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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-17 02:18:06 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-5-16 18:04
sob老师您好,我想用力场算3d过渡金属MOF催化的反应,从文献中得到了相应的力场,我该用什么软件进行计算呀 ...

一般来说这种问题根本不适合用力场来算
绝大多数研究都是通过用量化程序(Gaussian、ORCA等)结合簇模型,或者第一性原理程序(CP2K、Quantum ESPRESSO等)基于周期性模型,做DFT计算研究的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2022-5-17 08:19:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-17 02:16
没具体输出文件没法判断

3ts2a-17-sp.gjf (7.14 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)
3ts2a-17-sp-E01.log (152.02 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
3ts2a-17-sp-D01.log (151.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
老师,这是输入输出文件,D01和E01能量有差别,您看一下问题出在哪里。

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发表于 Post on 2022-5-17 08:36:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-17 02:18
一般来说这种问题根本不适合用力场来算
绝大多数研究都是通过用量化程序(Gaussian、ORCA等)结合簇模型 ...

谢谢sob老师耐心的回复。我想先用力场粗超的计算一下,该用什么力场软件呀?我看文献报道有用Tinker软件

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发表于 Post on 2022-5-17 09:37:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-14 11:06
批量给你定量信息后,你就知道该关注哪些态,按下文用Multiwfn绘制空穴和电子图形,进一步检验
使用Mult ...

sob老师,那像mc对应的激发态过于靠后,轨道贡献很低时,除了采取手动改变结构的方式外还有什么其他方法去重新寻找mc吗?

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发表于 Post on 2022-5-17 15:27:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-16 17:44
什么和什么矛盾?
一个结构在某个理论级别下有虚频、在另一个理论级别下没有虚频,是正常的,说明两个理 ...

老师您好,谢谢您的回复。①我说的矛盾指的就是如果我不用CBS-QB3优化,只算单点能,那样就没法发现CBS-QB3结果中的频率未出现虚频,也就没法证明过渡态是否有误。但是如果让CBS-QB3优化,就会发现没有虚频。②我是用m062X-6-311g(d,p)初猜过渡态结构,并进行了IRC验证和二面角扫描。CBS-QB3自带的优化结构基本偏离了想象的过渡态结构,这样能说明用m062X-6-311g(d,p)找到的过渡态是正确的吗?

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发表于 Post on 2022-5-17 16:19:20 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-17 08:27
老师您好,谢谢您的回复。①我说的矛盾指的就是如果我不用CBS-QB3优化,只算单点能,那样就没法发现CBS-Q ...

建议还是在CBS-QB3水平下,多试几次找一下过渡态,可能CBS-QB3水平下正确的过渡态也是存在的,只不过以M062X/6-311G(d,p)过渡态结构为起始结构是优化不到那个过渡态的。
如果CBS-QB3水平下确实找不到正确的过渡态,那么就像我说的,较高理论水平下优化的结构更有可能是正确的,但是不可能完全确定。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-5-17 16:37:47 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-17 16:19
建议还是在CBS-QB3水平下,多试几次找一下过渡态,可能CBS-QB3水平下正确的过渡态也是存在的,只不过以M0 ...

我插一句,CBS-QB3内置的优化级别是B3LYP/6-311G(2d,d,p),我真的不知哪个级别更高(或者更好),不如@糖糖糖豆9988 你说说你的体系是什么
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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发表于 Post on 2022-5-17 22:00:44 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-17 09:37
我插一句,CBS-QB3内置的优化级别是B3LYP/6-311G(2d,d,p),我真的不知哪个级别更高(或者更好),不如@糖 ...

那确实差别不大,我个人偏向M06-2X靠谱的可能性大一些(因为一般40%左右的HF exchange算过渡态最好),但是估计即便M06-2X算出来的能垒也应该很小,过渡态理论总归是不适用的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2022-5-18 17:41:49 | 只看该作者 Only view this author
chands 发表于 2022-5-17 16:37
我插一句,CBS-QB3内置的优化级别是B3LYP/6-311G(2d,d,p),我真的不知哪个级别更高(或者更好),不如@糖 ...

你好,我用的m062x 6-311g(d,p)

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发表于 Post on 2022-5-18 17:42:15 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-17 22:00
那确实差别不大,我个人偏向M06-2X靠谱的可能性大一些(因为一般40%左右的HF exchange算过渡态最好),但 ...

好的,谢谢老师回复~

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发表于 Post on 2022-5-18 20:55:43 | 只看该作者 Only view this author
请问,计算带有负电荷的体系的Hirshfeld电荷时,基组带弥散函数对结果是有利还是无明显改善,还是有害呢?(3-zeta级别的基组)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-18 21:39:02 | 只看该作者 Only view this author
ionexchangeC 发表于 2022-5-18 20:55
请问,计算带有负电荷的体系的Hirshfeld电荷时,基组带弥散函数对结果是有利还是无明显改善,还是有害呢? ...

没害处
但改进也微乎其微
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-18 21:40:09 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-5-17 09:37
sob老师,那像mc对应的激发态过于靠后,轨道贡献很低时,除了采取手动改变结构的方式外还有什么其他方法 ...

语义不明
MC态的激发态序号是大是小和轨道贡献没什么关系,我也不知道你说的轨道是什么轨道
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-18 21:40:55 | 只看该作者 Only view this author
498746012 发表于 2022-5-17 08:36
谢谢sob老师耐心的回复。我想先用力场粗超的计算一下,该用什么力场软件呀?我看文献报道有用Tinker软件

涉及到键的形成和断裂问题,一般的力场(非反应力场),以及Tinker等程序,都没法算。
不是粗糙不粗糙,是能不能算的问题。多了解点力场方面的常识知识。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-18 21:46:57 | 只看该作者 Only view this author
harrisonmo 发表于 2022-5-17 08:19
老师,这是输入输出文件,D01和E01能量有差别,您看一下问题出在哪里。

两个输出文件Nuclear repulsion after PCM non-electrostatic terms后面的值不同,而Nuclear repulsion after empirical dispersion term后面的值相同,因此估计是D.01和E.01在SMD的非极性部分的实现上做了某些改动
因此用SMD的情况不建议用D.01和E.01的结果直接比较
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