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楼主 Author: sobereva
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[综合交流] 简单量子化学问题答疑专帖(旧版,已关帖)

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发表于 Post on 2022-5-6 09:47:24 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 orangesea 于 2022-5-6 13:52 编辑
wzkchem5 发表于 2022-5-2 20:48
如果Int2a、Int2b的自由能低于Int1的自由能,那么2是正确的,否则1是正确的。注意即便算的是能垒而非自由 ...

老师你好 我阅读了文献后仍有一些疑惑
1、对于图中这个催化反应,TDTS为TS2a-3a TS2b-3b TDI为Int2b、Int2a TOFB/TOFA=exp(-ΔG1/RT)    ΔG1=TS2b3b-Int2b-(TS2a3a-Int2a)<0  TOFB/TOFA>1 PathB速度更快
考虑产物的比例 则需要乘上反应物浓度比,Int2b/Int2a浓度比=exp(-ΔG2/RT),ΔG2=Int2b-Int2a ,速率比就是TOF比,就变成了Curtin-Hammett principle  Int3b/Int3a=exp(-ΔG3/RT)  ΔG3=TS2b3b-TS2a3a 比例仅取决于过渡态能量差 Int3a浓度更高 从催化效率上来说,PathB更好,但从产物选择性来说,PathA占优Int3a浓度更高,我这样的理解正确吗?
2、如果决速态在Int1之前,决速态之间步骤中不分PathA B ,这时反应速率由Int1之前的决速态能差决定,AB两条路径反应速率一致,Int2b/Int2a浓度比=exp(-ΔG2/RT) ΔG2=Int2b-Int2a 是否就是产物Int3b/Int3a比例?也就是对于决速态在Int1之前情况,PathA、B催化效率一致,产物比例仅仅取决于Int2a、Int2b的相对自由能,而与Path A、B后续反应中的自由能垒、过渡态自由能差无关?





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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 10:01:35 | 只看该作者 Only view this author
lufenghxu 发表于 2022-5-5 20:13
文献中对计算方法有如下描述:All the calculations were performed with the Gaussian 09 program package. ...

1 若无特殊原因,没必要带弥散,尤其是氢的弥散,看
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
若有条件,应当提升到def2-TZVP算单点

2 是
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 10:08:07 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-5-5 20:42
老师您好,这是IRI图和相关能量,除了图中箭头指出的范德华作用左边面积明显少了以外,无明显差别,ΔEin ...

有没有那块区域对应的色散吸引作用,对相互作用能的影响可能也就2 kcal/mol左右的程度,但成键特征、显著位阻等因素导致的能量差异,则很容易超过这个程度。况且两个图等值面上的差异并非仅仅那一块,而且一些化学键作用的差异从两个图上并没法直接体现(比如键强一些弱一些,显示的都是蓝色)。只能说那块色散吸引区域的存在可以降低左边结构的能量,但影响能量的因素太多,不能光拘泥于这部分。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 13:30:37 | 只看该作者 Only view this author
菜还不想动 发表于 2022-5-5 19:08
已经优化的结构想要通过单点计算获得包含NBO信息的输出文件,这样写输入文件可以吗?

sp是完全多余的,此文说了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html

STO-3G没有带*的版本,虽然不会导致报错
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发表于 Post on 2022-5-6 14:47:37 | 只看该作者 Only view this author

麻烦各位老师指点一下高斯优化MOF片段的问题

各位老师好,我刚接触高斯,目的是想利用高斯给PCN-77模型赋上电荷,使其更加合理,但是在结构优化的时候总是会刚点击就报错,调整了内存分配依旧报错,

报错图示.png (169.22 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

报错图示.png

PCN-777-segmen-H.gjf

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输入文件

PCN-777-segmen-H.out

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发表于 Post on 2022-5-6 15:12:31 | 只看该作者 Only view this author
orangesea 发表于 2022-5-6 02:47
老师你好 我阅读了文献后仍有一些疑惑
1、对于图中这个催化反应,TDTS为TS2a-3a TS2b-3b TDI为Int2b、In ...

