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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 12:17:33 | 只看该作者 Only view this author
Zhongxiangjian 发表于 2022-5-9 10:09
不知道这个是哪里出现了问题

仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

贴这种没有任何信息量的提示没有任何意义
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 12:20:16 | 只看该作者 Only view this author
haos423 发表于 2022-5-7 18:10
各位老师好!想要计算一个小分子的磷光发射并分析轨道跃迁特征,想请教一下以下流程和关键词的使用是否正确 ...


但前提是用CAM-B3LYP有说得过去的理由
刻意写root=1是多余的,本来就是默认的,而且不影响这部分的结果
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 12:25:01 | 只看该作者 Only view this author
Infaltion 发表于 2022-5-9 11:41
各位老师好,我是计算化学小白一枚,想问问各位老师在linux系统上使orca程序运行起来应该打什么呢?谢谢各 ...

量子化学程序ORCA的安装方法
http://sobereva.com/451http://bbs.keinsci.com/thread-11697-1-1.html

初级问题发帖之前用首页的搜索框搜索,别不搜索上来就问。
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发表于 Post on 2022-5-9 15:16:59 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xiayu1985 于 2022-5-9 16:15 编辑

将优化后的结构计算irc,发现优化后过渡态结构的能量和irc中过渡态的能量不一样啊。这是为什么?波函数不稳定?如果波函数不稳定,使用stable=opt计算后,是不是要再使用guess=read读取收敛稳定的波函数再进行irc计算。图片中是irc中过渡态的能量值(上图)和opt优化得到的能量(下图)数值不一样。结构见附件。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-9 20:21:12 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-5-9 15:16
将优化后的结构计算irc,发现优化后过渡态结构的能量和irc中过渡态的能量不一样啊。这是为什么?波函数不稳 ...

可能IRC第一步没收敛到过渡态优化最后一步的波函数的状态
用guess=read
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发表于 Post on 2022-5-10 08:34:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-9 20:21
可能IRC第一步没收敛到过渡态优化最后一步的波函数的状态
用guess=read

老师,在irc计算任务中添加guess=read,然后使用opt的chk文件,好像还是那样,irc计算的能量和opt优化后的能量有区别。但是从其他的过渡态来看我觉得irc计算的能量好像更加符合其他的过渡态或者中间体结构的能量。

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-5-10 08:58:23 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-5-10 08:34
老师,在irc计算任务中添加guess=read,然后使用opt的chk文件,好像还是那样,irc计算的能量和opt优化后的 ...

你的opt用了6-31G*,IRC用了6-31G**
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-5-10 09:17:20 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-10 08:58
你的opt用了6-31G*,IRC用了6-31G**

感谢!又犯低级错误了。

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发表于 Post on 2022-5-11 09:55:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-3-16 18:43
对,不过注意金属轨道不止一个,配体轨道也不止一个,所以有可能有不止一对轨道都符合3ES或者3MC的定义, ...

老师您好,再帮我看下我找的3mc轨道有没有问题,(fchk文件太大了上传不了,)这是我用TD(nstate)关键词计算得到的chk文件。这个分子的homolumo分别是135,136,我分别顺着135往下136往上依次寻找,如图1图2所示,132和142号轨道分别是最先找到的电子基本都分布在金属中心的轨道,其他轨道大部分电子都分布在配体上,那是不是132->142就是所要找的激发?像图3,134号轨道这种金属和配体上都有少量分布的电子是否也可以认作要找的3mc态的电子的占据轨道?

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发表于 Post on 2022-5-11 13:52:24 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-5-11 02:55
老师您好,再帮我看下我找的3mc轨道有没有问题,(fchk文件太大了上传不了,)这是我用TD(nstate)关键 ...

只能说大概率是的。但是轨道能级差最低不代表激发能最低,所以应该对每个激发态做NTO分析,或者作密度差图/跃迁密度图之类,看看最低的3MC激发态是哪个,这样才比较严格。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-11 16:03:38 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-11 13:52
只能说大概率是的。但是轨道能级差最低不代表激发能最低,所以应该对每个激发态做NTO分析,或者作密度差 ...

老师能进一步详细说说接下来该怎么做吗?之前我用http://sobereva.com/377方法做过NTO分析,我需要每一个激发态都做一遍NTO分析,还是我可以先通过贡献把有132->142有一定占比的激发态挑出来对这些激发态进行分析?我之前用密度差图验证过132->142是否是3mc,该如何用密度差图区找最低的3mc激发态呢?像132->142占主要贡献的跃迁是第十三激发态也比较靠后了,我做的其他分子有的在第二三十激发态之后,那我是不是更应该优先考虑调整结构,但是我学识浅薄自己也调不明白。。。

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发表于 Post on 2022-5-11 17:58:29 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-5-11 09:03
老师能进一步详细说说接下来该怎么做吗?之前我用http://sobereva.com/377方法做过NTO分析,我需要每一个 ...

对所有可能是MC激发态的做。注意并不是只有132->142是MC,可能有的激发态涉及的是比132更低的占据轨道或比142高的虚轨道,也是MC,而且比132->142低。这就是为什么光找以132->142为主要成分的激发态是不严格的做法,因为轨道能级差比较大的激发态,激发能未必更高,有可能反而更低。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-11 20:27:25 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-5-11 16:03
老师能进一步详细说说接下来该怎么做吗?之前我用http://sobereva.com/377方法做过NTO分析,我需要每一个 ...

如果你想快速找出哪些激发态是MC激发,一个很省事的做法是按下文方式操作,把金属定义为一个片段,分析过程中程序会一次性告诉你所有激发态中你定义的片段占空穴和电子的成份。那些空穴和电子几乎都同时来自于你定义的片段的态,就是MC激发

使用Multiwfn绘制电荷转移光谱(CTS)直观分析电子光谱内在特征
http://sobereva.com/628http://bbs.keinsci.com/thread-27211-1-1.html
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发表于 Post on 2022-5-11 22:00:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:27
如果你想快速找出哪些激发态是MC激发,一个很省事的做法是按下文方式操作,把金属定义为一个片段,分析过 ...

非常感谢两位老师耐心解答

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发表于 Post on 2022-5-12 14:58:45 | 只看该作者 Only view this author
各位老师同学大家好。想请教一下各位,含有过渡金属的氧化物的OER性能的描述符eg-filling descriptor是通过对氧化物的dx2-y2和dz2轨道的DOS图进行积分然后相加得到的吗?



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