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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-12 17:08:27 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 糖糖糖豆9988 于 2022-5-12 17:14 编辑

请教老师,图片里描述内容如何理解?①驻点(能量最低点或过渡态)的结构采用B3LYP方法通过取代基的内转动寻找,这里指的是过渡态的搜寻吗?“ internal rotations of substituted groups”是什么意思呢?②中间体、过渡态的结构、单点能和频率通过CBS-QB3计算得到,前面说的B3LYP方法初步找到过渡态结构,这里再利用CBS-QB3是在上述基础上进一步优化吗?自己理解的应该不到位,希望老师解惑,谢谢。

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发表于 Post on 2022-5-12 17:13:19 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liustone 于 2022-5-12 19:06 编辑

各位老师,请问在Multiwfn中做AIM对氢键的分析时,AIM识别出一些临界点诸如C-H---C-O这些非典型氢键路径,以及C-H---H-N这些二氢键路径,它们不满足Popolier(Ref. Popelier, P. L. A. Atoms in Molecules. An Introduction; Prentice-Hall: Englewood Cliffs, NJ, 2000.)提出的的临界点▽2ρ介于0.024及0.139之间这个判据,该如何解释啊?需要用其他的判据或者对这种现象补充说明嘛?

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发表于 Post on 2022-5-12 17:40:18 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-5-12 10:13
各位老师,请问在Multiwfn中做AIM对氢键的分析时,AIM识别出一些临界点诸如C-H---C-O这些非典型氢键路径, ...

那就按这些路径不是氢键来解释就行了。本身AIM的键径就不是每个都有物理意义的,不需要每个键径都说明原因或者归类为某某键,有一部分键径忽略掉不做解释是完全可以接受的。
此外你文献引得完全不对,这篇文献根本就不是做化学的,和临界点判据毫无关系
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-5-12 18:50:02 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 liustone 于 2022-5-12 18:54 编辑
wzkchem5 发表于 2022-5-12 17:40
那就按这些路径不是氢键来解释就行了。本身AIM的键径就不是每个都有物理意义的,不需要每个键径都说明原 ...

好的,谢谢.

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发表于 Post on 2022-5-13 11:09:28 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好,我最近在使用multiwell计算速率常数,在使用densum过程中需要这些数据:symmetry number of internal hindered rotor、 symmetry number for the potential、 symmetry number for Bhrd1 or Ihrd1 ,phase angle (radians) for Bhrd1 or Ihrd1、symmetry number of internal hindered rotor (symmetry number of a
symmetric rotor; unity for an non-symmetric rotor)。我应该那里寻找这些数据呢?(新手小白)希望各位老师知无不言言无不尽。十分感谢!

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发表于 Post on 2022-5-13 14:50:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-5-13 07:51 编辑
lm1997 发表于 2022-5-13 04:09
各位老师好,我最近在使用multiwell计算速率常数,在使用densum过程中需要这些数据:symmetry number of in ...

所有的symmetry number都需要自己按定义计算,除了特别简单的体系以外是查不到的。具体来说就是确定分子所属的点群,再求其旋转子群的阶数,就是symmetry number。也可以用Shermo等软件(http://sobereva.com/315)计算
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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发表于 Post on 2022-5-13 23:44:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-11 20:27
如果你想快速找出哪些激发态是MC激发,一个很省事的做法是按下文方式操作,把金属定义为一个片段,分析过 ...

老师我照着您的方法做了IFCT计算,我只把金属原子定义了一个片段,从electron和hole来看确实验证了第13激发态就是要找的mc激发,那redis的值在判断mc中有重要的参考意义吗,您在628这篇文章中描述redis为“redis(x)代表被激发的电子有多少对应于在片段x内的重分布,或者说有多少电子可以算作完全是在片段x内的激发”,那像我计算的这些激发中最高的也不到0.1,这是不是太小了?另外,是不是应该先看每个轨道的电子分布,去按照贡献找对应激发态(就如同我之前做的那样),再用IFCT去验证,还是直接去做IFCT就够了?

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发表于 Post on 2022-5-14 00:51:42 | 只看该作者 Only view this author

求sob老师和高斯大神帮忙解决结构优化问题,感谢感谢


Sob老师和高斯大神你们好,

我近期用高斯对MOF-5进行结构优化,优化前按照sob老师发表的那篇文章对MOF-5进行加氢处理,原子数和sob老师文献的原子数也一致。提交到超算跑了2天后,出现收敛失败。
请问我该如何调整参数,或者该看哪些帖子再深入学习一下呢?