1. 看你怎么定义催化效率了,Path B一旦生成Int2b以后,反应比Path A从Int2a开始算要快,但是Int2b浓度比Int2a低,而且这个效应抵消了反应速率的区别。如果你把催化效率定义成从Int2开始算的,那你说的就是对的,但是别人可能会把催化效率定义成总反应速率,那样就是Path A效率更高。
2. 注意区分决速步和selectivity determining step。当决速步在Int1之前时,虽然2a-3a、2b-3b不是决速步,但仍然是selectivity determining step,所以虽然总反应速率不涉及TS2a-3a、TS2b-3b,但是选择性仍然是由TS2a-3a、TS2b-3b决定的。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2022-5-6 15:46:08 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-5-6 15:12
1. 看你怎么定义催化效率了,Path B一旦生成Int2b以后,反应比Path A从Int2a开始算要快,但是Int2b浓度比 ...

谢谢老师的解答

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-5-6 18:51:25 | 只看该作者 Only view this author
确保%chk设的目录确实存在,否则chk文件没法被成功创建在此目录下
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发表于 Post on 2022-5-7 18:10:23 | 只看该作者 Only view this author
各位老师好!想要计算一个小分子的磷光发射并分析轨道跃迁特征,想请教一下以下流程和关键词的使用是否正确:

1. UDFT优化三重态结构(自旋多重度设为3)
# opt=recalc=3 freq b3lyp/6-31g* em=gd3bj

2. 取上一步结构计算磷光发射(自旋多重度设为1)
# td=(triplets,nstates=6,root=1) cam-b3lyp/6-31g(d)
T1相关输出如下:
Excited State   1:      Triplet-A      2.3671 eV  523.78 nm  f=0.0000  <S**2>=2.000
      30 -> 33        -0.14906
      31 -> 32         0.69726
      31 <- 32         0.16526

3. 绘制贡献最大的 31->32 轨道图形
将第二步产生的fchk文件用Multiwfn或GView打开直接获得31和32轨道的图形

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15265#
发表于 Post on 2022-5-9 10:09:46 | 只看该作者 Only view this author

使用ORCA结构优化时出现了如下图所示问题,求助大神解决!

不知道这个是哪里出现了问题

202205091007076832..png (7.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202205091007076832..png

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天上地下三山亖海五湖六合八荒九州之泛粤大典編輯委員會編外委員

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发表于 Post on 2022-5-9 10:14:21 | 只看该作者 Only view this author
把ORCA输出文件贴上来吧。。。至少是报错那一段
ORCA大法好!CP2K大法好!
嶺南粤音 泛粤典 https://jyutjam.org/

山河自落蒼梧月,風雨猶驅草木兵。
san huɔɞ ki lɔk tʰɔŋ ŋ ᵑgut,fʊŋ ʝi ʝiu kʰui tʰɔu ᵐbʊk pɪŋ

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15267#
发表于 Post on 2022-5-9 11:41:18 | 只看该作者 Only view this author

怎样使用Linux系统使orca程序运行起来呢

各位老师好,我是计算化学小白一枚,想问问各位老师在linux系统上使orca程序运行起来应该打什么呢?谢谢各位老师!

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发表于 Post on 2022-5-9 11:53:47 | 只看该作者 Only view this author

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发表于 Post on 2022-5-9 11:55:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 abin 于 2022-5-9 11:57 编辑

http://bbs.keinsci.com/thread-26418-1-1.html
下载即用.

似乎不支持AMD处理器. 但是未严格测试.

更多下载即用的镜像,
请自行查阅:
如有需要, 请自行下载.

自由分享, 无需解锁 https://pan.baidu.com/s/18Q1hcop9JvNVEra8NVCULg?pwd=m9jm

加密分享, 需解锁 https://pan.baidu.com/s/1r7PduYXqjn3kpS-ie0H8NQ?pwd=aknc




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更多讯息,请访问:
https://labitc.top
http://tophpc.top:8080
电邮: ask@hpc4you.top

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发表于 Post on 2022-5-9 12:12:28 | 只看该作者 Only view this author

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