主功能18的子功能5直接能给出基态到各个激发态,以及各个激发态间的跃迁电偶极矩和跃 ...

谢谢sob老师,我马上去试试看

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发表于 Post on 2022-4-21 09:26:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-21 06:20
这不属于简单量化问题,请单独发个帖子

谢谢卢老师,我整理一下。

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发表于 Post on 2022-4-21 10:08:15 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-21 06:18
Multiwfn最新版本的主功能18的子功能5直接能给出基态到各个激发态,以及各个激发态间的跃迁电偶极矩和跃 ...

老师,我用Multiwfn试过之后,跃迁电偶极矩不为0了,跃迁磁偶极矩还是0

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发表于 Post on 2022-4-21 10:17:41 | 只看该作者 Only view this author
磁跃迁偶极矩的那一行没有显示

202204211016181213..png (42.48 KB, 下载次数 Times of downloads: 12)

202204211016181213..png

202204211016315715..png (35.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

202204211016315715..png

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发表于 Post on 2022-4-21 10:26:33 | 只看该作者 Only view this author

2-methyl-tetrahydrofuran在高斯中的定义

高斯中自定义溶剂2-methyl-tetrahydrofuran,求助求助,找不到这个溶剂的介电常数,谢谢

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发表于 Post on 2022-4-21 15:09:49 | 只看该作者 Only view this author
请问一下各位老师用VASP优化过程中,抗衡离子位置会发生改变对计算结构有影响么?

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发表于 Post on 2022-4-21 15:30:55 | 只看该作者 Only view this author

在gaussian计算中加了-D3(BJ)就报错的问题

安装得是gaussian09D.01版本,软件是在学校时推广企业做培训给的,是windows版本。
计算内容是两个有机小分子的弱酸弱碱结合,按照社长的建议,使用的是关键词是:# b3lyp-D3(BJ)/6-311G**,运算报错,而且给出了比较明确的改正建议如下:“
%chk=C:\G09W\dnpq-ebst.chk
-----------------------
# b3lyp-D3(BJ)/6-311G**
-----------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# b3lyp-D3(BJ)/6-311G**
         '
Last state= "GCL"
TCursr=      3656 LCursr=         8
Error termination via Lnk1e in C:\G09W\l1.exe at Thu Apr 21”

因为完全没有基础知识储备,所以我自己解决的办法是改成了  # b3lyp/6-311G**
能完成运算,给出的结果是弱碱与弱酸上的极性H原子结合,比较符合化学常识。但是这样就不考虑色散作用,感觉心虚的很,而且之前尝试也发现了,加上D3总是计算出问题。

我的问题是:为什么加入了D3色散校正的关键词-D3(BJ),我的计算就会报错?是版本的问题吗?能不能通过下补丁或者其他方式解决之?


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发表于 Post on 2022-4-21 17:09:12 | 只看该作者 Only view this author
吴双 发表于 2022-4-21 08:09
请问一下各位老师用VASP优化过程中,抗衡离子位置会发生改变对计算结构有影响么?

问题描述不清晰,句子有语病,而且也发错了板块(应该发到第一性原理板块)。
抗衡离子本身就是结构的一部分。你是不是想问抗衡离子位置改变对除了抗衡离子以外的结构是不是有影响?
严格按http://sobereva.com/620的要求补全所有背景信息,然后重新问
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-4-21 17:14:41 | 只看该作者 Only view this author
老师好!想请教一个问题:在利用GMX计算Zn-electrolyte界面的工作中,审稿人问我是否考虑了point of zero charge. 请问这个设置参数是什么?另外我调研文献看LAMMPS会提及这个问题,GROMACS涉及到这个参数吗?谢谢

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发表于 Post on 2022-4-21 17:17:07 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2022-4-21 10:14
老师好!想请教一个问题:在利用GMX计算Zn-electrolyte界面的工作中,审稿人问我是否考虑了point of zero c ...

给出审稿人完整原文
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-4-21 17:47:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-21 17:17
给出审稿人完整原文

More details about the simulations of the interface should also be added. For example, which is the force field used for Zn(002)? Are the simulations performed at PZC? If I understand correctly the simulations are performed for 10ns. Is it sufficient to have a good sampling of the interfacial behavior? 谢谢,拜托您

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发表于 Post on 2022-4-21 18:09:56 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2022-4-21 10:47
More details about the simulations of the interface should also be added. For example, which is th ...

这个应该指的是,你的pH、离子强度、外加电场(如果有的话)等是否使得你模拟的胶体颗粒处于等电点
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-4-21 18:28:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-4-21 18:09
这个应该指的是,你的pH、离子强度、外加电场(如果有的话)等是否使得你模拟的胶体颗粒处于等电点

谢谢您的回复,但我在之前都没考虑过这些,您知道怎么在gromacs设置这些吗?我其实是做实验的,做这部分计算就是参照sob老师动力学课上的mdp文件算的,没想太多

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