我看sob那篇文章用的是xtb优化的,但是这个软件我还不会。所以想麻烦大家帮我解惑一下,高斯程序该怎么进一步调整相关参数呢。
(输入文件等图已附)


非常感谢大家!

MOF-5基组设置.jpg (21.61 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

MOF-5基组设置.jpg

未收敛提示.jpg (34.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

未收敛提示.jpg

MOF5.gjf

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 01:13:32 | 只看该作者 Only view this author
sysu_chem 发表于 2022-5-14 00:51
Sob老师和高斯大神你们好,

我近期用高斯对MOF-5进行结构优化,优化前按照sob老师发表的那篇文章对MOF ...

没事甭加弥散函数,弥散函数对当前体系又没意义又浪费耗时又增加SCF不收敛的几率,完全自找麻烦。
仔细看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119

60核并行才给8GB内存完全莫名其妙,仔细看
Gaussian的安装方法及运行时的相关问题
http://sobereva.com/439http://bbs.keinsci.com/thread-10814-1-1.html
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发表于 Post on 2022-5-14 01:27:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-5-14 01:13
没事甭加弥散函数,弥散函数对当前体系又没意义又浪费耗时又增加SCF不收敛的几率,完全自找麻烦。
仔细 ...

sob老师,真心感谢您。虽然我是小白刚入门,您的提示让我走很多弯路,也少查一些无用的资料。再次感谢sob老师!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 10:43:58 | 只看该作者 Only view this author
lm1997 发表于 2022-5-13 11:09
各位老师好,我最近在使用multiwell计算速率常数,在使用densum过程中需要这些数据:symmetry number of in ...

具体一些东西诸如Bhrd1 or Ihrd1,去看程序手册,手册里如果没写就发邮件问作者

symmetry number这种概念则属于常识性知识,随便google就能找到解释
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 10:46:43 | 只看该作者 Only view this author
liustone 发表于 2022-5-12 17:13
各位老师,请问在Multiwfn中做AIM对氢键的分析时,AIM识别出一些临界点诸如C-H---C-O这些非典型氢键路径, ...

Popolier的标准根本就不能用于这种类型的氢键

分析氢键时要有基本常识,否则不可能正确理解数值的含义,会被数值牵着鼻子走

C-H---C-O明显只可能是极弱的氢键,具体强度用此文方法可以给出
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html
存在性也可以通过下文直观判断
使用Multiwfn做IGMH分析非常清晰直观地展现化学体系中的相互作用
http://sobereva.com/621http://bbs.keinsci.com/thread-28147-1-1.html
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

C-H---H-N里两个氢都带正电荷,明显不可能是二氢键,顶多是出于结构的巧合、其它作用导致恰好距离不远而已


以后有波函数分析相关的问题一律发到本帖1L提到的波函数分析问题答疑专贴里,不要在此帖里问。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 10:50:46 | 只看该作者 Only view this author
糖糖糖豆9988 发表于 2022-5-12 17:08
请教老师,图片里描述内容如何理解?①驻点(能量最低点或过渡态)的结构采用B3LYP方法通过取代基的内转动 ...

大概率是做了二面角扫描,取其中极大点当过渡态初猜,做CBS-QB3计算过程中优化了过渡态、做了振动分析并得到了高精度单点
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 10:51:14 | 只看该作者 Only view this author
Simple 发表于 2022-5-12 14:58
各位老师同学大家好。想请教一下各位,含有过渡金属的氧化物的OER性能的描述符eg-filling descriptor是通过 ...

这不属于量化问题,应当发到第一性原理板块
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-14 11:06:09 | 只看该作者 Only view this author
好兄弟 发表于 2022-5-13 23:44
老师我照着您的方法做了IFCT计算,我只把金属原子定义了一个片段,从electron和hole来看确实验证了第13激 ...

批量给你定量信息后,你就知道该关注哪些态,按下文用Multiwfn绘制空穴和电子图形,进一步检验
使用Multiwfn做空穴-电子分析全面考察电子激发特征
http://sobereva.com/434http://bbs.keinsci.com/thread-10775-1-1.html
电子激发过程中片段间电荷转移百分比的计算
http://sobereva.com/398http://bbs.keinsci.com/thread-7585-1-1.html
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